template製作與IBASPM可否做結構影像分析的使用經驗

李興皓

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Nov 12, 2016, 9:43:48 PM11/12/16

to 成大心智影像研究中心-線上諮詢服務

各位使用者與老師好：

想詢問主要有兩個問題

1. 我透過前處理與影像分析得到一些我所感興趣的位置ROI，已經把它轉換成binary mask的形式，現在想要將這個mask套用到EPI影像上得出這些ROI位置的value，

但遇到的問題是，當我套上這個template去extract value時，軟體(REST)會自動把所有的位置(Template大約有16個clusters)認定成同一個區域，所以只會extract出一個值，不知道各位使用者、老師有沒有什麼建議的方法可以解決這個問題？大意上就是已經有binary mask但無法區分開mask內的各cluster去extract value。

(我發現市面上可以找到做好的template像是AAL或是BA，它們都會把不同區域label成不同數值(例第一區label成1，第二區就是2...etc，但我的是binary mask所以是非1即0，我想只要能做到這個動作後續extract value應該也可以完成。我一直在嘗試使用IBASPM，但似乎沒有辦法達成目標)

2. 在了解IBASPM是否可達成我的目標的同時也看了它的介紹，發現它似乎也可以針對anatomical影像去做分析，且是GUI介面。

但我實際想要操作的時候，它請問我選擇分析模板時的檔頭是ccd，之前沒有接觸過這種檔案，想請問各使用者有沒有使用IBASPM分析anatomical影像的經驗可以分享？謝謝

李興皓

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Nov 13, 2016, 7:58:04 PM11/13/16

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另想請問第三個問題

3. 目前有軟體可以做到以大腦活化結果或是結構影像為獨變項的中介分析嗎？謝謝

葉丁瑞

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Nov 13, 2016, 8:12:43 PM11/13/16

to 李興皓, 成大心智影像研究中心-線上諮詢服務

您好

Yeh Ting-Jui

Member of Mind Research and Imaging Center, National Cheng Kung University

No.1,University Road,Tainan City 701,Taiwan

Tel: +886(6)2008114#13;

+886(6)2353535#6269

Fax: +886(6)2004848

Email : dingruey88@gmail.com

2016-11-13 10:43 GMT+08:00 李興皓 <joe26...@gmail.com>:

各位使用者與老師好：

想詢問主要有兩個問題

1. 我透過前處理與影像分析得到一些我所感興趣的位置ROI，已經把它轉換成binary mask的形式，現在想要將這個mask套用到EPI影像上得出這些ROI位置的value，
但遇到的問題是，當我套上這個template去extract value時，軟體(REST)會自動把所有的位置(Template大約有16個clusters)認定成同一個區域，所以只會extract出一個值，不知道各位使用者、老師有沒有什麼建議的方法可以解決這個問題？大意上就是已經有binary mask但無法區分開mask內的各cluster去extract value。
(我發現市面上可以找到做好的template像是AAL或是BA，它們都會把不同區域label成不同數值(例第一區label成1，第二區就是2...etc，但我的是binary mask所以是非1即0，我想只要能做到這個動作後續extract value應該也可以完成。我一直在嘗試使用IBASPM，但似乎沒有辦法達成目標)

A1:若要extract每個ROI的數值，需要依序建立ROI mask。建立好每個ROI的Mask，才會extract每個ROI的值。

看來IBASPM僅將ROI標示出來，沒將每個ROI mask輸出。

2. 在了解IBASPM是否可達成我的目標的同時也看了它的介紹，發現它似乎也可以針對anatomical影像去做分析，且是GUI介面。

但我實際想要操作的時候，它請問我選擇分析模板時的檔頭是ccd，之前沒有接觸過這種檔案，想請問各使用者有沒有使用IBASPM分析anatomical影像的經驗可以分享？謝謝

A2:不太懂你Q2的問題

丁瑞

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葉丁瑞

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Nov 13, 2016, 8:16:09 PM11/13/16

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您好

Yeh Ting-Jui

Member of Mind Research and Imaging Center, National Cheng Kung University

No.1,University Road,Tainan City 701,Taiwan

Tel: +886(6)2008114#13;

+886(6)2353535#6269

Fax: +886(6)2004848

Email : dingruey88@gmail.com

2016-11-14 8:58 GMT+08:00 李興皓 <joe26...@gmail.com>:

另想請問第三個問題
3. 目前有軟體可以做到以大腦活化結果或是結構影像為獨變項的中介分析嗎？謝謝

可以詳述這個問題嗎?有點不太理解。

我知道REST可以把結構影像當成covariate，但目前沒看過將結構影像當成獨變項的中介分析。

reade...@gmail.com

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Nov 23, 2016, 2:52:37 AM11/23/16

to 成大心智影像研究中心-線上諮詢服務, joe26...@gmail.com

Ding-Ruey Yeh於 2016年11月14日星期一 UTC+8上午9時12分43秒寫道：

> 您好
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> Yeh Ting-Jui
> Member of Mind Research and Imaging Center, National Cheng Kung University
> No.1,University Road,Tainan City 701,Taiwan
> Tel: +886(6)2008114#13;
> +886(6)2353535#6269
> Fax: +886(6)2004848

> Email : dingruey88...@gmail.com

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> 2016-11-13 10:43 GMT+08:00 李興皓 <joe26...@gmail.com>:
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> 各位使用者與老師好：
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> 想詢問主要有兩個問題
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> 1. 我透過前處理與影像分析得到一些我所感興趣的位置ROI，已經把它轉換成binary mask的形式，現在想要將這個mask套用到EPI影像上得出這些ROI位置的value，
> 但遇到的問題是，當我套上這個template去extract value時，軟體(REST)會自動把所有的位置(Template大約有16個clusters)認定成同一個區域，所以只會extract出一個值，不知道各位使用者、老師有沒有什麼建議的方法可以解決這個問題？大意上就是已經有binary mask但無法區分開mask內的各cluster去extract value。
> (我發現市面上可以找到做好的template像是AAL或是BA，它們都會把不同區域label成不同數值(例第一區label成1，第二區就是2...etc，但我的是binary mask所以是非1即0，我想只要能做到這個動作後續extract value應該也可以完成。我一直在嘗試使用IBASPM，但似乎沒有辦法達成目標)
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> A1:若要extract每個ROI的數值，需要依序建立ROI mask。建立好每個ROI的Mask，才會extract每個ROI的值。
> 看來IBASPM僅將ROI標示出來，沒將每個ROI mask輸出。
>

你好,IBASPM要用自己設的ROI mask去輸出,似乎還需要有相對應的.cod檔
想請問要如何去編輯或是設定這個cod檔呢?

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