Integração com Tomcat

[Rodrigo Jardim]

Felipe,

segui os passos do Wiki para a integração com o Tomcat, mas apresenta
a msg de erro abaixo. O programa não está conseguindo localizar os
arquivos que estão no conf. Eu copiei os arquivos do conf do Genoogle
para a pasta conf do Tomcat e também coloque a pasta conf abaixo do
WEB-INF do Genoogle. Mas continua sem encontrar.

Dec 9, 2009 4:13:57 PM
com.sun.xml.ws.transport.http.servlet.WSServletContextListener
contextInitialized
INFO: WSSERVLET12: JAX-WS context listener initializing
- Starting Genoogle .
log4j:ERROR Could not read configuration file [conf/log4j.properties].
java.io.FileNotFoundException: conf/log4j.properties (No such file or
directory)
at java.io.FileInputStream.open(Native Method)
at java.io.FileInputStream.<init>(FileInputStream.java:106)
at java.io.FileInputStream.<init>(FileInputStream.java:66)
at org.apache.log4j.PropertyConfigurator.doConfigure
(PropertyConfigurator.java:316)
at org.apache.log4j.PropertyConfigurator.configure
(PropertyConfigurator.java:342)
at bio.pih.genoogle.Genoogle.<init>(Unknown Source)
at bio.pih.genoogle.Genoogle.getInstance(Unknown Source)
at bio.pih.genoogle.interfaces.WebServices.<clinit>(Unknown Source)
at java.lang.Class.forName0(Native Method)
at java.lang.Class.forName(Class.java:247)
at
com.sun.xml.ws.transport.http.DeploymentDescriptorParser.getImplementorClass
(DeploymentDescriptorParser.java:545)
at
com.sun.xml.ws.transport.http.DeploymentDescriptorParser.parseAdapters
(DeploymentDescriptorParser.java:223)
at com.sun.xml.ws.transport.http.DeploymentDescriptorParser.parse
(DeploymentDescriptorParser.java:147)
at
com.sun.xml.ws.transport.http.servlet.WSServletContextListener.contextInitialized
(WSServletContextListener.java:108)
at org.apache.catalina.core.StandardContext.listenerStart
(StandardContext.java:3764)
at org.apache.catalina.core.StandardContext.start
(StandardContext.java:4216)
at org.apache.catalina.manager.ManagerServlet.start
(ManagerServlet.java:1173)
at org.apache.catalina.manager.HTMLManagerServlet.start
(HTMLManagerServlet.java:549)
at org.apache.catalina.manager.HTMLManagerServlet.doGet
(HTMLManagerServlet.java:105)
at javax.servlet.http.HttpServlet.service(HttpServlet.java:627)
at javax.servlet.http.HttpServlet.service(HttpServlet.java:729)
at org.apache.catalina.core.ApplicationFilterChain.internalDoFilter
(ApplicationFilterChain.java:269)
at org.apache.catalina.core.ApplicationFilterChain.doFilter
(ApplicationFilterChain.java:188)
at org.apache.catalina.core.StandardWrapperValve.invoke
(StandardWrapperValve.java:213)
at org.apache.catalina.core.StandardContextValve.invoke
(StandardContextValve.java:172)
at org.apache.catalina.authenticator.AuthenticatorBase.invoke
(AuthenticatorBase.java:525)
at org.apache.catalina.core.StandardHostValve.invoke
(StandardHostValve.java:127)
at org.apache.catalina.valves.ErrorReportValve.invoke
(ErrorReportValve.java:117)
at org.apache.catalina.core.StandardEngineValve.invoke
(StandardEngineValve.java:108)
at org.apache.catalina.connector.CoyoteAdapter.service
(CoyoteAdapter.java:174)
at org.apache.coyote.http11.Http11Processor.process
(Http11Processor.java:875)
at org.apache.coyote.http11.Http11BaseProtocol
$Http11ConnectionHandler.processConnection(Http11BaseProtocol.java:
665)
at org.apache.tomcat.util.net.PoolTcpEndpoint.processSocket
(PoolTcpEndpoint.java:528)
at org.apache.tomcat.util.net.LeaderFollowerWorkerThread.runIt
