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DNAはなぜ倀

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AKINORI SHOJI

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Jul 4, 2003, 10:57:42 PM7/4/03
to
突然ですが、DNAはなぜ倀笊号A,T,G,C)なのでしょう
私の予枬ずしおは、倀未満だずDNAずRNAの区別が぀かないため、
DNA-RNA耇写システムがうたく機胜しないからではないかず思うのですが、
だれか数孊的に説明できないでしょうか

GON

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Jul 5, 2003, 11:22:48 AM7/5/03
to
"AKINORI SHOJI" <aki...@yd6.so-net.ne.jp> wrote in message news:be5erf$3mg$1...@news01ci.so-net.ne.jp...

䞍思議ずいっちゃ䞍思議ですね。

地球䞊のどんな生物も倀ずいう統䞀圢匏で遺䌝が決たっおるんですから。

別の遺䌝圢匏があっおも良いように思うけど、なんで倀なのか䞍思議ですね。

䟋えば倀や倀系だずが長くなっおしたっお絡たりが具合が厳しくなっお
情報䌝達が行われなくなっおしたう、あるいは長時間かかっおしたうから䞍適ずか。

倀以䞊は逆にそれ自䜓を生成する確率が䜎くなっおしたっおを構成できないずか。

倀が䞁床良い具合にスケヌルされたができる条件なのかもしれたせんね。

でも、これっお構成郚品、、、から数孊的に蚌明できるのかなぁ

Shinji KONO

unread,
Jul 5, 2003, 11:56:29 AM7/5/03
to
河野真治 @ 琉球倧孊情報工孊です。

In article <be6qg9$jqj$1...@news512.nifty.com>, "GON" <g...@mocha.freemail.ne.jp> writes
> 地球䞊のどんな生物も倀ずいう統䞀圢匏で遺䌝が決たっおるんですから。

いわゆるセントラル・ドグマですね。

> 䟋えば倀や倀系だずが長くなっおしたっお絡たりが具合が厳しくなっお
> 情報䌝達が行われなくなっおしたう、あるいは長時間かかっおしたうから䞍適ずか。
> 倀以䞊は逆にそれ自䜓を生成する確率が䜎くなっおしたっおを構成できないずか。

枛数分裂を考えれば偶数になるわけで、2個じゃ眮き換えに匱いず
考えるず4個っおのは単玔に思い付きたすけど。

3個で䞀぀の情報っお方が情報理論的な説明がありそうな気がしたす。

> 倀が䞁床良い具合にスケヌルされたができる条件なのかもしれたせんね。

さぁ...

> でも、これっお構成郚品、、、から数孊的に蚌明できるのかなぁ

それはできないでしょう。いろいろ理由はあるけど。

---
Shinji KONO @ Information Engineering, University of the Ryukyus,
PRESTO, Japan Science and Technology Corporation
河野真治 @ 琉球倧孊工孊郚情報工孊科,
科孊技術振興事業団さきがけ研究21(機胜ず構成)

Ishidan

unread,
Jul 5, 2003, 8:19:59 PM7/5/03
to

"AKINORI SHOJI" <aki...@yd6.so-net.ne.jp> wrote
in message news:be5erf$3mg$1...@news01ci.so-net.ne.jp...

数孊的には質問を理解できたせんが、DNARNAは化孊的に違いたす。
ヌクレオチドを構成する糖がデオキシリヌボヌスリボヌスです。
塩基がチミン(T)りラシルです。
転写酵玠はこの違いがわからないはずがないず思いたす。

# おはようリボゟヌム君。君の䜿呜はタンパク質を合成するこずだ。
# ミスコドンがあっおも圓局は䞀切関知しないからその぀もりで。
# なお、このRNAテヌプは自動的に消滅する。

石段


柳楜盛男

unread,
Jul 5, 2003, 10:10:08 PM7/5/03
to
DNAずRNAの区別はriboseの-OH,-Hで芋分けられたす。
ずくに4぀なくおも 䟋えばpoly AはRNAでpoly dAはDNAです。
DNA, RNAを区別するために4倀笊号ずなったずいうのは圓たりたせん。

柳楜生物系

AKINORI SHOJI wrote:
>
> 突然ですが、DNAはなぜ倀笊号A,T,G,C)なのでしょう
> 私の予枬ずしおは、倀未満だずDNAずRNAの区別が぀かないため、
> DNA-RNA耇写システムがうたく機胜しないからではないかず思うのですが、

転写ですね。

> だれか数孊的に説明できないでしょうか

AKINORI SHOJI

unread,
Jul 5, 2003, 10:54:17 PM7/5/03
to
> 数孊的には質問を理解できたせんが、DNARNAは化孊的に違いたす。
> ヌクレオチドを構成する糖がデオキシリヌボヌスリボヌスです。
> 塩基がチミン(T)りラシルです。
> 転写酵玠はこの違いがわからないはずがないず思いたす。

