GOverlay, GGroundOverlay, GMapType などなど・・・は、
JavaScriptなのでGoogle のサーバーに別の地図を描画させるというようなことはできません。
正しくは「Google のサーバから持ってきた地図画像の上に重ね合わせている」だけです。
もう少し技術的に言えば、<img>の上に<div>タグをzIndex で重ねているだけで
決してGoogle のサーバーに別の地図を描画させるようなことはしていません。
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例示していただいた「地震ハザードステーション」の場合は、
同じように重ね合わせているだけのように見えます。
少なくとも、地図画像は加工されていないです。
GOverlay など、Google があらかじめ用意してある機能を標準的に使えば
地図に別の画像を重ね合わせてもロゴが隠れることはありませんが
「地震ハザードステーション」の場合は、それ以外の方法で重ね合わせているようですね。
(コードを読んだわけではないので、詳しくは分かりませんが。)
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規約面から言えば、画像を重ねることが問題ではなく、
ロゴの上に重なっていることが問題あると思います。
なので、Google の ロゴや、地図右下の著作権表示に重ならなければ
規約上は問題ないはずです。