Eu infelizmente não posso te responder quais as implicações de instalar Anaconda direto num host que já tenha uma versão de Python.
Pessoalmente, se tiver a necessidade, vou usar um container de Docker com o ambiente Anaconda já instalado:
https://docs.anaconda.com/free/anaconda/applications/docker/(Se não usa Docker ainda, esse é um investimento de tempo que vale muito a pena, e essa é uma boa oportunidade de aprender)