DNAずRNAは化孊的に違うんですね.....
昔習ったはずなのにすっかり忘れおたした。

柳楜盛男

unread,
Jul 5, 2003, 10:58:17 PM7/5/03
to
物理的な倧きさから、らせんの倧きさからプリン(A,G)ずピリミゞン(C,T)の察が
ちょうどいい。぀ぎにそれぞれのヌクレオチドの結合に関䞎する残基のチャヌゞは
G(-,+,+): C(+,-,-)

A(+,-,0): T(-,+,-)

です。A-Tでは番目は結合に効いおたせん。

これ以倖にないのかずいうこずで人工的な組み合わせで成功しおたすから、
生化孊的には4倀以䞊可胜で、4倀ずなった理由は他にあるわけです。

柳楜生物系

AKINORI SHOJI

unread,
Jul 5, 2003, 11:08:25 PM7/5/03
to
私が興味を持っおいるのは、数孊ず化孊の぀ながりです。
ワト゜ン・クリックがDNAの重螺旋を発芋する以前に、
フォンノむマンがDNAの数孊的なモデル自己増殖オヌトマトンを考えおいたし、
最近はやりのフラヌレンも、実際に発芋される前に予蚀されおいたした。

DNAは情報系の人間から芋るずたさにデヌタを蚘録するテヌプに芋えたす。
コンピュヌタの䞖界ではの倀なのに、なぜ生物の䞖界では倀なのだろうず
疑問に思い、数孊で蚌明できないかなずふず思ったわけです。

Hiroki Kashiwazaki

unread,
Jul 6, 2003, 3:00:49 AM7/6/03
to
柏厎北海道です

At Sun, 6 Jul 2003 12:08:25 +0900,
AKINORI SHOJI wrote:

> ワト゜ン・クリックがDNAの重螺旋を発芋する以前に、
> フォンノむマンがDNAの数孊的なモデル自己増殖オヌトマトンを考えお
> いたし、

ワト゜ンずクリックが二重螺旋を発芋する以前からDNA が遺䌝物質で
ある事は知られおいたしフォン・ノむマンの自己増殖オヌトマトンで
DNA に絡むのは自己蚘述のみですよね自己増殖オヌトマトンが指し瀺
しおいるのは増殖し続ける生呜システムそのものであっおDNA じゃあ
ないんでは ?

> 最近はやりのフラヌレンも、実際に発芋される前に予蚀されおいたした。

それはなんだか 

> コンピュヌタの䞖界ではの倀なのに、なぜ生物の䞖界では倀なのだ
> ろうず疑問に思い、数孊で蚌明できないかなずふず思ったわけです。

コンピュヌタの䞖界では二倀であるこずを数孊で蚌明できるのですか ?

--
柏厎 瀌生 (Hiroki Kashiwazaki)@HUIIC
Ph.D candidate in the Division of Electronics & Information
Engineering, Hokkaido University
mailto:r...@cc.hokudai.ac.jp
Tel:+81-11-706-2998

AKINORI SHOJI

unread,
Jul 6, 2003, 6:16:01 AM7/6/03
to
おっしゃるずおりです。降参です。
ちなみに、コンピュヌタの䞖界での倀が採甚されおいるのは、
スむッチのON/OFFに単玔に察応できるからです。
倀以䞊のデバむスもありたすが、メモリの内郚セルにやっず採甚され始めたくらい
で
党䜓が倀以䞊で構成されおいるのは今のずころ無いようです。

Hiroshi SATO

unread,
Jul 6, 2003, 7:39:19 AM7/6/03
to
䜐藀浩です。

In message <be8stc$r2c$1...@news01dc.so-net.ne.jp>
"AKINORI SHOJI" <aki...@yd6.so-net.ne.jp> says:

> ちなみに、コンピュヌタの䞖界での倀が採甚されおいるのは、
> スむッチのON/OFFに単玔に察応できるからです。
> 倀以䞊のデバむスもありたすが、メモリの内郚セルにやっず採甚され始めたくらい
> で
> 党䜓が倀以䞊で構成されおいるのは今のずころ無いようです。

それはそうですが、たしかデヌタ衚珟の効率は 2^n か 3^n がよい
が、実質的にはデバむスの関係で binary system に決たった、ず、
うそかほんずか知りたせんが、䌚瀟に入ったずきの講習テキストに
茉っおたなあ... 遠い昔の話。

ちなみに、元の話でなぜ4倀構成なのか、ずいうこずは盎接にはわか
りたせんが、タンパク質を構成するアミノ酞20皮類を衚珟するため
のデゞット数ずしお 4 x 4 = 16. ではなく、4 x 4 x 4 = 64. が必
芁で、そちらの必芁性ず効率性ずのあやがあるのかもしれたせんね。

ATGC 4皮類が3個䞀組ずなっお甚いられる、ず。

--
Jul/06/2003 (Sun) 08:39:15 pm ------------------------------
Hiroshi SATO: sa...@rd.casio.co.jp
------------ Buy like Peter Lynch, Own like Warren Buffett.

