resting state 分析方法以及quality control相關

葉軒豪

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Sep 25, 2018, 5:45:47 AM9/25/18

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中心好！
先前觀看中心請盧家鋒老師的spm resting state前處理教學後，將各資料皆進行了前處理，大部分的檔案都正常但是有一兩筆出現了結構扭曲請況(已確認原始檔案沒問題，重做但依然會有扭曲的狀況)
第二個問題是將其他前處理正常的圖標準化後將結果對齊T1影像後，發現和枕葉部分稍微對不上，但是所有檔案似乎是系統性的對齊偏誤，請問這個狀況是正常的嗎？是否是需要先進行QC的工作?

第三個問題是關於resting state的ReHo分析方法，中心的教學影片使用的rest toolbox是經過平滑化後的結果影像後經過filter後再進行ReHo分析，但是我去找了原始發表ReHo分析方法的討論區(如下列網址)，發表人臧老師表示ReHo似乎不能先做平滑化的前處理步驟。
https://restfmri.net/forum/node/2543
我試過做有平滑化和無平滑化的分析，結果非常不一樣，想詢問ReHo的分析應該是使用哪筆資料才正確。

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Ting-Jui Yeh

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Sep 25, 2018, 5:50:07 AM9/25/18

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約明天下午2點你有空嗎？
丁瑞
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葉軒豪

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Sep 25, 2018, 5:50:29 AM9/25/18

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https://drive.google.com/open?id=1vpV1o1slViGiaVLY2AVtrnQhjV0fCfKZ
補上圖片左上角是第一個問題(扭曲的圖像)
右上左下為第二個問題的例圖(對到右下的T1影像)

葉軒豪

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Sep 25, 2018, 2:15:02 PM9/25/18

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可以喔！

葉軒豪

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Sep 26, 2018, 2:02:04 PM9/26/18

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今天已成功排除影像扭曲問題，原因在於影像對正步驟有誤，經手動對正後已成功解決。

另外系統性誤差的問題在於slice timing的參數設定有誤，已重新利用新參數進行分析！

葉丁瑞

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Sep 26, 2018, 9:35:17 PM9/26/18

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hi 軒豪

我整理一下昨天下午的諮詢內容

出現系統性的校正偏誤，
首先、先回去掃描參數是否跟dcm file一致

再來、使用spm check image在哪個分析程序出現了偏誤．通常是normalization．以盧老師的教學，應該是第一個normalization 步驟

EPI的對位問題，需要把0點移到AP點上．
校正的視頻：https://youtu.be/vxxSp6s5LnY?t=35m22s