(LeaderFollowerWorkerThread.java:81)
at org.apache.tomcat.util.threads.ThreadPool$ControlRunnable.run
(ThreadPool.java:689)
at java.lang.Thread.run(Thread.java:619)
log4j:ERROR Ignoring configuration file [conf/log4j.properties].
- Error reading the configuration at conf/genoogle.xml.
- org.dom4j.DocumentException: conf/genoogle.xml (No such file or
directory) Nested exception: conf/genoogle.xml (No such file or
directory)
Dec 9, 2009 4:13:58 PM
com.sun.xml.ws.transport.http.servlet.WSServletContextListener
contextInitialized
SEVERE: WSSERVLET11: failed to parse runtime descriptor:
java.lang.ExceptionInInitializerError
java.lang.ExceptionInInitializerError
at java.lang.Class.forName0(Native Method)
at java.lang.Class.forName(Class.java:247)
at
com.sun.xml.ws.transport.http.DeploymentDescriptorParser.getImplementorClass
(DeploymentDescriptorParser.java:545)
at
com.sun.xml.ws.transport.http.DeploymentDescriptorParser.parseAdapters
(DeploymentDescriptorParser.java:223)
at com.sun.xml.ws.transport.http.DeploymentDescriptorParser.parse
(DeploymentDescriptorParser.java:147)
at
com.sun.xml.ws.transport.http.servlet.WSServletContextListener.contextInitialized
(WSServletContextListener.java:108)
at org.apache.catalina.core.StandardContext.listenerStart
(StandardContext.java:3764)
at org.apache.catalina.core.StandardContext.start
(StandardContext.java:4216)
at org.apache.catalina.manager.ManagerServlet.start
(ManagerServlet.java:1173)
at org.apache.catalina.manager.HTMLManagerServlet.start
(HTMLManagerServlet.java:549)
at org.apache.catalina.manager.HTMLManagerServlet.doGet
(HTMLManagerServlet.java:105)
at javax.servlet.http.HttpServlet.service(HttpServlet.java:627)
at javax.servlet.http.HttpServlet.service(HttpServlet.java:729)
at org.apache.catalina.core.ApplicationFilterChain.internalDoFilter
(ApplicationFilterChain.java:269)
at org.apache.catalina.core.ApplicationFilterChain.doFilter
(ApplicationFilterChain.java:188)
at org.apache.catalina.core.StandardWrapperValve.invoke
(StandardWrapperValve.java:213)
at org.apache.catalina.core.StandardContextValve.invoke
(StandardContextValve.java:172)
at org.apache.catalina.authenticator.AuthenticatorBase.invoke
(AuthenticatorBase.java:525)
at org.apache.catalina.core.StandardHostValve.invoke
(StandardHostValve.java:127)
at org.apache.catalina.valves.ErrorReportValve.invoke
(ErrorReportValve.java:117)
at org.apache.catalina.core.StandardEngineValve.invoke
(StandardEngineValve.java:108)
at org.apache.catalina.connector.CoyoteAdapter.service
(CoyoteAdapter.java:174)
at org.apache.coyote.http11.Http11Processor.process
(Http11Processor.java:875)
at org.apache.coyote.http11.Http11BaseProtocol
$Http11ConnectionHandler.processConnection(Http11BaseProtocol.java:
665)
at org.apache.tomcat.util.net.PoolTcpEndpoint.processSocket
(PoolTcpEndpoint.java:528)
at org.apache.tomcat.util.net.LeaderFollowerWorkerThread.runIt
(LeaderFollowerWorkerThread.java:81)
at org.apache.tomcat.util.threads.ThreadPool$ControlRunnable.run
(ThreadPool.java:689)
at java.lang.Thread.run(Thread.java:619)
Caused by: java.lang.NullPointerException
at bio.pih.genoogle.io.XMLConfigurationReader.getSearchManager
(Unknown Source)
at bio.pih.genoogle.Genoogle.<init>(Unknown Source)
at bio.pih.genoogle.Genoogle.getInstance(Unknown Source)
at bio.pih.genoogle.interfaces.WebServices.<clinit>(Unknown Source)
... 28 more
- Exception sending context initialized event to listener instance of
