3. 論文において、rho, rho_0 の密度分布のエネルギー表示の関数が度々出力されていますが、y軸の密度の値は
engref.01, solnref.01 の2列目の値にenergy mesh で割ったものという理解であっているでしょうか?
2. 無極性溶質(部分電荷0)のengref.XXついて例えば,有機溶媒,イオン液体などに無極性溶質(今のところ環状分子を計算中)を挿入する場合,engref.XXのヒストグラムが思ったより正の分布が小さく,0 kcal/molで急激な立ち上がりがあります。(J. Chem. Phys. 117, 3605-3616 (2002)のFig.1(a)のメタンのようなふるまい)
また,正の値が小さく,bin幅も細かくなっているので,ノイズが大きく見えます。このような振る舞いは特に問題ないものなのでしょうか?(計算条件が悪い?)
3. 混合溶媒系でのエネルギー分布関数について
混合溶媒系では,engsln.XX, engref.XX中に各コンポーネントの各binでの平均個数が出力されると思いますが,totalでエネルギー分布関数を書くときには,1の処理を行い,単純に足し合わせると良いでしょうか?
> これで,J. Chem. Phys. 117, 3605-3616 (2002)の論文のFig.1に対応する縦軸になりますでしょうか?> さらに溶媒の数密度ρnで除する必要がありますでしょうか?この論文の fig 1では、溶媒の数密度ρnで除しています。最近は、ρ(ε)をそのまま見せることが多いですが、おそらくこの時は、g っぽい感じで考えていたのだと思います。
2. 無極性溶質(部分電荷0)のengref.XXついて例えば,有機溶媒,イオン液体などに無極性溶質(今のところ環状分子を計算中)を挿入する場合,engref.XXのヒストグラムが思ったより正の分布が小さく,0 kcal/molで急激な立ち上がりがあります。(J. Chem. Phys. 117, 3605-3616 (2002)のFig.1(a)のメタンのようなふるまい)はい、部分電荷が0であれば、遠距離ではLJの-6項だけが効くので、ε値は必ずマイナスです。
また,正の値が小さく,bin幅も細かくなっているので,ノイズが大きく見えます。このような振る舞いは特に問題ないものなのでしょうか?(計算条件が悪い?)もしかしたら、メッシュ誤差が大きく出るかもしれませんが、計算の手続きとしてはOKです。ε が0近傍で正というのが、部分電荷が0のとき滅多に起きないので、ノイズは大きいように見えます。ただし、ρの値が小さいので、積分すれば、多分あまり効きません
3. 混合溶媒系でのエネルギー分布関数について混合溶媒系では,engsln.XX, engref.XX中に各コンポーネントの各binでの平均個数が出力されると思いますが,totalでエネルギー分布関数を書くときには,1の処理を行い,単純に足し合わせると良いでしょうか?はい、そうです。engsln.XXやengref.XXは、1列目がエネルギー座標、2列目が溶媒種、3列目がヒストグラムです。1列目が同じものを、溶媒種の上を走って、ヒストグラムを足せばトータルです
はい、部分電荷が0であれば、遠距離ではLJの-6項だけが効くので、ε値は必ずマイナスです。
それでは,おかしなデータではないということで良いでしょうか。
確かにframe数を上げたり,insortionの回数を上げてもmesh errorがあまり小さくなりませんでした。多分あまり効かないということで安心しました。
松林先生
なぜかgoogleアカウントにログインできなくなりました(汗)
こちらのアドレスで回答いたします。
部分電荷0の件,大変よく理解できました。
再度,ご説明頂き,ありがとうございました。
Mesh errorは,20000 frame = 20ns(1psサンプル)×1000回(insortion)で以下のWarningが出ます。
Warning: mesh error is 1.157 kcal/mol and is larger than the recommended value of 0.100 kcal/mol
とりあえず,値を変えて試してみたいと思います。
おすすめな値があるようでしたら教えて頂くとうれしいです。
よろしくお願いいたします。
松上
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おすすめな値があるようでしたら教えて頂くとうれしいです。
適当な数字を書いたのみなので、色々と試してみて下さい。ある時点で教えていただければ、ありがたいです。よろしくお願いします