Пятая часть геномной базы данных содержит чужеродные элементы
Marinais
* Copied to: RU.BIOLOGY
=============================================================================
* Area : RU.COMPUTERRA
* From : News Robot, 2:5030/1256 (17-Feb-11 15:11:18)
* To : All
* Subj : Вышел второй эпизод квеста back to the future: the game
=============================================================================
Компьютерра
_____________________________________________________________________
Пятая часть геномной базы данных содержит чужеродные элементы
Опубликовано: 17.02.2011, 14:14
Марк Лонго и Рейчел О'Hил [1] из Университета штата Коннектикут
[2] (США) показали, что 18% базы данных бактериальных,
растительных и животных геномов (то есть всех, кроме геномов
приматов) загрязнены последовательностями ДHК человека.
Дэвид Хосслер из Калифорнийского университета в Санта-Крус [3]
(США) отмечает, что генетики знают о присутствии артефактов
человеческой ДHК в геномных сборках, но их количество до сих пор
не подсчитывалось. Судмедэксперты и специалисты, работающие с
древними ДHК, принимают особые меры для предотвращения
контаминации, но большинство проектов по секвенированию геномов
не столь строги, ведь в противном случае такой проект обойдётся
слишком дорого.
Учёные решили выяснить степень загрязнения геномных баз данных,
обнаружив человеческие последовательности в геноме рыбки данио.
Для этого они осуществили поиск элементов ALU, то есть короткого
ретропозона приматов. Эти последовательности оказались в наличии
в 492 из 2 749 архивов. Контаминации были и в исходных данных
секвенирования, и в окончательных сборках.
В большинстве случаев загрязнение состояло всего из нескольких
сотен оснований ДHК. Более тысячи оснований встречались очень
редко.
Присутствие контаминаций в сырых данных не вызывает удивления у
Роберта Уотерстона из Университета штата Вашингтон [4] (США). По
его мнению, это неизбежно, а вот компьютерные алгоритмы, которые
осуществляют сборку, обязаны находить и удалять чужеродные
артефакты. Увы, некоторые учёные безалаберно относятся к
разработке соответствующих фильтров.
Г-н Лонго и его коллеги предполагают, что источником загрязнения
служат кожа и волосы людей, работающих с образцами, а также
данные из других библиотек ДHК, которые находятся на том же
оборудовании. Исследователи обнаружили, например, доказательства
того, что геном утконоса [5] (Ornithorhynchus anatinus) содержат
последовательности, в действительности принадлежащие таммару [6]
(Macropus eugenii).
Пока это в большей степени теоретическая проблема
биоинформатики, но в скором будущем секвенирование геномов будет
применяться [7] в клинической практике, и тогда ценой
контаминации может стать человеческая жизнь. Стоит отметить, что
выделить в человеческом геноме элементы ДHК другого человека
намного сложнее, чем найти их в геноме бактерии.
Результаты исследования опубликованы в журнале Plos One [8].
Подготовлено по материалам Nature News [9].
[1]: http://www.mcb.uconn.edu/fac.php?name=oneillrj
[2]: http://www.uconn.edu/
[3]: http://www.ucsc.edu/
[4]: http://www.washington.edu/
[5]: http://ru.wikipedia.org/wiki/Утконос
[6]: http://en.wikipedia.org/wiki/Tammar_Wallaby
[7]: http://science.compulenta.ru/594096/
[8]: http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0016410
[9]: http://www.nature.com/news/2011/110216/full/news.2011.99.html
_____________________________________________________________________
Оригинал статьи на http://pda.compulenta.ru/?action=article&id=594452
=============================================================================