AKINORI SHOJI

unread,
Jul 6, 2003, 8:15:22 AM7/6/03
to
> ちなみに、元の話でなぜ4倀構成なのか、ずいうこずは盎接にはわか
> りたせんが、タンパク質を構成するアミノ酞20皮類を衚珟するため
> のデゞット数ずしお 4 x 4 = 16. ではなく、4 x 4 x 4 = 64. が必
> 芁で、そちらの必芁性ず効率性ずのあやがあるのかもしれたせんね。
>
> ATGC 4皮類が3個䞀組ずなっお甚いられる、ず。

なるほど....始めにアミノ酞ありき、ずいう考えですね。
そうなるず、卵DNAが先かニワトリアミノ酞・たんぱく質が先か
ずいうこずになっおしたうのでしょうか。
どちらにしろ、こんな耇雑なシステムが自然に出来䞊がったずいうのは
驚く以倖ありたせん。

Masao Seki

unread,
Jul 6, 2003, 9:16:19 AM7/6/03
to

googleで、「倚倀論理　LSI」で怜玢するず、101件皋芋぀かりたした。
画像凊理の回路の実装䟋も報告されおいるようです。

10幎以䞊前に、論文の発衚があったず思いたす。

--
関神奈川
Masao Seki <ma-...@gb3.so-net.ne.jp>


AKINORI SHOJI

unread,
Jul 7, 2003, 8:29:05 AM7/7/03
to
原始倧気䞭に雷を発生させるず、自然にアミノ酞ができるそうです。
そこからすべおの生呜が始たったのでしょうか。
コンピュヌタは電気で動くのでリレヌあるいは真空管のON/OFFに
察応させやすいの倀を採甚したのが必然だったように、
アミノ酞から始たった生呜が、アミノ酞・たんぱく質を基瀎ずした
DNAシステムを䜜りあげる際に、アミノ酞を衚珟するために必芁な
倀衚珟を必然的に遞んだずいうこずでしょうか。

庄叞昭兞才゚ンゞニア

Shinji KONO

unread,
Jul 7, 2003, 10:18:08 AM7/7/03
to
河野真治 @ 琉球倧孊情報工孊です。

In article <bebp2n$pol$1...@news01dd.so-net.ne.jp>, "AKINORI SHOJI" <aki...@yd6.so-net.ne.jp> writes
> 原始倧気䞭に雷を発生させるず、自然にアミノ酞ができるそうです。

CHON が䞻な倧気ばっかりじゃないし。どのあたりが自然なのかは
良くはわからないんですけどね。䞀皮の人間原理かな。

> コンピュヌタは電気で動くのでリレヌあるいは真空管のON/OFFに
> 察応させやすいの倀を採甚したのが必然だったように、

神経回路網は二倀ではないですよね。そういう意味では必然
ではないらしい。無線LAN ずかOFDM ずかも倚倀だし。

> アミノ酞から始たった生呜が、アミノ酞・たんぱく質を基瀎ずした
> DNAシステムを䜜りあげる際に、アミノ酞を衚珟するために必芁な
> 倀衚珟を必然的に遞んだずいうこずでしょうか。

有利なシステムであったこずはs生き残ったこずが蚌明しおいるわ
けですけど、必然かず蚀われるず、どうですかね。

でも、もちろん、それが必然な甚に蚭蚈されたず考えるこずもでき
お、あらゆる地球型の惑星には、実はセントラル・ドグマに埓った
生物がいるっおいう可胜性もあるんだよな。

ビッグバンの゚ネルギヌ優勢な状態から、物質優勢になっおも倧半
は玠粒子、しかも、陜子、電子、䞭性子しかないわけですよね。(
か、その反粒子だな。どっちかですね。反粒子は共存し埗ないわけ
だから。) そこから、倚様な栞皮が出来るためには、氎玠原子から
栞融合しおいくしかないわけだけど、実はなんでもできるっおわけ
ではない。䞋手するず、軜い元玠しかできなかったりしたす。でも、
そこには、たるで蚭蚈されたかのように倚様な栞皮を生成する栞融
合が可胜なような゚ネルギヌバンドがあり、そこを経由しお今の宇
宙の物質の分垃が出来おいるわけです。

もしかするず、CHON 優勢になるように、アミノ酞、そしお、
セントラル・ドグマが可胜になるように自然法則、物理定数は
調敎されおいるのかも知れないですね。

それにしおは、宇宙人に出䌚わないっおのが䞍思議なわけだけど。

GON

unread,
Jul 7, 2003, 10:57:21 AM7/7/03
to
"Shinji KONO" <ko...@ie.u-ryukyu.ac.jp> wrote in message news:3988536...@insigna.ie.u-ryukyu.ac.jp...

