Bonjour,
En réponse à votre commentaire plus bas, il est plus facile de comprendre le système en faisant le parallèle avec le français : pour nous, il est devenu naturel de prononcer le C différemment selon les lettres qui suivent ou qui précèdent, mais c'est loin d'être évident pour un chinois par exemple.
Ciel (="ss"), mais Carte (="k").
Pareil pour le "s". Observez le mot "saison". On sait aujourd'hui que le deuxième "s" se prononce "z", c'est naturel pour nous. Nous l'avons toujours entendu prononcé de cette manière. C'était pareil pour les romains, mais avec davantage de lettres.
En français, c'est la seul lettre qui suit le système de prononciation latin. Mais dans d'autres langues (notamment italo-romanes, comme le sarde ou le corse), on retrouve ce fonctionnement sur la plupart des consonnes, comme le V, le C, ou encore le F par exemple. Il est naturel pour un corse de prononcer le V comme un U, dans certains cas précis.
La règle est similaire, et on s'y habitue en découvrant la langue à l'oral, comme lors de l'apprentissage en tant que langue maternelle. Ce qui était le cas pour les romains dans l'antiquité.
La difficulté du latin vient du fait que plus personne ne la parle comme il y a 2000 ans. La plupart des documents en latin étant écrits, nous avons du mal à le prononcer de manière "authentique".
Mais si le latin semble difficile pour nous, pensez aux anglais apprenant le français et découvrant la notion de genre pour les noms d'objet.
Tout est question de pratique. Avec l'habitude, il ne nous viendrait pas à l'idée de dire "le table" ou "la stylo" :-) Tout comme il ne serait pas venu à l'idée d'un romain de confondre les deux prononciations de la même lettre.