Não acho que irá descontinuar porque isso envolve mercado, e o mundo é capitalista. Não tenho nenhum contato com alguém da parte "comercial" da Adobe, mas penso que eles tem "olhos" para essa fatia sim, a começar pelo lançamento do Flash Player 10 que, pela primeira vez, foi simultaneo para windows, mac e linux e ainda hoje eles mantem a mesma versão do player para esses sistemas (e mais o Solaris também).
Mesmo o SO tendo uma filosofia "open-source", nada impede que a Adobe desenvolva uma versão paga para o FlexBuilder.
Acho que qualquer conclusão sobre "será descontinuada" pode ser mera especulação.
Enfim, a comunidade é grande e, se unida, com certeza pode chamar a atenção deles.
Vamos torcer, quem sabe sai uma versão linux do FlashBuilder agora no lançamento do beta.
Um abraço!