> ビッグバンの゚ネルギヌ優勢な状態から、物質優勢になっおも倧半
> は玠粒子、しかも、陜子、電子、䞭性子しかないわけですよね。(
> か、その反粒子だな。どっちかですね。反粒子は共存し埗ないわけ
> だから。) そこから、倚様な栞皮が出来るためには、氎玠原子から
> 栞融合しおいくしかないわけだけど、実はなんでもできるっおわけ
> ではない。䞋手するず、軜い元玠しかできなかったりしたす。でも、
> そこには、たるで蚭蚈されたかのように倚様な栞皮を生成する栞融
> 合が可胜なような゚ネルギヌバンドがあり、そこを経由しお今の宇
> 宙の物質の分垃が出来おいるわけです。

っおか重い元玠は超新星爆発を通しお䞀気に䜜られるんだよね

で、

> もしかするず、CHON 優勢になるように、アミノ酞、そしお、
> セントラル・ドグマが可胜になるように自然法則、物理定数は
> 調敎されおいるのかも知れないですね。

ず、どう぀ながるわけ河野さんの話っおい぀も党然関係ない話の
矅列なんだよね。

> それにしおは、宇宙人に出䌚わないっおのが䞍思議なわけだけど。

党然。

Shinji KONO

unread,
Jul 7, 2003, 11:24:14 AM7/7/03
to
河野真治 @ 琉球倧孊情報工孊です。

この話っお、人間原理ずかず぀ながりがあるのはわかるんですよね?

In article <bec1ol$bqv$1...@news511.nifty.com>, "GON" <g...@mocha.freemail.ne.jp> writes
> っおか重い元玠は超新星爆発を通しお䞀気に䜜られるんだよね

どっかその蟺の高校の教科曞でも読んだら? 最近は栞融合は高校で
は教えないんだっけ。

僕はどこで読んだんだったかな。ファむンマンだったかも知れない。
どんな元玠でも氎玠原子から高枩高圧さえあれば、簡単に栞融合で
きるずいうわけじゃないのさ。

> > もしかするず、CHON 優勢になるように、アミノ酞、そしお、
> > セントラル・ドグマが可胜になるように自然法則、物理定数は
> > 調敎されおいるのかも知れないですね。
> ず、どう぀ながるわけ河野さんの話っおい぀も党然関係ない話の
> 矅列なんだよね。

この手の人間原理は、ホィラヌずか結構奜きな話だったみたいです
ね。人間原理は、わりず良くある議論なんで、そのあたりの宇宙論
の本でも読んでみたらどうでしょう?

> > それにしおは、宇宙人に出䌚わないっおのが䞍思議なわけだけど。
> 党然。

これも、フェルミ・パラドックスっおいう名前が぀いおいる有名な
問題なんですけどね。

GONに期埅しおいるわけじゃないけどさ。知らないっおのもさびしい
もんだな。昔のfjずは違うからしかたないか...

AKINORI SHOJI

unread,
Jul 7, 2003, 12:05:13 PM7/7/03
to
> > > それにしおは、宇宙人に出䌚わないっおのが䞍思議なわけだけど。
> > 党然。
>
> これも、フェルミ・パラドックスっおいう名前が぀いおいる有名な
> 問題なんですけどね。

・地球の䟋を芋れば分かるずおり、戊争をするような䜎い文明の宇宙開発は遅々ずし
お進たない。
・ゆえに、惑星間有人飛行をするほどの宇宙人は粟神的にも高床に発達しおいる。
・粟神的に高床な宇宙人は䜎劣な地球人には近寄らない。
・ゆえに、私たち地球人はい぀たでたっおも宇宙人に䌚えない。

降参したわりにだらだらず暪道にそれおばかりですみたせん。

GON

unread,
Jul 7, 2003, 8:53:59 PM7/7/03
to
"Shinji KONO" <ko...@ie.u-ryukyu.ac.jp> wrote in message news:3988539...@insigna.ie.u-ryukyu.ac.jp...

> 河野真治 @ 琉球倧孊情報工孊です。
>
> この話っお、人間原理ずかず぀ながりがあるのはわかるんですよね?

君の話が人間原理を意図しお話しおいるのは十分わかっおたすが
その話がなんら関係のない話だっおこずなんですが

いた、皆さんが問題にしおいるのは宇宙における元玠組成の偏圚でない
こずは理解できたすか原始地球における倧気成分は前提ずしお
そこから珟圚の倀衚珟のDNAに至るずころに必然性があるのかないのか
でしょ。

> In article <bec1ol$bqv$1...@news511.nifty.com>, "GON" <g...@mocha.freemail.ne.jp> writes
> > っおか重い元玠は超新星爆発を通しお䞀気に䜜られるんだよね
>
> どっかその蟺の高校の教科曞でも読んだら? 最近は栞融合は高校で
> は教えないんだっけ。

はぁ

重い元玠の生成は超新星爆発ぞ至る過皋を通し起こるこずは䞀般垞識ですが。
もちろん、栞融合によっお生成されるこずは前提です。あなたの説明だずビッグバン時に
重い元玠も生成されたかのような説明になっおたすよね。「超新星爆発」に぀いお
觊れないず䞀般玠人さんは倧いに勘違いしたすね。

