ERModによる逐次伸長法について
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Yoshiki Yamamoto
Jan 19, 2023, 4:48:27 AM1/19/23
to ermod-users
開発者の皆様
お世話になります、山本と申します。
日頃からERModを活用させていただいております、ありがとうございます。
ERModの使い方で質問させて頂きたく、投稿させていただきました。
以下論文の逐次伸長法を計算したくwikiを読んでおりますが、現バージョンのERModで論文と同一の計算は可能でしょうか？
doi.org/10.1021/acs.macromol.9b01952
溶質（ポリマー）をセグメントに分割し、相互作用のオンオフを設定する必要があるかと思いますが、
そのような機能の記載が見当たらなかったので質問させて頂きました。
お手数おかけしますが、お時間ある際にご回答頂ければ幸いです。
よろしくお願いいたします。
お世話になります、山本と申します。
日頃からERModを活用させていただいております、ありがとうございます。
ERModの使い方で質問させて頂きたく、投稿させていただきました。
以下論文の逐次伸長法を計算したくwikiを読んでおりますが、現バージョンのERModで論文と同一の計算は可能でしょうか？
doi.org/10.1021/acs.macromol.9b01952
溶質（ポリマー）をセグメントに分割し、相互作用のオンオフを設定する必要があるかと思いますが、
そのような機能の記載が見当たらなかったので質問させて頂きました。
お手数おかけしますが、お時間ある際にご回答頂ければ幸いです。
よろしくお願いいたします。
Nobuyuki MATUBAYASI
Jan 26, 2023, 4:30:09 AM1/26/23
to ermod-users
山本様
松林です。返事が遅れましてすみません。
逐次伸長法なのですが、gromacsやlammpsをMDソフトとした場合は現状では不可能で、OpenMMというMDソフトを使う必要があります
Macromoleculesの論文では、標準的では無いポテンシャル関数の取り扱いをしているのですが、
その取り扱いが可能なのが、今のところ、OpenMMだからです
ERmod自体は、変更は実質不要ですが、使用法が少し変わっています
https://github.com/yamada1988/mypythonpkg にマニュアルおよびサンプルのデータがあります
こちらをご覧いただけますか
計算時間は結構かかりまして、PCクラスタは必要なレベルの計算量となります
松林
2023年1月19日木曜日 18:48:27 UTC+9 Yoshiki Yamamoto:
Yoshiki Yamamoto
Jan 29, 2023, 5:41:49 PM1/29/23
to ermod-users
松林先生
ご回答頂きありがとうございます。
当方もお返事遅れてしまい申し訳ございません。
参考リンクや詳細なご回答頂き、大変助かります。
まずはサンプルデータを参考にOpenMMで検討してみます。
扱い方や理論について不明点があった場合、またここで質問させて頂ければ幸いです。
よろしくお願いいたします。
山本
ご回答頂きありがとうございます。
当方もお返事遅れてしまい申し訳ございません。
参考リンクや詳細なご回答頂き、大変助かります。
まずはサンプルデータを参考にOpenMMで検討してみます。
扱い方や理論について不明点があった場合、またここで質問させて頂ければ幸いです。
よろしくお願いいたします。
山本
2023年1月26日木曜日 18:30:09 UTC+9 Nobuyuki MATUBAYASI:
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