>仕様上ファイル毎にベリファイはできないのでしょうか?
できません。
信頼性のためには、基本的にはコピーからベリファイまでの間隔は長い方が良いので。
(なお、Ctrl + リストアップでベリファイ動作のみを行うことは出来ます。ただし少し遅い)
>サブフォルダーまでチェックする設定にはできないのでしょうか?
こちらもできません。
トップレベルの確認云々は、フォルダを丸ごと複製するニーズ用です。
それ以外の同名ファイルは、skipするか上書きするかを事前に決定してもらうイメージです。
(コピー中に問い合わせを出す動作が嫌というのが、FastCopyを作った動機の主要な一つなので(笑))
ただ、ソースコード的には複製用カウンタは全てのファイル情報に持たせることが出来る作りにしてあるので、自作改変するのはさほど難しくないとは思います。