Bonjour,
Une remarque préalable, vos NA ne sont pas des données manquantes mais une donnée où vous dites que la modalité n'est pâs choisie. A mon avis il est préférable d'éviter de parler de NA.
1. Dans l'analyse que vous faites, il est normal que vos NA apparaissent dans ce graphe. Pour les enlever, il faut un peu ruser et utiliser le selectMod :
selectMod=which(!((1:nrow(res.mca$var$coord))%in%grep("NA",rownames(res.mca$var$coord)))))
Par exemple, sur le jeu de données tea, si on veut enlever les modalités qui contienne "tea", voici les lignes de code :
data(tea)
res.mca <- MCA(tea,quanti.sup=19,quali.sup=20:36,graph=FALSE)
plot(res.mca, invis="ind",selectMod=which(!((1:nrow(res.mca$var$coord))%in%grep("tea",rownames(res.mca$var$coord)))))
2. Vous pouvez la considérer comme active.
3. Vous pouvez tout à fait prendre en actif ces 10 variables. Par contre, ce ne sont pas des données manquantes mais des non-choix, donc missMDA ne servirait pas ici.
FH