Is it possiple to calculate PCoA with FactoMiner?

[Germán Wies]

Dear group, I have used FactoMiner for many analyses, however, I am not pretty sure if it is some code/function to spicify to calculate a PCA with a Bray-Curtis distance matrix more than with Euclidean matrix (PCA). In that case a PCoa (Principal coordinate analysis could be performed).

Somebody knows?

Thank you very much for your time!!

Germán

[Gerardo Gold]

Hola German:

Yo creo que si se puede si calculas la semi-matriz de disimilitudes usando el índice de Bray-Curtis. Si no, es muy fácil hacerlo en R con el paquete 'vegan'. Si quieres una interfaz gräfica para 'vegan' puedes instalar el paquete 'BiodiversityR' que corre bajo 'Rcmdr', y además incluye muchas otras cosas que no hay en 'vegan'.

Saludos desde Texas,

Gerardo

Dr. Gerardo Gold Bouchot

Department of Oceanography

College of Arts and Sciences

Texas A&M University

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[Germán Wies]

Hola Gerardo!! Muchas gracias por tu respuesta! Por la manera de escribir, debes ser de latinoamérica! :-D

Tenía pensado hacerlo con vegan como segunda opción. Hacerlo con FactoMiner y factoextra me resultaba bueno por las opciones gráficas de ggplot. Los estudiantes se entusiasman cuando los gráficos se ven lindos!

Voy a chusmear un poco más las opciones que propusiste.

Gracias denuevo!

Que tengas buen día!!

Germán

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[Gerardo Gold]

Hola!

Pues resulta que soy mexicano, a pesar de que por mis apellidos la gente cree que soy extranjero, y de hecho hice mi preparatoria en la Prepa 8 de la UNAM y he usado varias veces el B/O Justo Sierra. Por cuestiones profesionales emigré hace unos años a Texas. Soy oceanógrafo químico y durante muchos años hice estudios de contaminación marina en el Golfo de México, usando muchas veces métodos multivariados como NMDS, RDA, CCA, etc.

Si decides usar 'vegan' o 'BiodiversityR' como estás usando R tienes a tu disposición 'ggplot2', y de hecho 'vegan' incluye varias gráficas usando ggplot2. Puedes copiar el código y modificarlas a tu gusto. De hecho algo que encuentro útil con 'vegan' es que si haces un PCA puedes generar una gráfica que encima un análisis GAM sobre los resultados, y puede ver muy fácilmente si los datos cumplen el requisito de linealidad que supone el PCA.

Saludos cordiales,

Gerardo

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[Germán Wies]

Ahora entiendo! Viste mi dirección de la UNAM!! :-)

Bueno te cuento que en realidad yo soy de Argentina. Vine a hacer el doctorado en ciencias biológicas en el IIES-UNAM, Morelia. Vine con mi esposa, tuvimos un hijo mexicano y está por llegar el segundo.Estoy muy contento de que se nos haya dado esta oportunidad. México nos recibió con los brazos abiertos! Siempre está la intriga de si seguir aquí, migrar a USA/Canadá o volvernos a Argentina, aunque por ahora los caminos se abren por aquí y estamos contentos...

Voy a avanzar con vegan (que yá medio lo conozco) + graficar en ggplot a ver si sale!!

Muchas gracias por tus recomendaciones y mucho éxito en lo que viene!

Un abrazo!

Germán

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[Gerardo Gold]

Muy buena suerte y bienvenidos a México!

Un abrazo,

Gerardo

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