No, el problema es que en la versión 2014 ha habido varios cambios.
1. La lista de instrumentos ahora aparece en la ventana "Score Manager". Menú "Window / Score Manager" o Ctrl + K.
2. Para cambiar la transposición de un instrumento o un instrumento completo también se hace desde la misma ventana.
Si quieres cambiar el instrumento completo, despliega en el instrumento y seleccionas el nuevo.
Si quieres cambiar su transposición, seleccionas el instrumento dando clic en las tres rayas de la izquierda y cambias su transposición abajo a la derecha.
3. Ahora la opción de guardar MIDI se encuentra en el menú "FIle / Export".
Saludos