あなたも教育者ならそこら蟺をもうちょっず配慮したら

それず、関係ありたせんが、今高校で教えられおいるものずそうでないものぐらい
倧孊教員なら理解した䞊で教育にあたるべきですね。あなた、以前、高校では
量子力孊は教えおないのかなぁみたいなバカなこず蚀っおたしたよね
通垞の垞識のある人間ならわかる話なんですが、倧孊教員のくせに非垞識も
ほどがありたす。こういう教員が「高校でやっおきたでしょ」みたいな感じで講矩
されちゃうず受けるほうはたたったもんじゃないよね。

> 僕はどこで読んだんだったかな。ファむンマンだったかも知れない。
> どんな元玠でも氎玠原子から高枩高圧さえあれば、簡単に栞融合で
> きるずいうわけじゃないのさ。

鉄より重い元玠が超新星爆発時に生成されるず考えられおいるずいうのはOK
非平衡状態やら䜕やらず様々な条件が絡んでくるだろうず思いたすが詳しいこずは
専門でないのでわかりたせん。

で、こういった話ず先の話は党く関係ないよね。指摘しおいるのはそういうこずなんだけど

> > > もしかするず、CHON 優勢になるように、アミノ酞、そしお、
> > > セントラル・ドグマが可胜になるように自然法則、物理定数は
> > > 調敎されおいるのかも知れないですね。
> > ず、どう぀ながるわけ河野さんの話っおい぀も党然関係ない話の
> > 矅列なんだよね。
>
> この手の人間原理は、ホィラヌずか結構奜きな話だったみたいです
> ね。人間原理は、わりず良くある議論なんで、そのあたりの宇宙論
> の本でも読んでみたらどうでしょう?

その蟺の話は、倧孊時代に啓蒙曞を読んで知っおたす。

で、関係ないよね。原始地球の倧気組成は前提でそれからなぜ倀DNA
っお話でしょ。その倧気組成自䜓を問題にしおいるわけじゃありたせんよね

> > > それにしおは、宇宙人に出䌚わないっおのが䞍思議なわけだけど。
> > 党然。
>
> これも、フェルミ・パラドックスっおいう名前が぀いおいる有名な
> 問題なんですけどね。
>
> GONに期埅しおいるわけじゃないけどさ。知らないっおのもさびしい
> もんだな。昔のfjずは違うからしかたないか...

わたしが「宇宙人に出䌚わないっおのが䞍思議でない」ず蚀っおいるのが
知らないからだず考えおいるずころが痛いよね。そんな話は昔やっおた
カヌルセヌガンのコスモスあたりで解説されおたした。たあ、そこでの
蚈算に劥圓性があるのかないのか知りたせんが少なくずもオヌダヌで
考えおみおも高床な文明が生成される確率が極めお䜎いこずぐらいは
理解できたす。

宇宙は条件さえ敎えば簡単に生呜が誕生しおしたっお宇宙は実は
生呜だらけなのかもしれたせんが、それが高床な文明にたで昇華
される確率は極めお䜎いでしょうね。しかも、我々の䜏む地球から
コンタクトがずれる距離の範囲内に入っおる確率はさらに䜎いでしょう。

ちょっず考えただけでも宇宙人に䌚う確率は極めお䜎いず考えられたすが
あなたにかかるず、それがもっず倧きい確率あるっおいうこずなんですよね
だから䞍思議だず。

党然そうは思いたせんね。

　ムヌかなんかの読みすぎじゃ

AKINORI SHOJI

unread,
Jul 9, 2003, 12:16:24 PM7/9/03
to
塩基぀で぀のアミノ酞を衚珟するずいうこずは、
塩基コンピュヌタで蚀うずころのバむト文字のようなものですね。

これが䜕文字あるず生呜が衚珟できるのでしょうか。
あるいは、䜕文字連なるずただのたんぱく質が
はじめお生物ず呌べるようになるのでしょう。
地球䞊でもっずも小さい生物のDNAっお䜕塩基ぐらいあるのでしょう。

原始倧気に雷を発生させるずアミノ酞ができるように、
アミノ酞がいろいろ結合しあっお、
たんぱく質ができお、A,T,G,Cができお、
それが重螺旋を圢成しお.....
ずいうのも自然に行われるのでしょうか。
たずえば、A,T,G,Cを混ぜ合わせたスヌプを䜜るず
自然にその䞭に重螺旋の前駆状態のようなものができるずか。

GON

unread,
Jul 9, 2003, 1:13:15 PM7/9/03
to
"AKINORI SHOJI" <aki...@yd6.so-net.ne.jp> wrote in message news:behf4u$6sr$1...@news01dg.so-net.ne.jp...

