テストしたとき複数回呼び出されることが確認できたので、調査結果として事実関係をメモしたものであり、理由は分かりません。
fmeobjects モジュールのソースは公開されていないので、調べることもできません。
> ② setDeleteSourceOnDestroy と setOutputSize はどういう使い道想定できますでしょうか?
これらのメソッドがいつ、どのように使われるのかは分かりません。
テストした際には、サンプルの方法でラスターを作成する場合にこれらが呼び出されることはなかったと記憶しています。
ドキュメントでは "This method must be implemented in the FMEBandTilePopulator subclass." を書かれていたのでサンプルに書きましたが、実際には実装する必要はないようです。
Getting Started > Working with Rasters のサンプルでは省略されているので、削除(無視)しても良いと思います。