Gennogle no BiowebDB

[Rodrigo Jardim]

Alberto,

o Genoogle já está funcionando no endereço http://genoogle.biowebdb.org

Coloquei apenas a base de nucleotídeos de Tripanosoma cruzi. O Felipe está vendo pq arquivos muito grandes não estão funcionando.

Felipe,

gerei os arquivos multifasta por organismo. O TBrucei ficou com aprx. 1.9Gb e também não consegui gerar a base. O TCruzi tem cerca de 230Mb e a base foi gerada.

Abraços

--
Atc,
Rodrigo Jardim
jardim....@gmail.com

[Felipe Albrecht]

O problema da versão web é que ela está muito simplista,

executando o Genoogle sozinho, fora do apache, tem-se o console para executar os comandos debuscas de forma mais elaborada.

Outra idéia é acessar o genoogle via webservices, disponíveis em http://kineto2.biowebdb.org:8080/genoogle/webservices

O wiki http://genoogle.pih.bio.br/wiki/WebServices tem um exemplo para acessar os webservices via python e java.

Abraços,

Felipe Albrecht

2010/1/21 Rodrigo Jardim <jardim....@gmail.com>

[Felipe Albrecht]

Rodrigo,

liberei a versão 0.80 do Genoogle, onde tem suporte a arquivos com mais de 2Gb.

Faça do download do jar em http://svn.pih.bio.br/genoogle-packages/releases/0.80/genoogle.jar,

substitua este arquivo no diretório do genoogle e re-gere as bases.

Felipe Albrecht

2010/1/21 Rodrigo Jardim <jardim....@gmail.com>

Alberto,

[Felipe Albrecht]

Rodrigo, tens algum retorno sobre o uso da última versão, 0.80, e se
as base de dados estão sendo geradas?

Obrigado,

Felipe Albrecht

2010/1/26 Felipe Albrecht <felipe....@gmail.com>:

[Rodrigo Jardim]

Felipe,

terminei de instalar a versão nova e parece que está tudo Ok. Estou gerando as bases dos protozoários.

Abraços

2010/2/3 Felipe Albrecht <felipe....@gmail.com>

[Felipe Albrecht]

Legal,
informe-me quando as bases estiverem geradas e o Genoogle funcionando com elas.

Obrigado,

Felipe Albrecht

2010/2/4 Rodrigo Jardim <jardim....@gmail.com>: