こちらで試した範囲では、特に問題ないですね。
いくつか教えてください。
1.OSのバージョン、および、32bit or 64bit
2.FastCopyのバージョン、および、32bit or 64bit
3.インストール先
4.シェル拡張の有無(拡張している場合、シェル起動と通常起動で、別の場所のFastCopyが動いていないかどうかご確認下さい)
また、FastCopy2.ini.bakにリネームされるのは、FastCopy2.ini としての形式を満たしていない場合ですが(たとえば、[main] ini_version="2" がない、など)、何か、心当たりはありますか?(それか、何らかの事故で特殊文字が入っている、等もありうるかもしれません)
なお、C:\Program Files(やProgramData)などにインストールしている場合は、\Users\(user)\AppData\Roaming\FastCopy に ini が作られますが、それ以外ではインストール先に ini が作られますので(他の方法で上手くいかない場合は)そちらも一度お試し頂くとよいかもしれません。