Config.logとermodのログ
MARUYAMA Yutaka
試してみていただきたいファイルがあります。
insertion.F90を入れ替えた後、MPI用のconfigureを実行し
make clean
make
してテストしていただけないでしょうか。実行前には
rm progress.tt
をしてください。
またその結果が他の完了している結果と同等か確認してください。
--disable-mpiの方は再現できていません。ただ、お送り頂いたoutput
を見ると
> ./configure —prefix=$HOME/ermod/ermod-1.0.2--disable-mpi
となっていて--disable-mpiの前のスペースがないので--disable-mpi
が効いていない可能性があります。
あと、今回は関係ないのですが、GROMACS用のgen_iputで--rigidの時に
生じるバグがあったので添付しておきます。こちらは桜庭氏が修正した
ものになります。
まるやま
2024年4月26日(金) 11:57 稲葉祐策 <kureha...@gmail.com>:
> You received this message because you are subscribed to the Google Groups "ermod-users" group.
> To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to ermod-users...@googlegroups.com.
> To view this discussion on the web visit https://groups.google.com/d/msgid/ermod-users/CAFiAoMQ0W6AE_ZMED4tedb%2Br7DZr1N4%2BHd1YK2WArL855c7ckQ%40mail.gmail.com.
稲葉祐策
丸山様
お世話になっております。
試したのですが、エラーになりました。
>make clean
>source /home1/share/x86_64/el8/intel/oneapi-2024.1.0/setvars.sh
>./configure --prefix=$HOME/ermod/ermod-1.0.2
>make
>source /home1/share/gromacs/gromacs-2023.2/intel_single_avx2/bin/GMXRC
soln/の方はエラーなし。
refs/で、
>(添付された)gen_input --traj ../solvent_run.xtc --log ../solvent_run.log --flexible ../solute_run_pbc.xtc
>(コンパイル済み)erdst
ERmod 1.0.2, Copyright (C) 2000-2024 Nobuyuki Matubayasi
2010-2024 Shun Sakuraba
ERmod comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
This is free software, and you can redistribute it
and/or modify it under certain conditions.
See LICENSE file for details.
Opening: "/home1/gnbr/unbr0002/ermod/ermod_GROMACS_example/solvent_run.xtc"...
Trying plugin "Gromacs XTC Compressed Trajectory"...OK
Starting erdst calculation with seed = 7798468937054928
Opening: "/home1/gnbr/unbr0002/ermod/ermod_GROMACS_example/solute_run_pbc.xtc"...
Trying plugin "Gromacs XTC Compressed Trajectory"...OK
gromacsplugin) Error reading timestep, unknown file format
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
Image PC Routine Line Source
libpthread-2.28.s 0000151987FD4CF0 Unknown Unknown Unknown
libc-2.28.so 0000151987C82E18 fclose Unknown Unknown
gromacsplugin.so 0000151980181C41 Unknown Unknown Unknown
gromacsplugin.so 0000151980185AF8 Unknown Unknown Unknown
erdst 0000000000444B2E Unknown Unknown Unknown
erdst 0000000000433CFC Unknown Unknown Unknown
erdst 000000000041806A Unknown Unknown Unknown
erdst 00000000004146B8 Unknown Unknown Unknown
erdst 000000000041DE5E Unknown Unknown Unknown
erdst 00000000004050B4 Unknown Unknown Unknown
erdst 0000000000404D6D Unknown Unknown Unknown
libc-2.28.so 0000151987C37D85 __libc_start_main Unknown Unknown
erdst 0000000000404C8E Unknown Unknown Unknown
(関係ないかもしれませんが)新しいoneapi-2024.1.0/setvars.shを読み込んでいて、
gromacs-2023.2/intel_single_avx2/bin/GMXRCは合ってないなどございますでしょうか。
上記はffで実行した結果で、batchファイルでジョブを投げると失敗しています。erdstのジョブ投げる方法ご存知でしょうか？
>Please verify that both the operating system and the processor support Intel(R) X87, CMOV, MMX, FXSAVE, SSE, SSE2, SSE3, SSSE3, SSE
4_1, SSE4_2, MOVBE, POPCNT, AVX, F16C, FMA, BMI, LZCNT, AVX2, AVX512F, AVX512DQ, ADX, AVX512CD, AVX512BW and AVX512VL instructions.
よろしくお願いいたします。
稲葉
To view this discussion on the web visit https://groups.google.com/d/msgid/ermod-users/CAEnXe%3DzH4n5FKy%3DziLHCwkQn%3DKP%2B7fFgk77s2c5DPRFtnMp6eA%40mail.gmail.com.
