Clusters différents entre graphique 2D et 3D de HCPC

[Serge Heiden]

Bonjour,

Je réalise une HCPC à partir d'une CA dans FactoMineR 2.6.

Les clusters représentés dans les vues 3D et 2D de cette HCPC ne sont pas identiques :

Les arbres semblent identiques mais deux clusters à gauche (3D) mélangent leur couleur par rapport aux couleurs des clusters à droite (2D).
Selon moi les deux points '2 Pompidou' et '4 Mitterrand' du graphique de gauche (3D) devraient être de couleur rouge comme membres du cluster rouge du graphique de droite (2D).

Qu'est-ce qui m'échappe ?

Merci,
Serge Heiden

[François Husson]

Bonjour,

Par défaut, il y a une consolidation des classes qui est faite dans HCPC. Cela permet d'avoir des classes plus homogènes, mais il n'y a plus adéquation entre les classes obtenues en coupant l'arbre et les classes qui sont représentées sur l'arbre en 3D.
Si vous voulez qu'il y ait adéquation, il faut utiliser l'argument consol=FALSE dans la fonction HCPC.

FH

--
Vous recevez ce message, car vous êtes abonné au groupe Google Groupes "FactoMineR users".
Pour vous désabonner de ce groupe et ne plus recevoir d'e-mails le concernant, envoyez un e-mail à l'adresse factominer-use...@googlegroups.com.
Cette discussion peut être lue sur le Web à l'adresse https://groups.google.com/d/msgid/factominer-users/cf0d1770-55c2-4ba4-9b8b-161c8ff09ee7n%40googlegroups.com.

--
François Husson
Department Statistics & Computer Science
L'Institut Agro
65 rue de St-Brieuc - 35042 Rennes
Tel: +33 2 23 48 58 86
https://husson.github.io/
https://www.youtube.com/@HussonFrancois/videos

[François Husson]

Il est possible de les représenter dans la vue 2D. C'est avec l'arbre hiérarchique que l'on perd l'adéquation entre les classes et l'arbre (pas entre la vue 3D et la vue 2D).
FH

Le 26/03/2024 à 16:50, Serge Heiden a écrit :

Re-bonjour,

Super, merci pour l'explication et la solution de ne pas demander de consolidation.
Mais si la consolidation est intéressante, pourquoi ne pas représenter les classes consolidées dans la vue 2D ?

  --SLH

Cette discussion peut être lue sur le Web à l'adresse https://groups.google.com/d/msgid/factominer-users/2a2afc97-37bc-41ca-b563-9d8a706a6d99%40agrocampus-ouest.fr.

[François Husson]

C'est possible de représenter en 2D et en 3D et il y a bien adéquation entre ces 2 vues (qu'on ait ou non consolidé les classes).
La seule chose qui change, c'est qu'il n'y a pas adéquation avec l'arbre hiérarchique s'il y a eu une consolidation des classes.

FH

Le 26/03/2024 à 17:05, Serge Heiden a écrit :

Je reformule : pourquoi ne pas représenter les classes consolidées par défaut (ou par option) dans la vue 2D (même si elles ne correspondent pas à une coupe de l'arbre) ?
C'est à dire :
- soit affichage classes non consolidées dans 2D et 3D (ce qu'on obtient avec consol=FALSE)
- soit affichage classes consolidées dans 2D et 3D
Pour avoir une forme de cohérence entre les deux vues.

-- SLH

[François Husson]

Bonjour,

choice="tree" permet de représenter l'arbre, et pas une vue en 2D. Il n'y a pas d'adéquation entre l'arbre ("tree") et les représentations 2D ("map") et 3D ("3D.map") quand il n'y a pas consolidation des classes.
Si vous voulez une vue en 2D, il faut utiliser choix="map".

FH

Le 27/03/2024 à 10:20, Serge Heiden a écrit :

Bonjour,

Je reprends le thread commencé hier soir.
S'il "est possible de représenter [les classes consolidées] en 2D et en 3D et il y a bien adéquation entre ces 2 vues" comment paramètre-t-on plot.HCPC(choice="tree", rect=TRUE) pour que les rectangles de classes correspondent aux classes consolidées ?

  --SLH

[François Husson]

Bonjour,

Les classes ne peuvent pas être affichée sur l'arbre. Ce n'est pas lié à FactoMineR, mais à la méthodologie. L'arbre qui tient compte de toute une hiérarchie alors que la consolidation des classes a cassé toute cette hiérarchie.

FH

Le 27/03/2024 à 14:10, Serge Heiden a écrit :

Re-bonjour,

Ça y est, j'ai compris d'où vient la confusion (terminologique), désolé.
Mon interprétation de plot.HCPC étant qu'elle visualisait graphiquement la classification.
Par vue 2D j'entendais donc l'arbre à plat (en 2D) [choice="tree"] et par vue 3D l'arbre en 3D superposé à un plan d'AFC [choice="3D.map"], et je n'utilisais pas choice="map".
Dans la terminologie de FactoMineR la vue 2D correspond à celle d'un plan d'AFC à plat avec ou sans arbre [choice="map"] et la vue 3D à celle d'un plan d'AFC en 3D avec un arbre [choice="3D.map"].
Donc la distinction 2D/3D de FactoMineR dans plot.HCPC concerne les plans d'AFC et pas la classification elle-même, même si les deux sont liés.

La conclusion que j'en tire par rapport à ma question initiale - dites moi si je me trompe - est que plot.HCPC(choice="tree", rect=TRUE) ne peut pas afficher les classes consolidées sous forme de rectangles colorés.

  --SLH