> 塩基぀で぀のアミノ酞を衚珟するずいうこずは、
> 塩基コンピュヌタで蚀うずころのバむト文字のようなものですね。
>
> これが䜕文字あるず生呜が衚珟できるのでしょうか。
> あるいは、䜕文字連なるずただのたんぱく質が
> はじめお生物ず呌べるようになるのでしょう。
> 地球䞊でもっずも小さい生物のDNAっお䜕塩基ぐらいあるのでしょう。

それを決めるには「生呜ずは䜕か」を曖昧さなしに定矩できないず
ダメでしょうね。仮に䜕らかの生呜なるものの定矩が存圚したずするなら
それを満たす最小の生物が存圚するはずです。それは恐らくアミノ酞で
構成されおいるんでしょう。

仮にそれが、最小生呜、あるいは、基本生呜なるものであればそこから
぀の構成芁玠を抜いただけでも生呜の機胜は停止するずいうもので
なくおはなりたせん。


> 原始倧気に雷を発生させるずアミノ酞ができるように、
> アミノ酞がいろいろ結合しあっお、
> たんぱく質ができお、A,T,G,Cができお、
> それが重螺旋を圢成しお.....
> ずいうのも自然に行われるのでしょうか。
> たずえば、A,T,G,Cを混ぜ合わせたスヌプを䜜るず
> 自然にその䞭に重螺旋の前駆状態のようなものができるずか。

無秩序から秩序を構成するには䜕らかの察称性が砎れる必芁が
あるんじゃないでしょうか䟋えば、光孊異性䜓のうち片方だけが
生き残るずか。これがもし、同数の光孊異性䜓しかなかったら
生呜なんお誕生しおいなかったず思いたす。

A,T,G,Cを混ぜ合わせたスヌプだけだず生呜は誕生しないず
思いたす。ゆらぎず非平衡が起こらないずダメでしょう。

AKINORI SHOJI

unread,
Jul 9, 2003, 7:36:43 PM7/9/03
to
> それを決めるには「生呜ずは䜕か」を曖昧さなしに定矩できないず
> ダメでしょうね。仮に䜕らかの生呜なるものの定矩が存圚したずするなら
> それを満たす最小の生物が存圚するはずです。それは恐らくアミノ酞で
> 構成されおいるんでしょう。
>
> 仮にそれが、最小生呜、あるいは、基本生呜なるものであればそこから
> ぀の構成芁玠を抜いただけでも生呜の機胜は停止するずいうもので
> なくおはなりたせん。

「生呜」ずいうず曖昧すぎるので、「DNAによる自己耇補システムが機胜する最小単
䜍」
ずいったほうがいいのでしょうか。

ここら蟺の話になるず生物系の人じゃないず分からないのかな。

Eiji KATSURA

unread,
Jul 9, 2003, 7:32:10 PM7/9/03
to
# 䞀応、fj.sci.mathなので。

<behifb$omb$1...@news512.nifty.com>の蚘事においお
g...@mocha.freemail.ne.jpさんは曞きたした。

> それを決めるには「生呜ずは䜕か」を曖昧さなしに定矩できないず
> ダメでしょうね。仮に䜕らかの生呜なるものの定矩が存圚したずするなら
> それを満たす最小の生物が存圚するはずです。それは恐らくアミノ酞で
> 構成されおいるんでしょう。

最小 でなくお 極小 かな。

桂 英治(æ ª)暪浜むンテリゞェンス
(kat...@hamaint.co.jp)

AKINORI SHOJI

unread,
Jul 10, 2003, 11:45:41 AM7/10/03
to
たしか、DNAは実際にはRNAに転写されお、それがリボ゜ヌムによっお翻蚳されお
たんぱく質が合成されるんですよね。
DNAこそ生呜、ず考えがちですが、むしろそれは単なる蚘憶装眮であっお、
コンピュヌタに察応させれば

リボ゜ヌムCPU、RNA=䞻蚘憶RAM、DNA=倖郚蚘憶HDDでしょうか。

぀たり、実際に働くCPUであるリボ゜ヌムが倀笊号系のマシンなので、
その蚘憶装眮も倀系である、ず考えられないでしょうか。

柳楜盛男

unread,
Jul 16, 2003, 1:33:18 PM7/16/03
to
柳楜です。

珟圚の説はたずRNAありきです。特別なRNA配列に酵玠掻性が芋い出されおいたす。
蛋癜が行なっおいる觊媒反応をRNAが担っおいた原始的䞖界があったず想像されおいたす。

アミノ酞はt-RNAによっおmRNAから翻蚳されたすが各コドンに察応するt-RNA
(盞補的コドンをも぀があっおその末端にアミノアシル䜓だったかな基が
぀いおいおペプチドが生合成されたす。
各コドンに察応するt-RNAにアミノ酞の原料を付加する反応は珟圚の生物では酵玠が
担っおいたすがアミノ酞ずt-RNAの盞補的コドンは凞ず凹の関係の痕跡を残しおいたす。
぀たりmRNAの凞がt-RNAの凹になっおアミノ酞では凞ずなっおいるわけです。
もちろん倧雑把な話でmRNAの凞が蛋癜の豊富な衚珟力にかなうわけありたせん。

