サブフォルダが1段階だけ (サブフォルダの下にさらに子孫フォルダがない) ならば、次の方法が簡単です。
PATHリーダーで、ルートフォルダ以下の全てのファイル/フォルダのパスを読む (例: C:\root\**)。
Tester でフォルダパスとファイルパスに分ける (path_type = directory)。
--> ファイルパスは、そのまま File Copy ライターに送って出力先フォルダにコピーする。
# *.gdb など拡張子がついたフォルダ名もあり得るので、フォルダパスとファイルパスの分類は path_type 属性を見るのが確実です。
Tester の後に FeatureMergerを追加。
フォルダパス --> Requestor
ファイルパス --> Supplier
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Requestor側: @Value(path_unix)/ ※フォルダパスの後にパス区切り文字 / を付加
Supplier側: @Value(path_directory_unix) ※ファイルの親フォルダのパス (後にパス区切り文字 / がついている)
# Windows のパス区切り文字 \ は何かとトラブルのもとになるので、UNIX パスを使うのが良いと思います。
FeatureMerger の NotMerged ポートから出力されるフォルダパスが、空のフォルダのパスです。
サブフォルダが2段階以上の場合は、FeatureMerger では対応できません。
2段階以上の場合は、InlineQuerier で SQL 文を工夫すればできそうです。