差分(サイズ・日付)や差分(最新日付)では条件がヒットした同名ファイルが存在するとファイルを上書きして消してしまうのでSourceとDestDirどちらのファイルも残しつつ、同名になっているファイルが特定できればなと思いました。
同名のファイルがあった場合、該当ファイルはskipfilesしつつ「サイズ・日付の違う同名ファイルです。」というようなログが表示されると該当のファイルが特定出来ると思います。
FastCopy起動時の初期フォーカスはSorceボタンではなくVer2.**迄のように実行ボタンであると嬉しいです。
基本的には上書きなしながら、skipしたファイルを特定したいということですかね。
たとえば、2段階の手間は必要になりますが、「上書きなし」を選んで「実行」後に、「サイズ・日付」を選んで「リストアップ」を行うと、ご要望のスキップ対象リストが得られると思いますがどうでしょう?
ちなみに、どういった状況で「実行ボタン」にフォーカスがあると嬉しいかお教えいただけると助かります。