前處理參數

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paipa...@gmail.com

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Dec 6, 2017, 1:35:02 AM12/6/17
to 成大心智影像研究中心-線上諮詢服務
想請問,前處理各個參數有建議的標準嗎?
(ps. 這研究第一次要分析資料,我也是第一次分析資料)

謝謝

葉丁瑞

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Dec 6, 2017, 1:43:52 AM12/6/17
to paipa...@gmail.com, 成大心智影像研究中心-線上諮詢服務
前處理的參數,TR、TE、slices、和slices order在研究掃描時就確定了。

後續的spatial smoothing,和resampling voxel size,沒有特別調整可以用SPM預設的參數即可。

丁瑞

Yeh Ting-Jui
Member of Mind Research and Imaging  Center, National  Cheng Kung University
No.1,University Road,Tainan City 701,Taiwan
       +886(6)2353535#6269
Fax: +886(6)2004848
Email : dingruey88@gmail.com


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paipa...@gmail.com

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Dec 6, 2017, 10:56:31 PM12/6/17
to 成大心智影像研究中心-線上諮詢服務
請問我正在前處理,Dicom import,出來只有hdr檔,沒有img檔,為何呢?

葉丁瑞

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Dec 6, 2017, 11:07:28 PM12/6/17
to 林培維, 成大心智影像研究中心-線上諮詢服務
我是沒遇過這樣的情況。副檔名隱藏?

丁瑞

Yeh Ting-Jui
Member of Mind Research and Imaging  Center, National  Cheng Kung University
No.1,University Road,Tainan City 701,Taiwan
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Fax: +886(6)2004848
Email : dingruey88@gmail.com

2017-12-07 11:56 GMT+08:00 <paipa...@gmail.com>:
請問我正在前處理,Dicom import,出來只有hdr檔,沒有img檔,為何呢?

Chun-Yu Lin

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Dec 6, 2017, 11:33:24 PM12/6/17
to 葉丁瑞, 林培維, 成大心智影像研究中心-線上諮詢服務
在 windows 中?
os 設定是否有改成顯示副檔名?

CY




--
這是 Google 網上論壇針對「成大心智影像研究中心-線上諮詢服務」群組發送的訂閱通知郵件。

paipa...@gmail.com

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Dec 6, 2017, 11:44:07 PM12/6/17
to 成大心智影像研究中心-線上諮詢服務
Window
已成功,我是將它處存在桌面上叫出現了

林培維

unread,
Dec 26, 2017, 7:25:39 AM12/26/17
to 成大心智影像研究中心-線上諮詢服務
您好,我正在進行first level處理,我實驗步驟是
內置圖片 2
我的實驗都是固定時間,而我只要「辨識何種情緒」這部分的腦圖
請問,請問我在first level 裡面要設定onset time,我是設0,6,12...還是0, 6.1 , 12.1......
謝謝! 

<paipa...@gmail.com> 於 2017年12月7日 下午12:44 寫道:
Window
已成功,我是將它處存在桌面上叫出現了

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這是 Google 網上論壇針對「成大心智影像研究中心-線上諮詢服務」群組發送的主題訂閱通知郵件。
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培維 敬上
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paipa...@gmail.com

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Dec 26, 2017, 7:36:02 AM12/26/17
to 成大心智影像研究中心-線上諮詢服務
Chun-Yu Lin於 2017年12月7日星期四 UTC+8下午12時33分24秒寫道:

> 在 windows 中?
> os 設定是否有改成顯示副檔名?
>
>
> CY
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>
> 2017-12-07 12:07 GMT+08:00 葉丁瑞 <dingr...@gmail.com>:
>
> 我是沒遇過這樣的情況。副檔名隱藏?
>
> 丁瑞
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>
> Yeh Ting-Jui
> Member of Mind Research and Imaging  Center, National  Cheng Kung University
> No.1,University Road,Tainan City 701,Taiwan
> Tel: +886(6)2008114#13;
>        +886(6)2353535#6269
> Fax: +886(6)2004848
> Email : dingruey88...@gmail.com