class com.sun.xml.ws.transport.http.servlet.WSServletContextListener
com.sun.xml.ws.transport.http.servlet.WSServletException: WSSERVLET11:
failed to parse runtime descriptor:
java.lang.ExceptionInInitializerError
at
com.sun.xml.ws.transport.http.servlet.WSServletContextListener.contextInitialized
(WSServletContextListener.java:118)
at org.apache.catalina.core.StandardContext.listenerStart
(StandardContext.java:3764)
at org.apache.catalina.core.StandardContext.start
(StandardContext.java:4216)
at org.apache.catalina.manager.ManagerServlet.start
(ManagerServlet.java:1173)
at org.apache.catalina.manager.HTMLManagerServlet.start
(HTMLManagerServlet.java:549)
at org.apache.catalina.manager.HTMLManagerServlet.doGet
(HTMLManagerServlet.java:105)
at javax.servlet.http.HttpServlet.service(HttpServlet.java:627)
at javax.servlet.http.HttpServlet.service(HttpServlet.java:729)
at org.apache.catalina.core.ApplicationFilterChain.internalDoFilter
(ApplicationFilterChain.java:269)
at org.apache.catalina.core.ApplicationFilterChain.doFilter
(ApplicationFilterChain.java:188)
at org.apache.catalina.core.StandardWrapperValve.invoke
(StandardWrapperValve.java:213)
at org.apache.catalina.core.StandardContextValve.invoke
(StandardContextValve.java:172)
at org.apache.catalina.authenticator.AuthenticatorBase.invoke
(AuthenticatorBase.java:525)
at org.apache.catalina.core.StandardHostValve.invoke
(StandardHostValve.java:127)
at org.apache.catalina.valves.ErrorReportValve.invoke
(ErrorReportValve.java:117)
at org.apache.catalina.core.StandardEngineValve.invoke
(StandardEngineValve.java:108)
at org.apache.catalina.connector.CoyoteAdapter.service
(CoyoteAdapter.java:174)
at org.apache.coyote.http11.Http11Processor.process
(Http11Processor.java:875)
at org.apache.coyote.http11.Http11BaseProtocol
$Http11ConnectionHandler.processConnection(Http11BaseProtocol.java:
665)
at org.apache.tomcat.util.net.PoolTcpEndpoint.processSocket
(PoolTcpEndpoint.java:528)
at org.apache.tomcat.util.net.LeaderFollowerWorkerThread.runIt
(LeaderFollowerWorkerThread.java:81)
at org.apache.tomcat.util.threads.ThreadPool$ControlRunnable.run
(ThreadPool.java:689)
at java.lang.Thread.run(Thread.java:619)
Caused by: java.lang.ExceptionInInitializerError
at java.lang.Class.forName0(Native Method)
at java.lang.Class.forName(Class.java:247)
at
com.sun.xml.ws.transport.http.DeploymentDescriptorParser.getImplementorClass
(DeploymentDescriptorParser.java:545)
at
com.sun.xml.ws.transport.http.DeploymentDescriptorParser.parseAdapters
(DeploymentDescriptorParser.java:223)
at com.sun.xml.ws.transport.http.DeploymentDescriptorParser.parse
(DeploymentDescriptorParser.java:147)
at
com.sun.xml.ws.transport.http.servlet.WSServletContextListener.contextInitialized
(WSServletContextListener.java:108)
... 22 more
Caused by: java.lang.NullPointerException
at bio.pih.genoogle.io.XMLConfigurationReader.getSearchManager
(Unknown Source)
at bio.pih.genoogle.Genoogle.<init>(Unknown Source)
at bio.pih.genoogle.Genoogle.getInstance(Unknown Source)
at bio.pih.genoogle.interfaces.WebServices.<clinit>(Unknown Source)
... 28 more
Dec 9, 2009 4:13:58 PM org.apache.catalina.core.StandardContext start
SEVERE: Error listenerStart
Dec 9, 2009 4:13:58 PM org.apache.catalina.core.StandardContext start
SEVERE: Context [/genoogle] startup failed due to previous errors
Dec 9, 2009 4:13:58 PM
com.sun.xml.ws.transport.http.servlet.WSServletContextListener
contextDestroyed
INFO: WSSERVLET13: JAX-WS context listener destroyed

