freesurfer問題-無法出現001.mgz檔案

wha...@gmail.com

unread,

Apr 23, 2018, 4:41:00 AM4/23/18

to 成大心智影像研究中心-線上諮詢服務

你好:
昨天在用電腦跑體積的時候出現了問題(如連結https://imgur.com/a/70w6fJb)
今天再試一次也一樣，就算資料重新丟進去
還是遇到一樣的問題
都沒有出現預期的001.mgz檔案

有上網查過，發現也有人跟我遇到類似的問題(如連結)
https://bugzilla.redhat.com/show_bug.cgi?id=905638#c29
但我看不懂最後到底是要怎麼解決

Ting-Jui Yeh

unread,

Apr 23, 2018, 4:45:54 AM4/23/18

to wha...@gmail.com, 成大心智影像研究中心-線上諮詢服務

您好。
請問您的環境設定是？
丁瑞

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Ting-Jui Yeh

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Apr 23, 2018, 4:48:11 AM4/23/18

to wha...@gmail.com, 成大心智影像研究中心-線上諮詢服務

我剛看到環境設定了。
你是跑reconall，還是你要作什麼分析？

丁瑞

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> wha...@gmail.com 於 2018年4月23日下午4:41 寫道：
>

Ting-Jui Yeh

unread,

Apr 23, 2018, 5:57:46 AM4/23/18

to r054...@ntu.edu.tw, fmri...@googlegroups.com

您好。

您若要進行reconall，直接下reconall即可。

環境設定參考文件：

https://goo.gl/srzU3J

Freesurfer 教學影片：

https://m.youtube.com/watch?v=UvgXwUsSgoA。（01:30:00處開始。）

有何問題請再提出。

丁瑞

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鍾伊淳 <wha...@gmail.com> 於 2018年4月23日下午5:43 寫道：

要跑reconall做體積分析
謝謝

Ting-Jui Yeh <dingr...@gmail.com> 於 2018年4月23日下午4:48 寫道：

我剛看到環境設定了。
你是跑reconall，還是你要作什麼分析？
丁瑞

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> wha...@gmail.com 於 2018年4月23日下午4:41 寫道：
>
> 你好:
> 昨天在用電腦跑體積的時候出現了問題(如連結https://imgur.com/a/70w6fJb)
> 今天再試一次也一樣，就算資料重新丟進去
> 還是遇到一樣的問題
> 都沒有出現預期的001.mgz檔案
>
> 有上網查過，發現也有人跟我遇到類似的問題(如連結)
> https://bugzilla.redhat.com/show_bug.cgi?id=905638#c29
> 但我看不懂最後到底是要怎麼解決
>
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wha...@gmail.com

unread,

Apr 23, 2018, 6:13:53 AM4/23/18

to 成大心智影像研究中心-線上諮詢服務

無法進行reconall，之前用相同的指令都沒問題
但跑了40幾筆後突然出現這個問題
如連結https://imgur.com/a/mg0yJE7

補上環境設定，因螢幕截圖無法全部看到
tcsh
setenv FREESURFER_HOME /usr/local/freesurfer6.0/freesurfer
setenv SUBJECTS_DIR /home/neuron/Documents/TS
source $FREESURFER_HOME /usr/local/freesurfer6.0/freesurfer/SetUpFreeSurfer.csh
source /usr/local/freesurfer6.0/freesurfer/SetUpFreeSurfer.csh
cd /home/neuron/Documents/TS/12_MPRAGE_256-N26-M8y4m
mksubjdirs AA

Ting-Jui Yeh

unread,

Apr 23, 2018, 7:12:56 AM4/23/18

to wha...@gmail.com, 成大心智影像研究中心-線上諮詢服務

可以send 給我error log file
丁瑞

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Ting-Jui Yeh

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Apr 23, 2018, 7:51:27 AM4/23/18

to r054...@ntu.edu.tw, fmri...@googlegroups.com

資料夾名稱叫log。壓縮寄給我。

有完成跟沒完成各寄一個給我。

我看一下訊息哪裡有誤。

丁瑞

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鍾伊淳 <wha...@gmail.com> 於 2018年4月23日下午7:44 寫道：

您好:
沒有檔案耶~
就是在/mri/orig資料夾中是空的
正常情況下會出現"001.mgz"這個檔案(好像是壓縮檔，長的像一個蓋起來的箱子)
所以沒有辦法繼續做reconall

Ting-Jui Yeh <dingr...@gmail.com> 於 2018年4月23日下午7:12 寫道：

可以send 給我error log file
丁瑞

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> wha...@gmail.com 於 2018年4月23日下午6:13 寫道：
>
> 無法進行reconall，之前用相同的指令都沒問題
> 但跑了40幾筆後突然出現這個問題
> 如連結https://imgur.com/a/mg0yJE7
>
> 補上環境設定，因螢幕截圖無法全部看到
> tcsh
> setenv FREESURFER_HOME /usr/local/freesurfer6.0/freesurfer
> setenv SUBJECTS_DIR /home/neuron/Documents/TS
> source $FREESURFER_HOME /usr/local/freesurfer6.0/freesurfer/SetUpFreeSurfer.csh
> source /usr/local/freesurfer6.0/freesurfer/SetUpFreeSurfer.csh
> cd /home/neuron/Documents/TS/12_MPRAGE_256-N26-M8y4m
> mksubjdirs AA
>
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葉丁瑞

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Apr 23, 2018, 9:07:33 AM4/23/18

to r054...@ntu.edu.tw, 成大心智影像研究中心-線上諮詢服務

我建議你先跳過這一個受試者。

ERROR: no run data found in /home/neuron/Documents/TS/12_MPRAGE_256-N26-M8y4m/mri. Make sure to
have a volume called 001.mgz in /home/neuron/Documents/TS/12_MPRAGE_256-N26-M8y4m/mri/orig.

