結論から言いますと、変換先の投影座標系名として "JGD2K-06" を使うと、投影座標系名が "JGD_2000_Japan_Zone_6" になります。
同じ座標系でもさまざまな表現があって、どれが良いのか迷うことがあります。
パラメーターが同じならば実害はないはずですが、表現をあわせたいときはいくつか試してみる必要があります。
Tokyo Datum から JDG2000 に測地系変換を行う場合、パラメーターに基づく計算を行う方法と、国土地理院が公表しているグリッドシフトファイル "TKY2JGD.par" を使った補間計算を行う方法の2通りがあります。
旧測地系の三角点の測量成果には当時の測量技術の制約による誤差が含まれており、また、現在までに地殻変動もあるため、パラメーターに基づく計算では、同じ地点についての現在の測量結果と結構ずれることがあります。
"TKY2JGD.par" には、全国の陸域のすべての3次メッシュ格子点について Tokyo Datum と JGD2000 の間の緯度差、経度差が記述されており、任意の地点についてそれが含まれるメッシュ区画の4隅の緯度差、経度差に基づく補間をすることにより、比較的精度の高い変換ができます(あくまでも「比較的」であって、測地系変換、投影変換による誤差は避けられません)。
"TKY2JGD.par" はFMEにバンドルされており、CsmapReprojector を使うと、このグリッドシフトファイルを使った測地系変換ができます。
Transformation パラメーターで、"Tokyo-Grid_to_JGD2000" を選択します。
最近は、旧日本測地系(Tokyo Datum)のデータは少なくなりましたが、全くないわけではないので、これを覚えておくと便利です。