それであれば、SJIS記録専用の FastCopy をもう一つ用意してはどうでしょうか。
Program Files\FastCopy配下の場合、Roaming\FastCopy に ini が作成されますが、それ以外であれば( C:\tools\FastCopy等)、fastcopy.exeの存在する位置にiniが作成されます。
UTF-8設定は、設定→ログ設定→ログはUTF8を利用、から設定可能になっています。
(なお、iniファイルは FastCopy起動時に読み込みますので、起動中に書き換えても反映しません)