Viejo lo que aquel te explico lo podes encontrar bien detallado aca
http://www.netbeans.org/kb/docs/web/hibernate-webapp.html
toma en cuenta que este ejemplo es para derby y no mysql, una de las
cosas
que cambiarian es cuando creas tu proyecto, luego de escoger q vas a
usar hibernate
cambias el string de conexion
--> el puerto para conexion es: 3306
--> el host es localhost
--> usuario root
--> y el password es el que definiste al instalar mysql
--> te recomiendo usar emma y mysql workbench
(workbench es un paquete que cuenta con una funcion llamada Foward
Engineering
para tu Data base lo que hace especificamente es permitirte crear tu
data base de forma grafica y con la funcion que te digo genera el
script de tu esquema)
Exito!