>
>
>
>
> 2017-12-07 11:56 GMT+08:00 <paipa...@gmail.com>:
> 請問我正在前處理,Dicom import,出來只有hdr檔,沒有img檔,為何呢?
>
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> 您已訂閱「Google 網上論壇」的「成大心智影像研究中心-線上諮詢服務」群組,因此我們特別傳送這封郵件通知您。
>
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>
> 如需更多選項,請前往:https://groups.google.com/d/optout
>
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>
> 這是 Google 網上論壇針對「成大心智影像研究中心-線上諮詢服務」群組發送的訂閱通知郵件。
>
>
>
> 如要取消訂閱這個群組並停止接收來自這個群組的郵件,請傳送電子郵件到 fmrincku+u...@googlegroups.com
>
> 如需更多選項,請前往:https://groups.google.com/d/optout

您好,我正在進行first level處理,我實驗步驟是

情緒辨識(4秒)-->情緒回饋(2秒)--->情緒辨識(4秒)-->情緒回饋(2秒)--->..........

我的實驗都是固定時間,而我只要「情緒辨識」這部分的腦圖

Ting-Jui Yeh

unread,
Dec 26, 2017, 10:27:51 AM12/26/17
to paipa...@gmail.com, 成大心智影像研究中心-線上諮詢服務
您好

剛看到你有比較詳細實驗描述。

Onset通常設定為整數如0、6、12....

另外你是選second還是scan?

若選second則onset數值單位為秒,若選scan則onset數值單位為TR。

只要看情緒辨識的話,duration 要設定為4(second)或2(scan)

丁瑞


> 您好,我正在進行first level處理,我實驗步驟是
>
> 情緒辨識(4秒)-->情緒回饋(2秒)--->情緒辨識(4秒)-->情緒回饋(2秒)--->..........
>
> 我的實驗都是固定時間,而我只要「情緒辨識」這部分的腦圖
> 請問,請問我在first level 裡面要設定onset time,我是設0,6,12...還是0, 6.1 , 12.1......
> 謝謝!
>

paipa...@gmail.com

unread,
Jan 3, 2018, 12:37:37 AM1/3/18
to 成大心智影像研究中心-線上諮詢服務
Ding-Ruey Yeh於 2017年12月26日星期二 UTC+8下午11時27分51秒寫道:

您好,最近在處理資料的first level,想請問放射師給的頭動資訊,我們可以如何在這個資訊納入分析

Ting-Jui Yeh

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Jan 3, 2018, 2:20:10 AM1/3/18
to paipa...@gmail.com, 成大心智影像研究中心-線上諮詢服務
您好

你指的是spm跑出來的rp_*.txt嗎?還是紅黃綠,console端頭動訊號?

丁瑞

從我的 iPhone 傳送

paipa...@gmail.com

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Jan 3, 2018, 10:27:55 PM1/3/18
to 成大心智影像研究中心-線上諮詢服務
Ding-Ruey Yeh於 2018年1月3日星期三 UTC+8下午3時20分10秒寫道:
紅黃綠,console端頭動訊號,謝謝你!

紅黃綠,console端頭動訊號

葉丁瑞

unread,
Jan 3, 2018, 11:07:13 PM1/3/18
to 林培維, 成大心智影像研究中心-線上諮詢服務
您好

紅燈會建議現場重掃

黃燈和綠燈會建議你看一下SPM出來的rp_*.txt的數據,或是motion數據,大於2個voxelsize的mm,那個回合可考慮移除。

丁瑞


Yeh Ting-Jui
Member of Mind Research and Imaging  Center, National  Cheng Kung University
No.1,University Road,Tainan City 701,Taiwan
       +886(6)2353535#6269
Fax: +886(6)2004848
Email : dingruey88@gmail.com

