refsの実行の時のgen_inputのエラーコードがでることについての質問です。

[강산]

初めまして。今年から計算化学の研究室に配属された横浜国立大学の学部４年生の姜です。

初めてermodを使ってみてsolnの方はうまくいったのですが、、、、

gen_input -x ~/fukuoka/23CDA/3_solvent/dyn2/solvent_23CDA_dyn.xtc \

-l  ~/fukuoka/23CDA/3_solvent/dyn2/solvent_23CDA_dyn.xtc \

-s ~/fukuoka/23CDA/1_solute/dyn2/23CDA_dyn.xtc

というコマンドを実行したのですが、なぜか

 File "/usr/local/ermod/share/ermod/tools/gromacs/gen_input", line 289, in <module>

    (frames, is_periodic) = parse_mdp()

  File "/usr/local/ermod/share/ermod/tools/gromacs/gen_input", line 202, in parse_mdp

    if dic["vdwtype"] == "Cut-off" and modifier in [None, "None", "Potential-shift", "Potential-shift-Verlet"]:

のエラーコードの表示でその次から計算が動けません。

もしよろしければ確認とアドバイスの方よろしくお願いいたします。

[Shun Sakuraba]

姜様

ERmod開発者の一人の桜庭と申します。
gen_inputの-lオプションにはログファイル(.log)を指定する必要があるのですが、.xtcファイル(トラジェクトリファイル)を指定していることが原因では無いかと思います。
ご確認のほどよろしくお願い致します。

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--
Shun SAKURABA, Ph.D.
Researcher @ Quantum and Radiological Science and Technology
(Kono Hidetoshi Lab)
8-1-7 Umemidai, Kizugawa, Kyoto 619-0215, Japan

[강산]

迅速な対応、誠にありがとうございます。問題なく実行できました。

2018년 5월 16일 수요일 오후 4시 42분 33초 UTC+9, Shun 님의 말:

姜様

ERmod開発者の一人の桜庭と申します。
gen_inputの-lオプションにはログファイル(.log)を指定する必要があるのですが、.xtcファイル(トラジェクトリファイル)を指定していることが原因では無いかと思います。
ご確認のほどよろしくお願い致します。

On 2018/05/15 16:23, 강산 wrote:
> 初めまして。今年から計算化学の研究室に配属された横浜国立大学の学部４年生の姜です。
> 初めてermodを使ってみてsolnの方はうまくいったのですが、、、、
> gen_input -x ~/fukuoka/23CDA/3_solvent/dyn2/solvent_23CDA_dyn.xtc \
> -l  ~/fukuoka/23CDA/3_solvent/dyn2/solvent_23CDA_dyn.xtc \
> -s ~/fukuoka/23CDA/1_solute/dyn2/23CDA_dyn.xtc
> というコマンドを実行したのですが、なぜか
>   File "/usr/local/ermod/share/ermod/tools/gromacs/gen_input", line 289, in <module>
>      (frames, is_periodic) = parse_mdp()
>    File "/usr/local/ermod/share/ermod/tools/gromacs/gen_input", line 202, in parse_mdp
>      if dic["vdwtype"] == "Cut-off" and modifier in [None, "None", "Potential-shift", "Potential-shift-Verlet"]:
> のエラーコードの表示でその次から計算が動けません。
> もしよろしければ確認とアドバイスの方よろしくお願いいたします。
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