Hola Salva! te cuento por si te aporta algo.
Por la teoría de Nyquist (siempre nos olvidamos de Shannon) debes muestrear siempre al menos al 2doble de la frecuencia deseada. Es decir si tu señal spi es de 4Mhz, deberías muestrear al menos a 8Mhz. PEro se recomienda para minimizar errores muestrear entre 4x y 10x es decir lo ideal sería escanear a 16Mhz como mínimo para que no tengas errores.
Yo en la realidad siempre he tenido buenos resultados con estos cacharritos, a veces es cierto que cometen errores cuando vas muy al límite de la velocidad pero en general por el precio que tienen la solución es más que aceptable.
Tengo que probar lo que ha mandado Luis Miguel, si tienes un esp32 a mano lo puedes probar, creo que por lo que vi en la documentación llegaría hasta 20Mhz pero verifícalo si lo quieres probar porque no lo tengo claro.
Luego por otro lado podrías usar Sigrok, que aunque tengo una nueva versión que liberaré en breve, la actual aunque con mucha carencias te permitirá muestrear de forma exacta y sin error todo lo que pase dentro de la FPGA, esto @obijuan tiene varios tutoriales, yo ahora no puedo invertir tiempo en preparar uno porque con la nueva versión quiero preparar mucho material de documentación y por unas semanas no quiero hacer trabajo que no valga, pero te lo comento porque igual investigas un poco y te viene muy bien.
Sobre el software pulse view es el estándar open source, casca de vez en cuando y tiene carencias pero el decoder de protocolos es una maravilla. El Logic es una maravilla pero depende del clon que hayas comprado te funcionará o no.
Saludos!