老師和各位使用者大家好
今天想要請教一下有關FSL的全腦分析問題
目前手上的data已經跑完TBSS
得到mean_FA,mean_FA_skeleton,all_FA_skeletonized等等的.nii.gz檔
想進一步的從全腦去分析是否和age有linear或quadratic的關係
因為沒找到quadratic要如何設定,下面就先嘗試跑一般的linear
根據fsl的userguide我先用glm的gui嘗試設置design檔
把age資料輸入到EV1
http://imgur.com/xSRbW4T設定contrast
http://imgur.com/NlAi1nC之後用randomise指令讓他跑
randomise -i all_FA_skeletonised -o tbss -m mean_FA_skeleton_mask -d design.mat -t design.con --T2
之後把得到的檔案用fslview去疊加在MNI standard腦圖和mean_FA_skeleton上面看
在這邊碰到了問題
根據userguide的說法這邊的image volume都被設為 1-p ,所以我要看p<0.05 的話要用
tbss_tfce_corrp_tstat1 -l Red-Yellow -b 0.95,1 的指令去設定範圍
我這樣設定之後發現圖上就只有標準腦圖和mean skeleton,我跑出來的tbss_tfce_corrp_tstat1就被0.95,1的設定過濾掉了..
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想要請教大家
1.是否在甚麼地方有操作錯誤?
2.設定contrast的時候我根據以前使用spm分析的經驗,分別設了1 -1,應該就是分別看正相關和負相關?
3.如果我想要看quadratic分析的話,是否是在design把age平方的數據輸入EV2,之後contrast設[1, 1]?
以上問題麻煩大家了,感謝