2018-01-04 11:27 GMT+08:00 <paipa...@gmail.com>:
Ding-Ruey Yeh於 2018年1月3日星期三 UTC+8下午3時20分10秒寫道:
紅黃綠,console端頭動訊號,謝謝你!
> 您好
>
> 你指的是spm跑出來的rp_*.txt嗎?還是紅黃綠,console端頭動訊號?
>
> 丁瑞
>
> 從我的 iPhone 傳送
>
> > paipa...@gmail.com 於 2018年1月3日 下午1:37 寫道:
> >
> > Ding-Ruey Yeh於 2017年12月26日星期二 UTC+8下午11時27分51秒寫道:
> >> 您好
> >>
> >> 剛看到你有比較詳細實驗描述。
> >>
> >> Onset通常設定為整數如0、6、12....
> >>
> >> 另外你是選second還是scan?
> >>
> >> 若選second則onset數值單位為秒,若選scan則onset數值單位為TR。
> >>
> >> 只要看情緒辨識的話,duration 要設定為4(second)或2(scan)
> >>
> >> 丁瑞
> >>
> >>
> >>> 您好,我正在進行first level處理,我實驗步驟是
> >>>
> >>> 情緒辨識(4秒)-->情緒回饋(2秒)--->情緒辨識(4秒)-->情緒回饋(2秒)--->..........
> >>>
> >>> 我的實驗都是固定時間,而我只要「情緒辨識」這部分的腦圖
> >>> 請問,請問我在first level 裡面要設定onset time,我是設0,6,12...還是0, 6.1 , 12.1......
> >>> 謝謝!
> >>>
> >>> --
> >>> 您已訂閱「Google 網上論壇」的「成大心智影像研究中心-線上諮詢服務」群組,因此我們特別傳送這封郵件通知您。
> >>> 如要取消訂閱這個群組並停止接收來自這個群組的郵件,請傳送電子郵件到 fmrincku+unsubscribe@googlegroups.com

> >>> 如需更多選項,請前往:https://groups.google.com/d/optout
> >
> > 您好,最近在處理資料的first level,想請問放射師給的頭動資訊,我們可以如何在這個資訊納入分析
> >
> > --
> > 您已訂閱「Google 網上論壇」的「成大心智影像研究中心-線上諮詢服務」群組,因此我們特別傳送這封郵件通知您。
> > 如要取消訂閱這個群組並停止接收來自這個群組的郵件,請傳送電子郵件到 fmrincku+unsubscribe@googlegroups.com

> > 如需更多選項,請前往:https://groups.google.com/d/optout

紅黃綠,console端頭動訊號
--
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paipa...@gmail.com

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Jan 4, 2018, 12:38:32 AM1/4/18
to 成大心智影像研究中心-線上諮詢服務
好的,謝謝

Ding-Ruey Yeh於 2018年1月4日星期四 UTC+8下午12時07分13秒寫道:


> 您好
>
>
> 紅燈會建議現場重掃
>
>
> 黃燈和綠燈會建議你看一下SPM出來的rp_*.txt的數據,或是motion數據,大於2個voxelsize的mm,那個回合可考慮移除。
>
>
> 丁瑞
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
> Yeh Ting-Jui
> Member of Mind Research and Imaging  Center, National  Cheng Kung University
> No.1,University Road,Tainan City 701,Taiwan
> Tel: +886(6)2008114#13;
>        +886(6)2353535#6269
> Fax: +886(6)2004848

> Email : dingruey88...@gmail.com


>
>
> 2018-01-04 11:27 GMT+08:00 <paipa...@gmail.com>:
> Ding-Ruey Yeh於 2018年1月3日星期三 UTC+8下午3時20分10秒寫道:
>
> 紅黃綠,console端頭動訊號,謝謝你!
>
> > 您好
>
> >
>
> > 你指的是spm跑出來的rp_*.txt嗎?還是紅黃綠,console端頭動訊號?
>
> >
>
> > 丁瑞
>
> >
>
> > 從我的 iPhone 傳送
>
> >
>
> > > paipa...@gmail.com 於 2018年1月3日 下午1:37 寫道:
>
> > >
>
> > > Ding-Ruey Yeh於 2017年12月26日星期二 UTC+8下午11時27分51秒寫道:
>
> > >> 您好
>
> > >>
>
> > >> 剛看到你有比較詳細實驗描述。
>
> > >>
>
> > >> Onset通常設定為整數如0、6、12....
>
> > >>
>
> > >> 另外你是選second還是scan?
>
> > >>
>
> > >> 若選second則onset數值單位為秒,若選scan則onset數值單位為TR。
>
> > >>
>
> > >> 只要看情緒辨識的話,duration 要設定為4(second)或2(scan)
>
> > >>
>
> > >> 丁瑞
>
> > >>
>
> > >>
>
> > >>> 您好,我正在進行first level處理,我實驗步驟是
>
> > >>>
>
> > >>> 情緒辨識(4秒)-->情緒回饋(2秒)--->情緒辨識(4秒)-->情緒回饋(2秒)--->..........
>
> > >>>
>
> > >>> 我的實驗都是固定時間,而我只要「情緒辨識」這部分的腦圖
>
> > >>> 請問,請問我在first level 裡面要設定onset time,我是設0,6,12...還是0, 6.1 , 12.1......
>
> > >>> 謝謝!
>
> > >>>
>
> > >>> --
>
> > >>> 您已訂閱「Google 網上論壇」的「成大心智影像研究中心-線上諮詢服務」群組,因此我們特別傳送這封郵件通知您。
>