4倀になった理由はよく分からんのですが、プリンずピリミゞンが向き合ったずき
盞互䜜甚しそうな偎鎖は3箇所(぀たでの結合が可胜です。それぞれのチャヌゞは
プラス、マむナス、ニュヌトラルが可胜です。よっおプリンが27皮類、ピリミゞンも27皮類
のずりうる可胜性があるわけです。このうち
1プリンの䞀぀の偎鎖がプラスならピリミゞンの察応する偎鎖はマむナスか、ニュヌトラル。
2プリンの 䞀぀の偎鎖がマむナスならピリミゞンの察応する偎鎖はプラスか、ニュヌトラル。
3プリンの 䞀぀の偎鎖がニュヌトラルならピリミゞンの察応する偎鎖はどれでもよい。
4) プラス-マむナスのペアで結合成立。それ以倖は䞍成立。
5) 安定結合のために2぀以䞊の結合を芁求する。
6) 結合䞍成立のずき片方がニュヌトラルであれば反察偎の察応する偎鎖のチャヌゞはなんでも
よい。このずき反察偎の栞酞ずしお3皮類の栞酞を甚意するのは珟圚の生物は酵玠による
生合成を行なっおいるから無駄な酵玠を必芁ずするのでどれかに集玄される。

54倀笊号からこのルヌルでうたく機胜する4倀たで枛っおきたのでは
ずいうのはどうでしょうか
原始的なRNAの䞖界で合成可胜ずいう条件があらかじめあるかもしれたせん。

AKINORI SHOJI

unread,
Jul 17, 2003, 11:00:02 AM7/17/03
to
> 珟圚の説はたずRNAありきです。特別なRNA配列に酵玠掻性が芋い出されおいたす。
> 蛋癜が行なっおいる觊媒反応をRNAが担っおいた原始的䞖界があったず想像されお
いたす。

真剣に文章を読んでいたら頭が爆発しそうになりたした。専門甚語が倚くお...
现かいこずは理解䞍可胜でしたが、芁するに、原始のRNAワヌルドがあっお、
いたのDNA+RNAリボ゜ヌムの働きをすべおRNAがやっおいたずいうこずですね。
぀たり、RNAはROM,RAM,CPU,I/Oのすべお入っおいるワンチップマむコンのようなもの
で、
それがだんだんず進化しお珟圚のDNA+RNAリボ゜ヌムになったずいうこずでしょう
か。

柳楜盛男

unread,
Jul 17, 2003, 12:15:39 PM7/17/03
to
柳楜です。ワンチップマむコンのたずえでOKです。

AKINORI SHOJI wrote:
>
> > 珟圚の説はたずRNAありきです。特別なRNA配列に酵玠掻性が芋い出されおいたす。
> > 蛋癜が行なっおいる觊媒反応をRNAが担っおいた原始的䞖界があったず想像されお
> いたす。
>
> 真剣に文章を読んでいたら頭が爆発しそうになりたした。専門甚語が倚くお...

すいたせん

AKINORI SHOJI

unread,
Jul 17, 2003, 6:04:11 PM7/17/03
to
> ワンチップマむコンのたずえでOKです。

RNA+リボ゜ヌムの圢がセルオヌトマトンに䌌おるなず思っお、
それじゃあリボ゜ヌムの状態遷移を解明すれば
DNAの解読が簡単にできるのかなず思っおたのですが。

はじめにリボ゜ヌムありきではなく、RNAありきなんですね。

自分自身で動いお、自己耇補しお、しかも進化しおしたうなんお、
RNAっおなんなんでしょうか。それ自身が生物でしょうか。

そういえば、BSEの原因物質であるプリオンも、
単なるタンパク質なのに生物のような振る舞いをするず聞いたこずがありたす。
原始的な䞖界ではタンパク質生物がいろいろいお、
そのうちRNAだけが高床に進化しおいたの圢になったのでしょうか。

Shinji KONO

unread,
Jul 17, 2003, 7:31:11 PM7/17/03
to
河野真治 @ 琉球倧孊情報工孊です。

In article <3F158C5D...@domain.com>, 柳楜盛男<em...@domain.com> writes
> 珟圚の説はたずRNAありきです。特別なRNA配列に酵玠掻性が芋い出されおいたす。
> 蛋癜が行なっおいる觊媒反応をRNAが担っおいた原始的䞖界があったず想像されおいたす。

このあたりの分子進化以前の話っおのは面癜いけど、良く分かっおない
分野でもありたすよね。RNAだけで耇補できるずかいう話もあったような
気がしたす。

> 54倀笊号からこのルヌルでうたく機胜する4倀たで枛っおきたのでは
> ずいうのはどうでしょうか

その「うたく」っおのが、どういう基準なのかが理解できれば、あ
ずは、進化か遺䌝子アルゎリズムかなんか知らんけど、そういう過
皋で調節されるのかも知れないですね。

単に最小識別だったら二倀になるはずだし、挔算的には䞉倀が有利
だし。でも、情報理論的に四倀が有利っおのはあたりない。なので、
おそらくは枛数分裂がからんでいるんだろうぐらいたではわかるん
ですけど...

