これはそういう仕様になります。
FastCopy では Source に srcdir1; srcdir2... といった調子で複数のパスを指定することが出来ますが、
これは(例えば同期モードの場合)、
Source: srcdir1 DstDir: dstdir\ Cmd: sync...
Source: srcdir2 DstDir: dstdir\ Cmd: sync...
:
といった動作を繰り返すための略記表現だと思ってください。
また、複数のディレクトリをsrc指定した場合、
dstdir\srcdir1
dstdir\srcdir2
といった調子で、dstdir配下の別サブディレクトリに書かれるため、通常は自然な動作となります。
しかし、お使いの例ではルートドライブを複数並べています。
ルートドライブにはディレクトリ名がありませんから、それを複数並べてもdstdir配下は
サブディレクトリ化することなく、dstdir 直下という同じディレクトリが同期対象となるため、
1.最初のドライブの同期動作で、次のドライブからコピー済みのファイルが削除
2.次のドライブの同期動作では、最初のドライブからコピー済みのファイルが削除
最終的に、次のドライブの内容がコピーされて終わる、ということになるわけですね。
ちなみに、2つのドライブを重ね合わせた状態を、一つのディレクトリに集約してかつ、
両方に含まれないものは削除する、という動作を期待しているのだとすると、
これは、複数の実行に分けても不可能な動作ですね。
(おそらく、それが実現できるソフトは無いと思うのですが、どうなんでしょう?)
ということで、それぞれ、別フォルダに個別にバックアップされるのが現実的かと思います。