> > >>> 如要取消訂閱這個群組並停止接收來自這個群組的郵件,請傳送電子郵件到 fmrincku+u...@googlegroups.com


>
> > >>> 如需更多選項,請前往:https://groups.google.com/d/optout
>
> > >
>
> > > 您好,最近在處理資料的first level,想請問放射師給的頭動資訊,我們可以如何在這個資訊納入分析
>
> > >
>
> > > --
>
> > > 您已訂閱「Google 網上論壇」的「成大心智影像研究中心-線上諮詢服務」群組,因此我們特別傳送這封郵件通知您。
>

> > > 如要取消訂閱這個群組並停止接收來自這個群組的郵件,請傳送電子郵件到 fmrincku+u...@googlegroups.com


>
> > > 如需更多選項,請前往:https://groups.google.com/d/optout
>
>
>
> 紅黃綠,console端頭動訊號
>
>
>
> --
>
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>

paipa...@gmail.com

unread,
Jan 4, 2018, 11:10:19 AM1/4/18
to 成大心智影像研究中心-線上諮詢服務
paipa...@gmail.com於 2017年12月6日星期三 UTC+8下午2時35分02秒寫道:

> 想請問,前處理各個參數有建議的標準嗎?
> (ps. 這研究第一次要分析資料,我也是第一次分析資料)
>
> 謝謝

你好,請問我可以帶著電腦去找你們,向你們請教資料分析的過程(自己有做過完整的程序,但是自己摸索,擔心有些錯誤)

Ting-Jui Yeh

unread,
Jan 4, 2018, 11:25:12 AM1/4/18
to paipa...@gmail.com, 成大心智影像研究中心-線上諮詢服務

01/05下午二點以後,可以嗎?
丁瑞

從我的 iPhone 傳送

paipa...@gmail.com

unread,
Jan 4, 2018, 10:24:40 PM1/4/18
to 成大心智影像研究中心-線上諮詢服務
您好,因為課程的緣故,那可以跟您約四點嗎??
謝謝

Ting-Jui Yeh

unread,
Jan 4, 2018, 10:52:19 PM1/4/18
to paipa...@gmail.com, 成大心智影像研究中心-線上諮詢服務
可以。到時候見。
記得帶電腦來。

丁瑞

從我的 iPhone 傳送

> paipa...@gmail.com 於 2018年1月5日 上午11:24 寫道:
>
> 您好,因為課程的緣故,那可以跟您約四點嗎??
> 謝謝

paipa...@gmail.com

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Jan 5, 2018, 12:06:20 PM1/5/18
to 成大心智影像研究中心-線上諮詢服務
您好,請問first level分析中,最後pvalue建議用內建閾值p=0.001嗎?(若沒有任何特殊假設)還是一般我們認知的.05呢?

Ting-Jui Yeh

unread,
Jan 5, 2018, 7:03:26 PM1/5/18
to paipa...@gmail.com, 成大心智影像研究中心-線上諮詢服務
您好
先用.05,再用.001。看一下活化的區域大概是哪裡。
丁瑞

從我的 iPhone 傳送

> paipa...@gmail.com 於 2018年1月6日 上午1:06 寫道:
>
> 您好,請問first level分析中,最後pvalue建議用內建閾值p=0.001嗎?(若沒有任何特殊假設)還是一般我們認知的.05呢?
>
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