Cuando se abra el programa sigue estos sencillos pasos con imágenes comentadas.
Cuando ya lo tengas abierto le das a la opción "Tools" y después "Install toolchain"

¡Ya está todo configurado y listo para trabajar!
Vamos a hacer una primera prueba, un "¡hola mundo!" estilo FPGA que es encender un simple led. Elegimos nuestro tipo de placa entrenadora de FPGA, en mi caso es una Alhambra I, en el tuyo igual es la Alhambra II. Esto hazlo siempre que cargues un esquema nuevo o cuando creas un esquema nuevo. Yo he puesto mi FGA, tú pon la tuya.
Elegimos nuestra placa entrenadora.
En el menú le damos a "Const" (de constante) ----> Bits -----> "1" ó a cualquiera que haga esa referencia.
Vamos a sacar una salida. Le damos a "Basic" ----> Output.
Por defecto sale con el nombre "out" pero le cambiaremos el nombre.
Y le ponemos la palabra "led" que es lo que vamos a encender. Esto no es importante pero es más informativo.
Y elegimos el led que queramos encender de los 8 que tiene la IceZum, yo he elegido el primero, el led0.
Conectamos las cajitas "1" y "led". Ya tenemos nuestros simple primer circuito. Ahora toca subirlo a la FPGA.
Subimos nuestro diseño a la FPGA, dándole a "Tools" y después a "Verify", más tarde a "Build" y finalmente a "Upload". Te sube el diseño y hace lo que le has pedido. Es importante hacer eso tres pasos, porque en cada uno de ellos (Verify y Build") verifica que todo está correcto y si hubiese algún fallo o inconsistencia te saldría un mensaje de error para avisarte.
¡Fin!