Shun Sakuraba
本件、問題と思われる部分を特定しましたので、しばらくお待ちください。
--
Shun Sakuraba
Shun Sakuraba
開発者の桜庭です。これまで情報ありがとうございました。
1) 1.0.3を新たにリリースしました。これまでの問題のうち、フロントエンドで実行した場合の問題は、ver.1.0.3で解決したのではと考えています。
まだ問題が起きるようでしたら、ご連絡ください。
2) batch実行については、おそらく
ifort -xHost
または
ifx -xHost
が、フロントサーバーのCPUに合わせたコードを出力するが、それがバッチ実行のCPU等と合わないという問題かとおもいます。
これについては、FOCUS側のマニュアル等でコンパイラオプションを調べて
./configure FCFLAGS="-xなんたらかんたら" のような形で渡す必要があります。
私自身は当該マシンの構成をよく把握していないので、FOCUSにサポート要員の方がいらっしゃればその方に伺うのが最適かなと思います。
以上、ご検討のほどよろしくお願いします。
>
> gromacsplugin.so 0000151980181C41Unknown UnknownUnknown
>
> gromacsplugin.so 0000151980185AF8Unknown UnknownUnknown
>
> erdst0000000000444B2EUnknown UnknownUnknown
>
> erdst0000000000433CFCUnknown UnknownUnknown
>
> erdst000000000041806AUnknown UnknownUnknown
>
> erdst00000000004146B8Unknown UnknownUnknown
>
> erdst000000000041DE5EUnknown UnknownUnknown
>
> erdst00000000004050B4Unknown UnknownUnknown
>
> erdst0000000000404D6DUnknown UnknownUnknown
>
> libc-2.28.so <http://libc-2.28.so> 0000151987C37D85__libc_start_main UnknownUnknown
>
> erdst0000000000404C8EUnknown UnknownUnknown
>
> (関係ないかもしれませんが)新しいoneapi-2024.1.0/setvars.shを読み込んでいて、
>
> gromacs-2023.2/intel_single_avx2/bin/GMXRCは合ってないなどございますでしょうか。
>
>
> 上記はffで実行した結果で、batchファイルでジョブを投げると失敗しています。erdstのジョブ投げる方法ご存知でしょうか？
>
> >Please verify that both the operating system and the processor support Intel(R) X87, CMOV, MMX, FXSAVE, SSE, SSE2, SSE3, SSSE3, SSE
>
> 4_1, SSE4_2, MOVBE, POPCNT, AVX, F16C, FMA, BMI, LZCNT, AVX2, AVX512F, AVX512DQ, ADX, AVX512CD, AVX512BW and AVX512VL instructions.
>
>
> よろしくお願いいたします。
>
>
> 稲葉
>
>
> 稲葉様
>
> 試してみていただきたいファイルがあります。
>
> insertion.F90を入れ替えた後、MPI用のconfigureを実行し
> make clean
> make
> してテストしていただけないでしょうか。実行前には
> またその結果が他の完了している結果と同等か確認してください。
>
> --disable-mpiの方は再現できていません。ただ、お送り頂いたoutput
> を見ると
>
> > ./configure —prefix=$HOME/ermod/ermod-1.0.2--disable-mpi
>
> となっていて--disable-mpiの前のスペースがないので--disable-mpi
> が効いていない可能性があります。
>
> あと、今回は関係ないのですが、GROMACS用のgen_iputで--rigidの時に
> 生じるバグがあったので添付しておきます。こちらは桜庭氏が修正した
> ものになります。
>
> まるやま
>
> >
> > メール送信がFailureになっているようでした。気づいておらず、すいません。
> >
> > 添付しました。
> > よろしくお願いいたします。
> >
> > 稲葉
> >
> > --
> > You received this message because you are subscribed to the Google Groups "ermod-users" group.
> > To view this discussion on the web visit https://groups.google.com/d/msgid/ermod-users/CAFiAoMQ0W6AE_ZMED4tedb%2Br7DZr1N4%2BHd1YK2WArL855c7ckQ%40mail.gmail.com <https://groups.google.com/d/msgid/ermod-users/CAFiAoMQ0W6AE_ZMED4tedb%2Br7DZr1N4%2BHd1YK2WArL855c7ckQ%40mail.gmail.com>.
> --
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> To view this discussion on the web visit https://groups.google.com/d/msgid/ermod-users/CAEnXe%3DzH4n5FKy%3DziLHCwkQn%3DKP%2B7fFgk77s2c5DPRFtnMp6eA%40mail.gmail.com <https://groups.google.com/d/msgid/ermod-users/CAEnXe%3DzH4n5FKy%3DziLHCwkQn%3DKP%2B7fFgk77s2c5DPRFtnMp6eA%40mail.gmail.com>.
> --
> You received this message because you are subscribed to the Google Groups "ermod-users" group.
> To view this discussion on the web visit https://groups.google.com/d/msgid/ermod-users/CAFiAoMRsBx6V%2BjQ-iwXLEk5kZQt2b6zzge6Oya4CRjDJxE%2BqkA%40mail.gmail.com <https://groups.google.com/d/msgid/ermod-users/CAFiAoMRsBx6V%2BjQ-iwXLEk5kZQt2b6zzge6Oya4CRjDJxE%2BqkA%40mail.gmail.com?utm_medium=email&utm_source=footer>.
--
Shun Sakuraba
稲葉祐策
桜庭様
丸山様
お世話になっております。
ermod-1.0.3で、FOCUSとmacで、GROMACSのサンプル(エタノール溶媒和)が実行できました。
ご対応、ありがとうございました。
Batch実行の方は、うまくいかなかったらFOCUSの方にも質問してみようと思います。
今後とも、よろしくお願いいたします。
稲葉
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