Sugiro usar o JDK da Sun. Existem várias implementações diferente da JVM
open source e proprietárias, para diversas plataformas, cada uma tem detalhes
específicos, como velocidade de execução, alocação de memória, utilização
de registradores de 16, 32 e 64 bits, conforme o hardware, e assim vai.
Inclusive, algumas utilizam outras bibliotecas de terceiros e outras as omitem
por serem licenças comerciais, ou não serem totalmente open-source.
Recomendo que use o Java Development Kit da Sun sempre que possível,
para evitar problemas e surpresas posteriores. Caso não exista um JDK da Sun
para a plataforma que você está usando, aí sim, pegue outro que seja mais
adequado à sua situação.
As JVM de terceiros, se não me engano, devem passar por testes e também
devem seguir as especificações da JCP ou da Sun.
Abraços,
Robert