IBASPM 執行問題

[林仁一]

前兩周上盧家鋒老師的rs-fMRI資料分析課程，

有使用到IBASPM Atlas的功能，

我在執行上，會出現error，

IBASPM使用到"fileparts" function的問題(請見附圖)，"Too many output argument"

google了一下，發現"fileparts"的語法在matlab 2011a之後已經修改，

又由於IBASPM已經許久未更新版本，

我們使用的是matlab 2012b會出現這樣的錯誤，

網路上建議改用較舊的matlab版本應該可以解決。

http://www.mathworks.com/matlabcentral/answers/25236-fileparts-error

我試著以matlab 2010a 執行IBASPM，

發現就可以完整執行Atlas功能。

不知道是否有老師或同學有更好的方式，

可以在新版本的matlab上執行。

[cc kung]

forgot to cc. 

Begin forwarded message:

From: cc kung <chunch...@gmail.com>

Subject: Re: IBASPM 執行問題

Date: June 15, 2016 at 5:36:39 PM GMT+8

To: 林仁一 <lin7...@gmail.com>

hi 仁一：

我沒有解決方案。但我曾在 Princeton MVPA toolbox 的討論串上 (而且我們實驗室內的使用者也遇過) 看過類似這種 Matlab 版本更新後，舊版的程式(這裡是 date_time.m) 只能搭配舊版的 Matlab 才能執行的情形。幸運的是，目前電腦的硬碟空間都不小，因此一台電腦內裝兩至三套 Matlab versions 不是罕見的情形 (我的桌電內甚至有 三套：2009a, 2010a, 2014b...各有專門執行的功能)。

https://github.com/PrincetonUniversity/princeton-mvpa-toolbox/issues/6

cheers, cc

--
這是 Google 網上論壇針對「成大心智影像研究中心-線上諮詢服務」群組發送的訂閱通知郵件。
如要取消訂閱這個群組並停止接收來自這個群組的郵件，請傳送電子郵件到 fmrincku+u...@googlegroups.com。
如需更多選項，請前往：https://groups.google.com/d/optout。
<IBASPM_error.JPG>

[李興皓]

想請問學長及老師們，

我們實驗室使用IBASPM作Atalasing時(AAL template 116 regions for T1 image)，

會遇到75號AAL區域沒有output的情況，

我有去查出這個區域大概是左腦的globus pallidus，

在我們實驗室的兩個計畫案中都有發生類似情況，

想請問各使用者會不會遇到這樣的情形或是有什麼好的解決方案。

(註：我們所使用的分析Matlab是2010版本，IBASPM是盧家鋒老師使用版本)

感謝大家

[林仁一]

Hello, 

Try following steps:

1. 先找到 maltab的安裝資料夾後進到放fileparts的資料夾
    應該會在C:\Prgraom Files\MATLAB\R20xxx\toolbox\matlab\iofun\
2. 把原來的fileparts.m改名字變成fileparts.m.bak
3. 把附檔放到資料夾裏。

希望這樣應該可以解決問題。
如果不行的話，
那就將fileparts.m砍掉
然後再把fileparts.m.bak改回fileparts.m 

Best,
T.C.

林仁一於 2016年6月15日星期三 UTC+8下午1時44分06秒寫道：

[林仁一]

謝謝兩位老師的分享與解答。

測試了趙老師的方法，

在matlab 2012b可以完整執行IBASPM Atlasing。

林仁一於 2016年6月15日星期三 UTC+8下午1時44分06秒寫道：

[dearj...@gmail.com]

可以請教仁一兄，我用的是2014b Matlab,我也遇到相同問題，用盧老師的IBASPM會衝突。
想要請教您最後趙老師的方法為何，如何解決這個問題在您2012b的版本中跑IBASPM Atlasing.
感恩。

高雄 莊銘榮

[林仁一]

莊醫師請先下載附加檔【fileparts.m】，

再試著以下步驟操作：

1. 先找到 maltab的安裝資料夾後進到放fileparts的資料夾
    應該會在C:\Prgraom Files\MATLAB\R20xxx\toolbox\matlab\iofun\
2. 把原來的fileparts.m改名字變成fileparts.m.bak
3. 把附檔放到資料夾裏。

希望這樣應該可以解決問題。
如果不行的話，
那就將fileparts.m砍掉
然後再把fileparts.m.bak改回fileparts.m 

Ming-Jung Jimmy於 2017年5月24日星期三 UTC+8上午10時05分26秒寫道：

[Ming-Jung Jimmy]

謝謝林兄回覆，不過這之前我有試過，並沒有成功。
且一開啟matlab就出現很長的error串。

[葉丁瑞]

你可以把你的error message貼出來嗎?

丁瑞

Yeh Ting-Jui

Member of Mind Research and Imaging  Center, National  Cheng Kung University

No.1,University Road,Tainan City 701,Taiwan

Tel: +886(6)2008114#13;

       +886(6)2353535#6269

Fax: +886(6)2004848

Email : dingruey88@gmail.com

2017-05-24 10:56 GMT+08:00 Ming-Jung Jimmy <dearj...@gmail.com>:

謝謝林兄回覆，不過這之前我有試過，並沒有成功。
且一開啟matlab就出現很長的error串。

--
您已訂閱「Google 網上論壇」的「成大心智影像研究中心-線上諮詢服務」群組，因此我們特別傳送這封郵件通知您。

如要取消訂閱這個群組並停止接收來自這個群組的郵件，請傳送電子郵件到 fmrincku+unsubscribe@googlegroups.com。
如需更多選項，請前往：https://groups.google.com/d/optout。

[Ming-Jung Jimmy]

我找不到張貼附件的路徑，所以我把截圖Link放上來。
https://www.dropbox.com/sh/x0pvpbbj9gjyaj1/AAA25MakpoLePoWYCaC5up80a?dl=0

[葉丁瑞]

您好

wfu_pickatlas，內有包含IBASPM

wfu_pickatlas 下載：https://www.nitrc.org/projects/wfu_pickatlas/

您可以參考

丁瑞

Yeh Ting-Jui

Member of Mind Research and Imaging  Center, National  Cheng Kung University

No.1,University Road,Tainan City 701,Taiwan

Tel: +886(6)2008114#13;

       +886(6)2353535#6269

Fax: +886(6)2004848

Email : dingruey88@gmail.com

2017-05-24 11:02 GMT+08:00 Ming-Jung Jimmy <dearj...@gmail.com>:

我找不到張貼附件的路徑，所以我把截圖Link放上來。
https://www.dropbox.com/sh/x0pvpbbj9gjyaj1/AAA25MakpoLePoWYCaC5up80a?dl=0

[Ming-Jung Jimmy]

丁瑞兄，謝謝。

莊銘榮
Jimmy Ming-Jung Chuang

[lili...@gmail.com]

在 2016年6月15日星期三 UTC+8下午1:44:06，林仁一写道：

我用matlab 2010a运行，还是有错误。

[Ting-Jui Yeh]

您好

推薦使用 wfu pickatlas 內包含IBASPM功能

網頁：

http://fmri.wfubmc.edu/software/pickatlas

Manual：

http://fmri.wfubmc.edu/downloads/WFU_PickAtlas_User_Manual_v3.0.pdf

丁瑞

從我的 iPhone 傳送

--
您已訂閱「Google 網上論壇」的「成大心智影像研究中心-線上諮詢服務」群組，因此我們特別傳送這封郵件通知您。