engrefについて

[Noritaka Inoue]

engrefの出力結果を見ると、ｴﾈﾙｷﾞｰ分布関数の20kcal/mol以上の値が1e-2のオーダーの有限値を取る結果が得られました。
これは特に問題ない計算結果なのでしょうか。
0～20kcal/molで値が1e-4のオーダーなのに、20kcal/molを境に突然1e-2のオーダーになるため、不自然な分布に見受けられます。

また、パラメータをeccore=20.0e0に設定しているのですが、eccoreの値と上記の計算結果は関係あるものなのでしょうか。


以上、よろしくお願いいたします。
井上

[nobuyuki]

井上さん

松林です。特に問題ないと思います。

eccoreの値の前後で、メッシュの幅が変ります。

eccoreより大きな値のところで、それまで、linearに刻んでいたメッシュが、

logarithmic になります。メッシュ幅が、大きくなります。

メッシュ幅が大きくなるので、１つのメッシュに入る分布が増えます。

同様のことが、エネルギー 0 の近傍でもあります。

エネルギー 0 の近傍では、メッシュ幅を小さくしています。

これに対応して、メッシュ幅が変るところでは、engslnやengrefの値に、飛びが出ます。

別件ですが、eccoreは、soln系での最大エネルギーより大きくして下さい。

eccoreより大きなエネルギーは、排除体積項です。

排除体積項は、soln系では生じない溶質―溶媒相互作用というわけで、

soln系での最大エネルギーより大きくすると、「soln系では生じない」領域になるので。

soln/uvrange.tt という出力ファイルをみると、soln系での最大エネルギーが分ります。

soln/uvrange.tt ですが、

http://sourceforge.net/p/ermod/wiki/TooLargeMinimum/ の下の方の、

uvrange.tt can be helpful when user wants to estimate the minimum energy. ・・・

以下の解説を見て下さい。別の文脈での説明ですが、soln/uvrange.tt の意味が書いてあります

[Noritaka Inoue]

松林先生

ご回答＆ご解説ありがとうございます。
疑問は解消されました。

余談ですが、Wikiでのsoln系での最大エネルギーは0.65871E+34と非常に大きな値となっていますが、
このような大きな値となるのは普通なのでしょうか。
私が計算している系ですと、5～10くらいですので、大分ギャップがあります。

[nobuyuki]

> Wikiでのsoln系での最大エネルギーは0.65871E+34と非常に大きな値となっていますが、
> このような大きな値となるのは普通なのでしょうか。

こちらの例は、refsから取ってきていました。

それで、例を、solnのものにして、refsの場合にどうなるか，を但し書きしておきました．

> 私が計算している系ですと、5～10くらいですので、大分ギャップがあります。

そちらが普通です。

ご指摘をありがとうございます

[Noritaka Inoue]

指摘というか、私が勝手に勘違いしていただけに思いますが・・・

ともあれ、修正いただき、ありがとうございます。
solnとrefsで最大エネルギーが大きく異なる理由を正しく理解できました。