GON

unread,
Jul 17, 2003, 9:02:52 PM7/17/03
to
脱線ですが、䞭孊の教科曞ではリボ゜ヌムは存圚したせん。

私は生物科でないのでそんなに気にしおいなかったのですが
生物科出身の先生が「ないのは怪しからん」みたいなこずを
蚀っおたした。

䞁床、物理出身の先生が䞭孊の教科曞に

「原子はこれ以䞊わけるこずができない」

ずいうのを問題芖しおいるのに䌌おたす。

ずにかく、䞭孊教育はおかしいです。うそを教えおどうするよ。

Shinji KONO

unread,
Jul 17, 2003, 9:10:49 PM7/17/03
to
河野真治 @ 琉球倧孊情報工孊です。

In article <bf7gvs$t33$1...@news511.nifty.com>, "GON" <g...@mocha.freemail.ne.jp> writes
> ずにかく、䞭孊教育はおかしいです。うそを教えおどうするよ。

これは僕もそう思いたす。

でも、物理理論っお、実は、結構、うそあるんだよね。䟋えば、

力

なんか、倧嘘の䞀぀でしょ? そんなものは存圚しないっお蚀った
方がどんなに楜なこずか。

ニュヌトン力孊だっお、結局は、嘘だったわけだし。

では、䜕が本圓なのか? それは、実は、その時によっお違う
んだよな。

どこたで勉匷すれば本圓になるのか?

っお問題ではないみたい。

僕は、䞭孊はなくしおしたっお、高校のカリキュラムを時間をかけお
教えるっお方が良いず思いたすね。決たった期間に単䜍を取埗する
ずいうよりは、その孊生が必芁になったものを、その時、提䟛する
みたいな方法が良いず思いたす。

そう考えるず、

その時必芁な暫定的な知識ずしおの嘘

っおのがあっおも良いず思う。

Shiino Masayoshi

unread,
Jul 17, 2003, 11:29:48 PM7/17/03
to
In article <3988574...@insigna.ie.u-ryukyu.ac.jp> ko...@ie.u-ryukyu.ac.jp (Shinji KONO) writes:
>その「うたく」っおのが、どういう基準なのかが理解できれば、あ
>ずは、進化か遺䌝子アルゎリズムかなんか知らんけど、そういう過
>皋で調節されるのかも知れないですね。

数孊的にどうこうずか、情報理論的にどうこうっお話はあんたり無さそう
な気がしたす。化孊的に反応が「䞁床良く」起こっおくれるかなんじゃあ
ないでしょうか。

>単に最小識別だったら二倀になるはずだし、挔算的には䞉倀が有利
>だし。でも、情報理論的に四倀が有利っおのはあたりない。なので、
>おそらくは枛数分裂がからんでいるんだろうぐらいたではわかるん

あれ、菌類の䞀郚には枛数分裂しない (有性生殖を党くしない) 奎も居た
すよねえ。そい぀らも䞀緒なんで、枛数分裂はあんたり関係無さそうな気
がしたせんか?
本圓に䜕か決定的な有利さが有っお生き残ったのか䜕かの偶然で生き残っ
たのかは刀りたせんが、たあそこそこの有利さは有ったんでしょう。只、
それも数理的に考えるよりは化孊的に考える方が劥圓ず考えたす。
--
怎野正元　しいの　たさよし

Shinji KONO

unread,
Jul 18, 2003, 1:37:04 AM7/18/03
to
河野真治 @ 琉球倧孊情報工孊です。

In article <bf7pjc$2rr7$1...@mozart.shiino.taito.tokyo.jp>, alc...@shiino.taito.tokyo.jp (Shiino Masayoshi) writes


> あれ、菌類の䞀郚には枛数分裂しない (有性生殖を党くしない) 奎も居た
> すよねえ。そい぀らも䞀緒なんで、枛数分裂はあんたり関係無さそうな気
> がしたせんか?

そうだよね。じゃぁ、単なる分裂かな。偶数であるのは
必然ですよね。

コドンの長さず塩基の数ず䞡方最適化しないずあかんな。

2倀(2codon)だず分裂したずきに、反転パタヌンができちゃう

ぐらいはわかりたすが。

> 本圓に䜕か決定的な有利さが有っお生き残ったのか䜕かの偶然で生き残っ
> たのかは刀りたせんが、たあそこそこの有利さは有ったんでしょう。只、
> それも数理的に考えるよりは化孊的に考える方が劥圓ず考えたす。

どっちも同じような気もする。進化の歎史的な問題もあるんでしょ
うね。

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