[Felipe Albrecht]

Então Rodrigo, tens que copiar os arquivos para onde o Tomcat é executado.

Por exemplo, se o tomcat esta em ~/apache-tomcat/ e tu vais em ~/apache-tomcat/bin/

e executa o startup.sh, 

tens que copiar/criar os links em ~/apache-tomcat/bin, porque este será o direrio na hora da execução.

Uma solução bem melhor é, 

pegue a versão 0.75, copie o arquivo genoogle.jar e coloque no WEB-INF/libs 

define a variável de ambiente GENOOGLE_HOME=/home/usuario/ondestaogenoogle , sendo que neste diretorio está o conf/ e files/,

e execute. Deverá funcionar, apenas não esqueça de reformatar as tuas bases de dados.

Boa sorte, e qualquer problema é só perguntar!

Abraço!

2009/12/9 Rodrigo Jardim <jardim....@gmail.com>

[Rodrigo Jardim]

Felipe,

resolvi o primeiro problema, mas estou com outro:

java.lang.ClassNotFoundException: javax.servlet.jsp.JspApplicationContext

Essa classe está no arquivo jsp-api.jar que está no lib do Tomcat (testei também no lib da aplicação), mas o erro continua. Em algum lugar vc redefine o classpath?

Abraços,

2009/12/9 Felipe Albrecht <felipe....@gmail.com>

--
Atc,
Rodrigo Jardim
jardim....@gmail.com

[Felipe Albrecht]

Então, 

deves usar o classpath normal do tomcat, usando suas bibliotecas para jsp,

e copiar as bibliotecas ditas em http://genoogle.pih.bio.br/wiki/Tomcat para o WEB-INF/lib da aplicação do genoogle.

2009/12/10 Rodrigo Jardim <jardim....@gmail.com>

[Rodrigo Jardim]

Felipe,

funciona com Tomcat 5.5?

Abraços.

2009/12/10 Felipe Albrecht <felipe....@gmail.com>

[Felipe Albrecht]

Deveria funcionar, mas sinceramente só testei com o 6.0.

2009/12/11 Rodrigo Jardim <jardim....@gmail.com>

[Felipe Albrecht]

Rodrigo, 

acabei de testar o Genoogle no tomcat 5.5 e ele funciona sem problemas.

Provavelmente tais copiando algum jar a mais e esta biblioteca esta conflitando

com os jars do tomcat.

Segundo o wiki, http://genoogle.pih.bio.br/wiki/Tomcat

copie apenas e unicamente estas bibliotecas para o WEB-INF/lib:

activation.jar   google-collect-snapshot-20080820.jar  jaxb-impl.jar  jaxws-rt.jar     jsr181-api.jar    mimepull.jar             saaj-api.jar   streambuffer.jar

FastInfoset.jar  http.jar                              jaxb-xjc.jar   jaxws-tools.jar  jsr250-api.jar    protobuf-java-2.0.2.jar  saaj-impl.jar  woodstox.jar

genoogle.jar     jaxb-api.jar                          jaxws-api.jar  jsr173_api.jar   log4j-1.2.15.jar  resolver.jar             stax-ex.jar

dom4j-1.6.1.jar

2009/12/11 Felipe Albrecht <felipe....@gmail.com>

[Rodrigo Jardim]

Felipe,

consegui colocar o genoogle "no ar". Além desses arquivos, ainda tem o biojava-genoogle.jar.

