La causa es tal cual lo dedujiste y la solución es establecer las coordenadas del encuadre nativo a mano. El cálculo del encuadre nativo desde las interfaz gráfica es sólo una ayuda. Muchas veces conviene ponerlo a mano incluso cuando no hay parámetros dinámicos de modo que quede a la máxima extensión posible de los datos que contendrá la capa, de lo contrario si se agregan features fuera del encuadre original, podrían ser omitidos en consultas al WMS ya que estas permanecen como metadatos de la capa y pueden ser utilizadas por el WMS para acotar las consultas.
En definitiva, en este caso poné el encuadre a mano y listo.
Saludos,
Gabriel
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