お送りいただいたデータを FME Data Inspector で調べたところ、画像中の枠線がメッシュポリゴンの境界とずれていました。
GeoTIFFファイルと同じ名前で、*.tif.aux.xml, *.tif.ovr という補助ファイルが含まれています。
これらはArcGISで何らかの作業をしたときに作成されるもので、GeoTIFFデータ自体が修正されていなくても、ArcGISはこれらの補助ファイルを参照して、幾何補正や座標変換した後の状態での表示や処理を行う場合があります。
しかし、FMEはデータをあるがままに取り扱うことを大原則としており、これらの補助ファイルを参照して自動的に幾何補正などを行うことはありません。
おそらくこれが、ArcMapで表示したときには画像中の枠線とポリゴンの境界が一致しているのに、FMEでクリップするとずれてしまう、ということの理由だと思います。
データを修正しなくても、幾何補正などをした状態での表示や処理ができるのはArcGISの優れた機能ですが、反面、実際のデータの状態を調べるのには不向きであると言えます。