Error not convenient group definition

22 views
Skip to first unread message

Zsanett B.

unread,
Apr 24, 2022, 9:43:24 PM4/24/22
to FactoMineR users
Hi, 
I tried to use the MFA function and all the time I am getting the same error. 
I have the following data.frame:
> az
              X    patientID years_to_birth vital_status days_to_death
1  TCGA-GM-A2DA TCGA-GM-A2DA             46            1          6593
2  TCGA-GM-A3XG TCGA-GM-A3XG             46            0             0
3  TCGA-GM-A3XN TCGA-GM-A3XN             44            0             0
4  TCGA-HN-A2OB TCGA-HN-A2OB             45            1          1900
5  TCGA-LD-A66U TCGA-LD-A66U             44            0             0
6  TCGA-MS-A51U TCGA-MS-A51U             44            0             0
7  TCGA-OL-A5D8 TCGA-OL-A5D8             40            0             0
8  TCGA-OL-A66I TCGA-OL-A66I             36            0             0
9  TCGA-OL-A66O TCGA-OL-A66O             39            0             0
10 TCGA-PL-A8LZ TCGA-PL-A8LZ             29            0             0
11 TCGA-PL-A8LY TCGA-PL-A8LY             30            0             0
12 TCGA-GM-A2DB TCGA-GM-A2DB             62            0             0
13 TCGA-GM-A2D9 TCGA-GM-A2D9             69            1          1812
14 TCGA-GM-A5PV TCGA-GM-A5PV             63            0             0
15 TCGA-LD-A74U TCGA-LD-A74U             79            0             0
16 TCGA-LL-A5YL TCGA-LL-A5YL             64            0             0
17 TCGA-LL-A6FQ TCGA-LL-A6FQ             77            0             0
18 TCGA-LL-A6FP TCGA-LL-A6FP             90            0             0
19 TCGA-LQ-A4E4 TCGA-LQ-A4E4             73            0             0
20 TCGA-OL-A66K TCGA-OL-A66K             72            1          1275
21 TCGA-S3-AA12 TCGA-S3-AA12             82            0             0
22 TCGA-S3-AA11 TCGA-S3-AA11             67            0             0
   days_to_last_followup tumor_tissue_site pathologic_stage pathology_T_stage
1                      0            breast        stage iib                t2
2                   1330            breast       stage iiia                t3
3                   2019            breast       stage iiia               t1c
4                      0            breast        stage iib                t2
5                    646            breast        stage iib                t2
6                    681            breast        stage iib                t2
7                    973            breast        stage iib                t3
8                    714            breast        stage iia               t1c
9                    528            breast        stage iib                t2
10                   302            breast       stage iiib               t4b
11                     8            breast        stage iib                t3
12                  2406            breast        stage iia                t2
13                     0            breast          stage i               t1c
14                   412            breast        stage iib                t2
15                   402            breast       stage iiic                t3
16                   519            breast        stage iib                t2
17                    80            breast       stage iiia                t2
18                   677            breast        stage iia                t2
19                   849            breast       stage iiia                t3
20                     0            breast        stage iia                t2
21                   574            breast       stage iiia                t3
22                   421            breast        stage iia                t2
   pathology_N_stage pathology_M_stage gender date_of_initial_pathologic_diagnosis
1                n1b                m0 female                                 1993
2                n1a                m0 female                                 2009
3                n2a                m0 female                                 2007
4                 n1                m0 female                                    0
5               n1mi                mx female                                 2012
6                 n1                m0 female                                 2012
7                 n0                mx female                                 2009
8               n1mi                mx female                                 2008
9                n1a                mx female                                 2012
10                n2                m0 female                                 2013
11                n0                m0 female                                 2013
12           n0 (i-)                m0 female                                 2006
13           n0 (i-)                m0 female                                 2006
14               n1a                m0 female                                 2011
15               n3a                m0 female                                 2013
16               n1a                mx female                                 2012
17               n2a                mx female                                 2013
18                nx                mx female                                 2012
19               n1a                mx female                                 2011
20                n0                mx female                                 2010
21               n1a                mx female                                 2013
22                n0                m0 female                                 2013
   days_to_last_known_alive radiation_therapy              histological_type
1                         0               yes  infiltrating ductal carcinoma
2                         0               yes infiltrating lobular carcinoma
3                         0               yes infiltrating lobular carcinoma
4                         0               yes infiltrating lobular carcinoma
5                         0               yes infiltrating lobular carcinoma
6                         0               yes infiltrating lobular carcinoma
7                         0               yes  infiltrating ductal carcinoma
8                         0               yes  infiltrating ductal carcinoma
9                         0               yes  infiltrating ductal carcinoma
10                        0                no  infiltrating ductal carcinoma
11                        0                no  infiltrating ductal carcinoma
12                        0               yes  infiltrating ductal carcinoma
13                        0               yes  infiltrating ductal carcinoma
14                        0                no infiltrating lobular carcinoma
15                        0                no                 other, specify
16                        0               yes infiltrating lobular carcinoma
17                        0                no  infiltrating ductal carcinoma
18                        0                no infiltrating lobular carcinoma
19                        0               yes infiltrating lobular carcinoma
20                        0                no infiltrating lobular carcinoma
21                        0                no  infiltrating ductal carcinoma
22                        0               yes  infiltrating ductal carcinoma
   number_of_lymph_nodes                      race              ethnicity
1                      2                     white not hispanic or latino
2                      3                     white not hispanic or latino
3                      5                     white not hispanic or latino
4                      2                         0                      0
5                      2                     white not hispanic or latino
6                      2                     white not hispanic or latino
7                      0 black or african american not hispanic or latino
8                      0 black or african american not hispanic or latino
9                      3 black or african american not hispanic or latino
10                     0 black or african american not hispanic or latino
11                     0 black or african american not hispanic or latino
12                     0                     white not hispanic or latino
13                     0                     white not hispanic or latino
14                     1                     white not hispanic or latino
15                    11                     white not hispanic or latino
16                     3                     white not hispanic or latino
17                     7 black or african american not hispanic or latino
18                     0                     white not hispanic or latino
19                     3                     white not hispanic or latino
20                     0                     white not hispanic or latino
21                     2 black or african american not hispanic or latino
22                     0 black or african american not hispanic or latino

I tried to do this: 

res <- MFA(az, group=c(15,16,18),type=c(rep("c",3)),
               ncp=5, name.group=c("A","B","C"),num.group.sup=c(1,6))


and everytime I am getting the same error: 

Error in MFA(az, group = c(15, 16, 18), type = c(rep("c", 3)), ncp = 5,  :
  not convenient group definition

Could you please help me with that? 

Zsanett
Reply all
Reply to author
Forward
0 new messages