Paramètres des ellipses autour des coordonnées d'une modalité de variable qualitative supplémentaire

[Pierre de Larminat]

Bonjour,

J'essaie de recréer un certain nombre de sorties graphiques de FactoMineR en utilisant les sorties console de FactoMineR::AFM() et la librairie ggplot, sans utiliser les fonctions graphiques de FactoMineR.

Je bute sur les graphiques représentant les ellipses des variables qualitatives supplémentaires produites par

FactoMineR::plotellipses(mon_afm, keepvar = "quali.sup", axes = c(1,2)) 

Si l'objet mon_afm$quali.var.sup$coord contient les coordonnées du centre des ellipses, dans quelle sortie trouve-t-on les autres paramètres qui permettent de tracer les ellipses autour de leur centre? 

Pourriez-vous m'orienter?

Cordialement,

Pierre.

[lepape...@neuf.fr]

Bonjour,

Je ne suis pas certain de comprendre votre question, mais la fonction plotellipses() a de nombreux autres paramètres possibles.

 

plotellipses(model, keepvar = "all", axes = c(1, 2), means=TRUE, level = 0.95,

    magnify = 2, cex = 1, pch = 20, pch.means=15, type = c("g","p"),

    keepnames = TRUE, namescat = NULL, xlim=NULL, ylim=NULL, lwd=1,

    label="all", autoLab=c("auto","yes","no"),

        graph.type = c("ggplot","classic"), ...)

 

En outre, en utilisant par exemple le package {factoextra} pour faire des graphiques de type ggplot2 vous avez des possibilités pour régler les paramètres des ellipses.

Bien cordialement

Gilles LE PAPE

 

Gilles le Pape

14 rue de la Bretonnerie

37000 TOURS

Tél. 33-(0)2.47.05.87.59

www.anastats.fr

 

 

De : factomin...@googlegroups.com <factomin...@googlegroups.com> De la part de Pierre de Larminat
Envoyé : mercredi 4 août 2021 16:16
À : FactoMineR users <factomin...@googlegroups.com>
Objet : Paramètres des ellipses autour des coordonnées d'une modalité de variable qualitative supplémentaire

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[Pierre de Larminat]

Merci Gilles pour votre réponse rapide. Merci de m'avoir fait découvrir factoextra:: .

Je ne cherche pas les paramètres de la fonction FactoMineR::plotellipses() mais les paramètres des ellipses qu'elle trace.

Je ne suis pas sûr que l'extraction de ces valeurs soit l'objet de factoextra:: qui propose plutôt des fonctions de mise en forme des résultats d'analyse.

Quand la fonction FactoMineR::plotellipse() dessine l'ellipse, elle utilise pour le centre de l'ellipse les coordonnées moyennes de la modalité ainsi que d'autres paramètres qui définissent le tracé de l'ellipse autour du centre (sa largeur et sa hauteur). Ce sont ces paramètres que je cherche et j'aimerais trouver l'objet où ils sont stockés:

- Est-ce une sortie spécifique de l'analyse factorielle (ici une AFM)?

- Est-ce un calcul effectué sur le vif par FactoMineR::plotellipse() sur l'ensemble de la sortie d'analyse factorielle? Dans ce cas, existe-t-il une sortie non graphique de FactoMineR::plotellipse() qui permette de récupérer les résultats de ce calcul?

Cordialement,

Pierre

[Francois Husson]

Bonjour,

La matrice de variance-covariance qui est utilisée pour calculer la forme de l'ellipse est calculée dans la fonction plotellipses avat d'être utilisé par la fonction ellipse du package ellipse :

Cette matrice de variance-covariance n'est pas donnée en sortie de la fonction plotellipses. Vous pouvez la recalculer à partir de tous les points qui sont utilisés pour calculer l'ellipse et des lignes de code :

            matrice <- matrix(c(x, y), ncol = 2)
            cdg <- colMeans(matrice)
            if (means) {
                variance <- var(matrice)/length(x)
            }
            else {
                variance <- var(matrice)
            }

FH

Cette discussion peut être lue sur le Web à l'adresse https://groups.google.com/d/msgid/factominer-users/1a235608-8a8a-466d-b1c0-7399572cc440n%40googlegroups.com.

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Francois Husson
Department Statistics & Computer science
L'Institut Agro - AGROCAMPUS OUEST
65 rue de St-Brieuc - 35042 RENNES
Tel: +33 2 23 48 58 86
https://husson.github.io