slvfeのエラーについて

[Noritaka Inoue]

初めまして。
デンソーの井上と申します。

件名の件ですが、実行後ほどなくして

　　　　「Incorrect energy range with species            1」

というメッセージが出力され、計算が停止してしまいました。

考えられる原因があれば、ご教授いただければ幸いです。

また、solnの計算が30分ほどで終了したのに対し、

refsの計算には47時間（約２日）も要しました。

このような計算時間は想定内でしょうか。

個人的には、refsの計算の方に何か問題があったのでは、

と感じております。

使用したパラメータは、ecdmin以外はデフォルトのものになります。

ermodのバージョンは0.2.4です。

以上、よろしくお願いいたします。

井上　鑑孝

[nobuyuki]

井上様

松林です。よろしくお願いいたします

下記の件ですが、ecdminを変えたようですが、

solnとrefsで同じ値になっている必要があります。

solnのparameters_erとrefsのparameters_erをみて、

&histのセクションにある値は、全て同じでないと、

solnとrefsでのエネルギーの座標の取り方が異なり、今回のようなエラーが出たのだと思います

それから、計算時間なのですが、どのような系ですか？

具体的には、溶質と溶媒の分子種、および、溶媒の分子数です。

また、solnとrefsのそれぞれについて、MDのframe数が、どれだけだったでしょうか？

計算時間は、上の情報に強く依存しますので、一旦、上の点を確認させて下さい

2013年10月11日金曜日 12時51分23秒 UTC+9 Noritaka Inoue:

[Noritaka Inoue]

松林先生

ご回答まことにありがとうございます。

＞solnとrefsで同じ値になっている必要があります。

同じ値を使用したつもりではありますが、

もしかしたらrefsの方で上手く反映されていなかったのも知れません。

もう一度計算条件を精査し、再計算してみます。

＞それから、計算時間なのですが、どのような系ですか？

溶媒：原子数110の分子、溶質：原子数90の分子です。

また、モデル内の溶媒分子数は94です。

（具体的な分子種は秘密事項となります、申し訳ありません）

＞また、solnとrefsのそれぞれについて、MDのframe数が、どれだけだったでしょうか？

soln、refsともに10000です。

以上、よろしくお願いいたします。

井上　鑑孝

[nobuyuki]

井上さん

松林です。

もう一度計算条件を精査し、再計算してみます。

了解です 

＞それから、計算時間なのですが、どのような系ですか？

溶媒：原子数110の分子、溶質：原子数90の分子です。

また、モデル内の溶媒分子数は94です。

（具体的な分子種は秘密事項となります、申し訳ありません）

＞また、solnとrefsのそれぞれについて、MDのframe数が、どれだけだったでしょうか？

soln、refsともに10000です。

なるほど。refsの場合は、１つのスナップショットに、溶質を仮想的に置きます。

溶質を仮想的に置いて、溶質―溶媒相互作用を計算しますが、

１回仮想的に置くと、結局、solnの1 frame分と同じ計算量です。

そして、デフォルトでは、仮想的に置く回数が、refsの１スナップショットあたり１０００回です

（maxinsというパラメータで変更可能です）。

というわけで、solnとrefsのframe数が同じなので、計算時間が１０００倍になり、

３０分 vs ２日となります。

それで、refsのframe数は、もっと少なくても構いません。

系は、均一系ですか？つまり、ミセルとか膜のように、

１カ所に１つの種類の分子が集まっているわけではないな？ 

そうであれば、refs用のtrajectoryの snapshot を save の頻度（MD本体で制御します）は、

solnの場合の 1/10程度で良いです。

その上で、MDそのものの時間も、refsは、solnの1/2〜1/5で良いです。

上で試してみてもらえますか？

[nobuyuki]

井上さん

松林です。PSです

> solnとrefsのframe数が同じなので、計算時間が１０００倍になり、

> ３０分 vs ２日となります。

これは、おかしいですね。すみません。

１０００倍であれば、５００時間なので２０日ですね。

同じスナップショットに、溶質を１０００回仮想的に置くのですが、

同じスナップショットを使っているということで、早くなるのかもしれません

ともあれ、均一系であれば

> refs用のtrajectoryの snapshot を save の頻度（MD本体で制御します）は、

> solnの場合の 1/10程度で良いです。

> その上で、MDそのものの時間も、refsは、solnの1/2〜1/5で良いです。

それで、現在は、せっかく、refs用trajectoryがあるので、

refs用MDを、再度走らせなくても良いです。

ermodを走らせる際に、parameters_er で、skpcnf = 10 としておけば、

スナップショットを、９飛ばしで読んで行きます

（つまり、１０回の内、１回のスナップショットを使う）

例えば、refs用MDが、100 fsに一回で、trajectoryがsaveされておれば、

skpcnf = 10 とすれば、1 ps毎に読み込むことになります

（デフォルトは、skpcnf = 1で、つまり、全スナップショットの読み込みです）

refs用のMDで、snapshot の save の頻度を、最初は高くしておいて、

その後、skpcnf を色々変えて、問題無いskpcnfの値が分れば、

その後の、refs用MDのsnapshot の save の頻度を下げると、

refs用MDのtrajectory fileが軽くなります。

例えば、最初は、100 fsに一回で、trajectoryをsaveしていたとして、

それで、skpcnf = 10 でも問題無いと分れば、

その後は、1 psに１回で、trajectoryをsaveすれば良いです

（ただし、1 psに１回になれば、ermodを走らせる際は、skpcnf = 1です）。

上のようにすれば、refs用のMDのtrajectory fileのサイズを１／１０にできます

2013年10月11日金曜日 18時59分40秒 UTC+9 nobuyuki:

[Noritaka Inoue]

松林先生

井上です。

計算時間の件、詳細に解説していただき、ありがとうございます。

対象の系は均一なので、計算時間を大分短縮できそうです。

エラーの件について、結果が得られ次第またご報告させていただきます。

[Noritaka Inoue]

松林先生

井上です。

エラーの件ですが、結論を言うとまだ解決できていません。

ecdminは同一の値となっていました。

異なる値となっていた場合、

　　At line 421 of file slvfe.F90

　　Fortran runtime error: End of file

というエラーメッセージが表示されます。

他に考えられる要因はありませんでしょうか。

P.S.

solnの計算時間は５分程度でした。失礼いたしました。

ですので、先生が最初になされた計算時間の見積もりは正しいと思います。

以上、よろしくお願いいたします。

井上　鑑孝

[nobuyuki]

なるほど。

> ecdminは同一の値となっていました。

この設定で正しいです。

となれば、ecdminをさらに小さくする必要があるかと思います。

例えば、ecdmin を、-300 とか、スゴく小さくしてみて、

そして、MDinfoを開けて、frame数を、100とかのように小さくして、短く solnだけ走らせます。

そうすると、uvrange.ttというファイルが出ますので

そこで、溶質―溶媒相互作用の最小値が分かります。

その最小値よりも、少し小さいぐらいの値に、ecdmin を設定して、本番を走らせる、

というやり方で、やってみてもらえますか？

[Noritaka Inoue]

松林先生

井上です。

ecdminを更に小さな値に設定したところ、

エラーが解消されました。

迅速かつ丁寧にご教授いただきまして、

まことにありがとうございました。

以上

井上