仕様として、可能な限りすべてのタイムスタンプを合わせるようにさせています。
手元で試した範囲では仕様通り動作しているようです。
もし、そうならない状況があるとすると、
・ディレクトリのタイムスタンプを変更するには、ディレクトリを特殊なフラグで開く必要があるが、それに失敗している。
・更新日付に関しては、変更した後に、何らかのエントリ操作が行われた
ということなります。
詳細の状況と再現条件を詳しくお知らせいただけると助かります。
・日付には作成/更新/アクセスの3つがあるが、現在日付になるのは作成日付のみかどうか
・ファイルシステムはNTFSか、またネットワークドライブは利用しているか
・特権/非特権モードで差があるか
・ACL/副次ストリームON/OFFで差があるか