ERMOD新規ユーザーです。

[Mitsuharu Noto]

皆様

初めまして。
納戸＠大電です。
初めてEROMOD+gromacsを勉強しながら使っております。
ermodのtutorialをなぞって行っているのですが、
わからない点がございますのでご教授いただければと思います。

１）溶質のMD計算について
溶質のMD計算についてですが、
溶媒、溶液では５万回の計算を行われていますが、
溶質では2500万回行われています。
溶質ではこれだけの回数を行う理由をお教え頂きたく
お願いします。
この質問を行う理由は、この回数を行うと大きな分子では
計算に大変な時間が掛かってしまうと思われるためです。

２）バージョン0.3.5について
最初0.3.5をコンパイルして使用してみたのですが、
ermod_GROMACS_exampleのデータを読み込めませんでした。
0.3.4ではうまくいくようです。
理由はわかりませんが、
ubuntu12.04とdebian7ともに同じ結果でした。
初心者なので基本的なところでミスしているかもしれませんので
ご報告まで。

以上、初心者ですので的外れな質問かもしれませんが、
何卒よろしくお願いいたします。

納戸光治

[Nobuyuki MATUBAYASI]

納戸様

松林です。初めまして

> １）溶質のMD計算について
> 溶質のMD計算についてですが、溶媒、溶液では５万回の計算を行われていますが、
> 溶質では2500万回行われています。溶質ではこれだけの回数を行う理由をお教え頂きたくお願いします。

ermod_GROMACS_exampleでは、溶媒、溶液のMD timestepを 2 fsとして、

それぞれ 50 および 100 psのMDを行っています。

ただし、MD snapshotは、溶液では 10 fsに１回使用ということで、

全部で 10000 のsnapshotをermodに使います。

溶媒の場合は、MD snapshot を 100 fsに１回使用ということで、

全部で 500 のsnapshotをermodに使います。

そこで、defaultでは、溶媒へのtest particle insertionを、溶媒の1 snapshotについて1000回しますので、

全部で、５×10^5 回のinsertionをします。

そこで、孤立溶質ですが、MD timestepを 2 fsで 50 nsのMDを行い、100 fsごとにsnapshotを落としているので、

全部で、５×10^5 個のsnapshotを落としていることになります。

つまり、insertionを行う回数に一致させています。

insertionの回数と孤立溶質のsnapshotの個数を一致させる必要はありません。

insertionの回数 > 孤立溶質のsnapshotの個数 のときは、孤立溶質のsnapshotを何度も使い回すことになります。

ただし、少なくとも小分子であれば、50 ns程度はアッという間に計算が終わるので、上のように設定しました

> ２）バージョン0.3.5について

> 最初0.3.5をコンパイルして使用してみたのですが、
> ermod_GROMACS_exampleのデータを読み込めませんでした。

CentOS release 4.5 で試したみたのですが、問題なく読込めました。Mac OS Xでも同様です。

不思議ですね

松林

[Mitsuharu Noto]

松林先生

ご丁寧にお教えいただきありがとうございます。
１）の件理解できました。
ありがとうございます。

２）の件ですが私のミスかもしれません。
今は慣れるのが先かと思いますので、
0.3.4を使って計算を続けたいと思います。
そのうちcentosで試してみたいと思います。

ありがとうございました。

納戸



2017年1月10日火曜日 21時31分00秒 UTC+9 Nobuyuki MATUBAYASI:

[Mitsuharu Noto]

松林先生

0.3.5でエラーが出る件ですが、
ermodになれたので少し検討してみました。

エラーをよく見ると、
  Trying plugin "Gromacs XTC Compressed Trajectory"...OK
At line 140 of file engproc.F90 (unit = 95, file = 'EcdInfo')
Fortran runtime error: End of file
と出ていましたので
parameter_erのhistに

peread = 0

を加えるだけで解決しました。
説明ではperead = 0はデフォルトになっているようですが
どのような場合に強制する必要があるのでしょうか？
以上、何卒よろしくお願い申し上げます。


2017年1月11日水曜日 4時30分31秒 UTC+9 Mitsuharu Noto:

[Nobuyuki MATUBAYASI]

納戸様

理由が分かりました。バグでした

peread というパラメータは ver 0.3.5 で deprecated にして、その代わりに、

ecprread および meshread というキーを導入しました

（意味は、https://sourceforge.net/p/ermod/wiki/parameters-ermod03/ を見て下さい）。

その際に、peread の初期化を外してしまったためでした

そこで、ver 0.3.5の engproc.F90 の line 140 周りに

121行目辺りに

    allocate( uvmax(numslv), uvsoft(numslv), ercrd(large, 0:numslv) )

    !

    peread = NO                           ! deprecated       <------ 追加行です

    ecprread = NO

と入れて、再コンパイル（make ; make install）して確かめてみてもらえますか？

その際、parameter_erのhistからは peread = 0 は抜いて下さい（つまり、明示無しで）

上でうまく行けば、ver 0.3.6に変更として入れておきますが、

当面は、上の暫定改訂でお使い下さい

松林

[Mitsuharu Noto]

松林先生

早々のご返答有難うございます。
ご示唆頂きました通り変更しmakeしますと
問題なく動きました。
今後ともよろしくお願いいたします。

納戸

2017年3月3日金曜日 10時11分49秒 UTC+9 Nobuyuki MATUBAYASI:

[Nobuyuki MATUBAYASI]

良かったです。

こちらで使っているシステムでは、初期化していない変数に 0 が割り振られていたため、

問題が出なかったのだと思いますが、そうでないケースだったということですね