Проверил программу версии 2.16 RC2 на всех своих файлах с данными с точной построчной сверкой содержимого файлов до загрузки и после нового сохранения.
Пока проблема совершенно не воспроизводится. Обнаружена проблема с фактами людей типа "воинское звание" и "путешествие", будет исправлена (факты неправильно идентифицировались, поэтому в выходном файле перемещались в недоступную для редактирования область). Но изменений в структуре семей никаких.
Нужно искать дальше.
Вы можете попробовать открыть в этой версии один из своих старых файлов?
Для примера, я храню полную историю версий своих файлов с данными начиная с 2009-года, когда в моём первом файле было около 40 персон, и на текущий момент, когда у меня несколько рабочих баз с общей численностью свыше 10 тыс. человек - всего около 1.5 сотен файлов сгруппированных по периодам крупных правок или внесению больших порций данных. Т.е. на каждый этап работы с данными сохраняю базу в новый файл, а старый сохраняю в спец.архив. Это позволяет всегда быть уверенным, что если даже не программа где-то подведет по собственной вине как разработчика, но и собственные ошибки ввода за любой период времени можно проконтролировать.
В текущей ситуации, у меня такое ощущение, что есть какой-то другой фактор появления ошибки.