這受試者raw data有問題嗎?如檔案大小或是是否有缺檔之類的。

丁瑞

Yeh Ting-Jui

Member of Mind Research and Imaging Center, National Cheng Kung University

No.1,University Road,Tainan City 701,Taiwan

Tel: +886(6)2008114#13;

+886(6)2353535#6269

Fax: +886(6)2004848

Email : dingruey88@gmail.com

2018-04-23 21:01 GMT+08:00 鍾伊淳 <wha...@gmail.com>:

gmail提醒我
為了保護您免於受到病毒和有害軟體侵擾，Gmail 禁止使用者在郵件中附加某些類型的檔案，包括：
特定檔案類型 (詳見下列)，包括這些檔案的壓縮檔 (例如 .gz 或 .bz2 檔案) 或是所屬的封存檔案 (例如 .zip 或 .tgz 檔案)
所以用google drive傳送scripts資料夾壓縮檔，系統好像會自動寄連結出去，但網址還是再複製一次在email裡(如下)
https://drive.google.com/drive/folders/11yDFIvWc9HzRsQA6ymh-ptP9TlwvNp81?usp=sharing

葉丁瑞 <dingr...@gmail.com> 於 2018年4月23日下午8:38 寫道：
叫scripts，這個資料夾。

丁瑞

Yeh Ting-Jui
Member of Mind Research and Imaging Center, National Cheng Kung University
No.1,University Road,Tainan City 701,Taiwan
Tel: +886(6)2008114#13;
+886(6)2353535#6269
Fax: +886(6)2004848
Email : dingruey88@gmail.com

2018-04-23 20:07 GMT+08:00 鍾伊淳 <wha...@gmail.com>:
不好意思~沒有叫log的資料夾耶
全部資料夾如連結https://imgur.com/a/N4l9TwJ

不曉得您是否方便留下您手機?
我打電話給您，順便讓您做電腦遠端連線是否會方便些?

--
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葉丁瑞

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Apr 23, 2018, 9:25:48 AM4/23/18

to r054...@ntu.edu.tw, 成大心智影像研究中心-線上諮詢服務

我想到一個問題了，你一次同時跑幾個受試者?

丁瑞

Yeh Ting-Jui

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葉丁瑞

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Apr 23, 2018, 9:50:31 AM4/23/18

to r054...@ntu.edu.tw, 成大心智影像研究中心-線上諮詢服務

有解決就好了。

我想一個問題，你是用模擬器跑，然後沒有用mount 兩個windows和ubuntu的資料夾。這樣會受限於你在切割的時候，給予ubuntu的大小。

另外我有個好奇點。在這個截圖上。 https://imgur.com/a/mg0yJE7 為何在recon-all前要先作mri_convert?

順道一提，recon-all的指令，似乎是把input和output寫在同一個資料夾

習慣上把input和output放在不同資料夾裡。給你參考。

https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/FreeSurferBeginnersGuide

recon-all \
  -i  <one slice in the anatomical dicom series> \
  -s  <subject id that you make up> \
  -sd <directory to put the subject folder in> \
  -all

祝分析順利

丁瑞

Yeh Ting-Jui

Member of Mind Research and Imaging Center, National Cheng Kung University

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2018-04-23 21:41 GMT+08:00 鍾伊淳 <wha...@gmail.com>:

與其他跑完的人原始T1檔案大小相比，只差0.1MB，張數都一樣
也許我之後用另一個使用者帳號重建一個freesurfer系統試試看
因為學長說他也曾經遇過，最後是直接換電腦跑解決，但我換電腦就等於要重新安裝

我一次只跑一個受試者，因為之前開2-3個曾經整個當機過幾次(連windons系統一起當)

剛剛試其他人是可以繼續的，感謝幫忙

wha...@gmail.com

unread,

Apr 24, 2018, 4:22:29 AM4/24/18

to 成大心智影像研究中心-線上諮詢服務

這我就不清楚了
當初在交接的時候，學姐並沒有提到這些

葉丁瑞

unread,

Apr 24, 2018, 4:35:45 AM4/24/18

to wha...@gmail.com, 成大心智影像研究中心-線上諮詢服務

了解。

新版似乎不需要這個程序了。

給你參考。

丁瑞

Yeh Ting-Jui

Member of Mind Research and Imaging Center, National Cheng Kung University

No.1,University Road,Tainan City 701,Taiwan

Tel: +886(6)2008114#13;

+886(6)2353535#6269

Fax: +886(6)2004848

Email : dingruey88@gmail.com

2018-04-24 16:22 GMT+08:00 <wha...@gmail.com>:

這我就不清楚了
當初在交接的時候，學姐並沒有提到這些

鍾伊淳

unread,

Apr 24, 2018, 10:16:19 PM4/24/18

to 葉丁瑞, 成大心智影像研究中心-線上諮詢服務

與其他跑完的人原始T1檔案大小相比，只差0.1MB，張數都一樣

也許我之後用另一個使用者帳號重建一個freesurfer系統試試看

因為學長說他也曾經遇過，最後是直接換電腦跑解決，但我換電腦就等於要重新安裝

我一次只跑一個受試者，因為之前開2-3個曾經整個當機過幾次(連windons系統一起當)

剛剛試其他人是可以繼續的，感謝幫忙

葉丁瑞 <dingr...@gmail.com> 於 2018年4月23日下午9:07 寫道：

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