バージョンによる計算結果の違いについて

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Noritaka Inoue

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Mar 5, 2014, 11:40:40 PM3/5/14
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0.2.4と0.3.beta1で同一の計算を実行したところ、溶媒和自由エネルギーが
 ・0.2.4: -33.7 kcal/mol
 ・0.3.beta1: -23.6kcal/mol
と異なる計算結果が得られました。
また、0.3.beta1ではslfengが出力されません。
(これは溶媒和自由エネルギーの違いとは無関係?)
 
なお、
 ・溶質の自己エネルギー
 ・溶媒和エネルギー
 ・soln, refsのエネルギー分布
については同一の計算結果が得られています。
 
考えられる原因を教えていただけないでしょうか。
 
 
以上、よろしくお願いいたします。
井上

nobuyuki

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Mar 6, 2014, 12:00:47 AM3/6/14
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井上さん

松林です

> 0.2.4と0.3.beta1で同一の計算を実行したところ、溶媒和自由エネルギーが
>  ・0.2.4: -33.7 kcal/mol
>  ・0.3.beta1: -23.6kcal/mol
>    ・溶質の自己エネルギー
> ・溶媒和エネルギー
> ・soln, refsのエネルギー分布
> と異なる計算結果が得られました。
これは、大分困りますね。
上ですが、出力ファイルとしては、(soln, refs)/uvrange.tt や、soln/aveuv.tt,
soln/engsln.XX, refs/engref.XX, refs/corref.XX が、
 0.2.4と0.3.beta1での計算で、同一というわけですよね?
それで、HISTORY fileや、MolPrm?,  SltInfo、parameters_er,  parameters_fe
といったところは、共通なんですよね?

>  0.3.beta1ではslfengが出力されません。(これは溶媒和自由エネルギーの違いとは無関係?)
これは無関係です。
slfengは、ほぼ見ないので、0.3のデフォルトでは、出力しないようにしています。
   selfcal = 1
を、parameters_er に書けば出力します

Noritaka Inoue

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Mar 6, 2014, 2:31:31 AM3/6/14
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松林先生
 
井上です。
迅速なご対応に感謝いたします。
 
>それで、HISTORY fileや、MolPrm?,  SltInfo、parameters_er,  parameters_fe
>といったところは、共通なんですよね?
 
parameters_feの値が間違っておりました。
お手数をおかけして申し訳ありませんでした。
 
 
井上
 

nobuyuki

unread,
Mar 6, 2014, 2:40:58 AM3/6/14
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一応、parameters_feを揃えたらどうなるか、を教えていただけますか?

Noritaka Inoue

unread,
Jun 6, 2014, 1:06:31 AM6/6/14
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松林先生の投稿を見逃しており、返信が遅れました。
大変申し訳ありませんでした。
 
parameters_feを揃えたら、両バージョンの値は問題ないレベル(~0.01kcal/mol)で一致いたしました。
バージョンだけでなくビルド環境も異なる状態での比較でしたので、
コーディングの不具合はないと思われます。
 
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