お集まりくださいましてありがとうございます

[まーぼう]

皆様

お集まりくださいましてありがとうございます。
まーぼうこと石井政行です。
CUDAについて話をさせていただきます。
最近数値解析でCUDAを使うという例がみられて、
MATLABにもそういう機能があるみたいなのですが
何せC言語でポインタに関する苦労をしたので
どうやったらいいのだろうと思っております。

こういう勉強方法をしているということを
お話しいただければと思います。

よろしくお願いします。

[Shetora]

こんにちは！

さっそく返信させていただきます．
私もMATLABにてCUDAを使っています．
古いバージョンのCUDAライブラリ（なんと1.1a）でしか，
MATLAB上でのコンパイルが通らずこまっていますが…
古いものでしたら，私の備忘録に簡単に使い方が書いてありますので，
http://www9.atwiki.jp/matla
ちょっとでも参考になればと思います．
MATLAB行列→CUDAに載せるためのヘルパクラス等を作りかけているところですが，
もしご希望ならお渡しできます．

現状，MATLABでは違うmex同士でポインタ渡しをするのが面倒なので，
(もちろん可能だと思うのですが，ポインタを演算できないように保証するのが面倒そうなので・・・)
同じmexファイルに，データストアと演算の両方を書いちゃう方法を取っています．
研究で必要だったあるプログラムで，295GTXを使ってcublasを使い，
ほとんど何のチューニングをすることなくMATLAB@i7の約6倍程度の計算速度が出ました．
sum(A*B+C)を，Aを変えながら128回行う，みたいなプログラムです．

Nvidiaから新しいバージョン用のバッチファイルが提供されていないか知らないのですが，
なにか情報をお持ちの方いらっしゃいますでしょうか．

[まーぼう]

ちなみに分子動力学に関するCUDAプログラミングがあります。
是非ご参考ください。
http://handasse.blogspot.com/2009/12/cuda.html

> Nvidiaから新しいバージョン用のバッチファイルが提供されていないか知らないのですが，
> なにか情報をお持ちの方いらっしゃいますでしょうか．

Shetoraさん投稿ありがとうございます。私のほうでは情報不足ですので
少々お待ちくださいませ。
ちょっと探してみます。

[MIURA Shin-ichiro]

あらためまして，三浦と申します．

普段は，数値流体力学の分野で研究を行っておりますが，
大規模な計算ではスパコンを使っておりましたが，
最近のGPUに興味を持ち，コードを書き始めています．
Fortran使いなんですが，CUDAのためにCへ徐々に移行しております．

フェルミコアによりまたアーキテクチャも変わってきており，話題に尽きないのですが，
コードばっかり書いてて，サイエンスが出来ないのが悩みの種です．

よろしくお願いいたします．

[Ishii Masayuki]

返信ありがとうございます。

>普段は，数値流体力学の分野で研究を行っておりますが，
>大規模な計算ではスパコンを使っておりましたが，
>最近のGPUに興味を持ち，コードを書き始めています．
>Fortran使いなんですが，CUDAのためにCへ徐々に移行しております．

Fortranはこれまで使われてきましたが、今後は流体はとくに
CUDAになりそうです。
http://www.sim.gsic.titech.ac.jp/index-j.html
は東工大のCUDAの第一人者の青木先生のＨＰですが
いろいろ情報がもらえるのではないかと思います。

それでは。

石井政行

[MIURA Shin-ichiro]

どうもです

> Fortranはこれまで使われてきましたが、今後は流体はとくに
> CUDAになりそうです。http://www.sim.gsic.titech.ac.jp/index-j.html
> は東工大のCUDAの第一人者の青木先生のＨＰですが
> いろいろ情報がもらえるのではないかと思います。

そうですね～
青木先生は同じCFD分野でのライバルです（笑
先日も東工大の研究会に参加してきました。

青木先生はまだFermiコアの計算は実際に行っていないようなので、先手を打つ意味でFermiコアの発注をしました（笑

Fermiコアは単にSMに倍精度のFMAユニットが乗っかっただけで、それ以外は（特にメモリバンド幅）あまり変わっていないと思ってたのですが、
結構違っているようで、これまでのG200のコードが必ずしも最適ではないようなことを言ってたので興味があります。

[Ishii Masayuki]

>そうですね～
>青木先生は同じCFD分野でのライバルです（笑
>先日も東工大の研究会に参加してきました。

それは切磋琢磨できるいい機会ですね。
味方どうようライバルも自分のスキルを上げる
重要な存在だと思います。

>青木先生はまだFermiコアの計算は実際に行っていないようなので、先手を打つ意味
でFermiコアの発注をしました（笑
>Fermiコアは単にSMに倍精度のFMAユニットが乗っかっただけで、それ以外は（特に
メモリバンド幅）あまり変わっていないと思ってたのですが、
>結構違っているようで、これまでのG200のコードが必ずしも最適ではないようなこ
とを言ってたので興味があります。

Fermiコアだと計算速度などで有利ということでしょうか。。。
特異な分野とかあるんでしょうか。。。

話は変わりますが、今日東工大の額田先生のところに行ってブレーンストーミングな
るものが
起きました。たとえば薬が体内で化学反応をする際には、古典力学である分子動力学
のほかにも
流体力学の効果などもあり、これはgpgpuが得意としているものです。ほかにも量子
力学の効果も
考慮することもあり、これはgpgpuは場合によっては特異なこともあるようですが、
まだまだ
未知の世界です。

ということで、
「薬を考慮した血管の数理モデル」
をgpgpuでやらせてみたらどうかということを考えましたが、これについて
いろいろ意見はあるでしょうか？

よろしくお願いします。

いしいまさゆき