Si tu veux vraiment le faire par USB, oui c'est le seul moyen.
La carte fox branchée par USB doit simuler un port série (c'est encore plus vrai avec le port USB debug).
Une fois branchée par USB, va faire un tour dans le /dev de la carte fox et cherche un "ttyUSB" ou un truc du genre, c'est comme ça que Linux met ses ports série virtuels en général. Après en C, il faut écrire dans /dev/ttyUSB comme si tu écrivait dans un fichier, (ça tombe bien on est sous Linux et tout est fichier :) ).
En espérant t'avoir mis sur la bonne voie.