Entretanto, estou com duas mensagens de erros. A primeira não parece afetar o aplicativo:

log4j:ERROR setFile(null,true) call failed.

java.io.FileNotFoundException: logs/profile.log (No such file or directory)

Já a segunda msg é na consulta. Eu estou anexando o erro.

Abraços

2009/12/14 Felipe Albrecht <felipe....@gmail.com>

[Felipe Albrecht]

O biojava-genoogle.jar só é necessário até a versão 0.74,

como comentei nas mensagens anteriormente, recomendo fortemente atualizar para a versão 0.76

que já está disponível. Com esta versão será bem mais simples utilizar o genoogle no tomcat.

O erro dos logs, basta criar um diretório "logs" no mesmo lugar onde esta o "conf/" e "files/".

Ou usando uma versão maior que a 0.74, definir a variável de ambiente GENOOGLE_HOME

para onde o genoogle foi descompactado.

O segundo erro é que está dando um problema no momento de inciar o genoogle.

Duas sugestoes: atualize para a versão 0.76: apenas pegue o novo genoogle.jar e reformate

a base de dados e configure o GENOOGLE_HOME para onde o Genoogle foi instalado.

É bem simples,

Felipe Albrecht

2009/12/17 Rodrigo Jardim <jardim....@gmail.com>

[Felipe Albrecht]

Além de copiar o genoogle.jar, deves copiar todos os novos *.jsp do webapps/genoogle-standalone

para o seu  webapps/genoogle-standalone.

2009/12/17 Felipe Albrecht <felipe....@gmail.com>

[Rodrigo Jardim]

Felipe,

gostaríamos de gerar uma base com as informações que temos aqui no Lab. São de protozoários e serviria para avaliarmos o Genoogle. Como podemos gerar uma base no formato que o Genoogle utiliza?

Abraços

2009/12/17 Felipe Albrecht <felipe....@gmail.com>

[Felipe Albrecht]

Deve ser um arquivo no formato fasta (http://en.wikipedia.org/wiki/FASTA_format)

Entao consigure o arquivo conf/genoogle.conf e na parte <genoogle:databanks> .

Veja que já tem um arquivo pré configurado. 

Use-o como exemplo, onde tens que definir onde esta o arquivo FASTA e o nome da base de dados.

Depois, vá no diretório do genoogle e execute o format_db.sh e ele formatará a base de dados.

2009/12/18 Rodrigo Jardim <jardim....@gmail.com>

[Felipe Albrecht]

Alias, quantos megas é a base de dados? Poderias coloca-la para eu baixa-la e por vela e fazer alguns testes aqui?

2009/12/18 Felipe Albrecht <felipe....@gmail.com>

[Rodrigo Jardim]

O arquivo de proteínas tem cerca de 200 Mb o de nucleotídeos ainda não gerei. Posso disponibilizar para vc fazer por FTP (compactada deve dar algo em torno de 30 Mb).

Abraços

2009/12/18 Felipe Albrecht <felipe....@gmail.com>

[Felipe Albrecht]

Olá, 

O Genoogle não funciona para sequencias protéicas, apenas para sequencias de DNA.

Se puderes disponibilizar as sequencias de DNA via FTP eu ficaria grato.

Alias, conseguiste formatar a base?

2009/12/21 Rodrigo Jardim <jardim....@gmail.com>

[Rodrigo Jardim]

De proteínas, não. O script apresentava erro. Vou gerar o outro arquivo e tentar formatá-lo.

Abraços

2009/12/21 Felipe Albrecht <felipe....@gmail.com>

[Felipe Albrecht]

Sim, o de proteínas não será formatado porque como disse anteriormente, o Genoogle não suporta sequencias de proteinas.

O Genoogle suporta unicamente sequencias de DNA, e podes gerar os arquivos e formata-los que irá funcionar.

2009/12/22 Rodrigo Jardim <jardim....@gmail.com>