Re: ρ0計算の計算パラメータについて

[Hiroaki Saito]

齋藤です。

投稿した質問ですが、松林さんから回答コメントのメールを私信で頂きましたので、

こちらを投稿させて頂きます。

以下、回答コメントです。

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> reference系のトラジェクトリにフレキシブル溶質分子を挿入する場合は

> reference系のトラジェクトリ数×フレキシブル溶質分子のトラジェクトリ数が

> insertion計算の総サンプル数となりますか？

そうではないです。maxinsは、reference系の１ snapshot にinsertionする回数です。

となれば、全insertion数＝insertion計算の総サンプル数

＝reference系のsnapshot数×maxins ということになります

> 今回の私の計算では、用意したフレキシブル溶質分子の座標を位置も配向も

> 変えずに挿入してみたいのですが、

> （つまりinsorigin = 1, insposition = 1, insorient = 1 で計算します)

> この条件だと　"The insertion parameters are incorrectly set” と言われて、計算は止まります。

maxinsというのは、１つのreference系のsnapshotに対するinsertion数です。

なので、maxinsの回数のinsertionをしている間、reference系の配置は動きません。

デフォルトで maxins = 1000 としているのは、reference系の配置は動かないものの、

solute を、色んなところにinsertionして、insertion回数を稼いでいるからです。

つまり、reference系の配置は１つでも、溶質ー溶媒の配置は、maxins個作成されるというわけです。

もし、溶質の座標を位置も配向も変えずに、かつ、溶質の内部構造も変えずに insertionするとなると、

maxins > 1 とすると、maxinsの回数だけ、同じ溶質溶媒の配置が生成されるだけで、

つまり、maxins回同じ計算をするだけになり、無意味です。

なので、maxins = 1でないと、haltすることにしています

> また、insorigin = 1, insposition = 1, insorient = 0 のときは

> 用意したフレキシブル分子はランダム配向で挿入されると思いますが、

> このときのinsertion計算の総サンプルは

> reference系のトラジェクトリ数×フレキシブル分子のトラジェクトリ数となるのでしょうか。

> （もしくは、さらに×maxinsとなったりしますでしょうか？）

上の話と同じで、insertion計算の総サンプルは reference系のトラジェクトリ数×maxinsです。

フレキシブル分子のトラジェクトリ数は、insertion計算の総サンプル数には関係ありません。

ただし、フレキシブル分子をサンプリングしているつもりなのに、

その構造が全然変っていないとイヤなので、推奨としては

フレキシブル分子のトラジェクトリ数 ≧ insertion計算の総サンプル数 としています。

仮に、＞の時は、フレキシブル分子のトラジェクトリ数の内、

実際に使われるのは、insertion計算の総サンプル数 になります

松林

2016年2月4日 19:00 Hiroaki Saito <sa...@wriron1.s.kanazawa-u.ac.jp>:

金沢大学の齋藤大明と申します。

久しぶりにermodを使ってみたのですが、ρ0を計算する際の計算パラメータ

の設定の仕方に自信がなかったので、いくつか確認も含めた質問させていただきます。

reference系のトラジェクトリにフレキシブル溶質分子を挿入する場合は

reference系のトラジェクトリ数×フレキシブル溶質分子のトラジェクトリ数

がinsertion計算の総サンプル数となりますか？

またこの時、maxinsのパラメータはどう取り扱われるのですか？

デフォルトではHPをみるとmaxinsは1000となっています。

今回の私の計算では、用意したフレキシブル溶質分子の座標を位置も配向も

変えずに挿入してみたいのですが、

（つまりinsorigin = 1, insposition = 1, insorient = 1 で計算します)

この条件だと

"The insertion parameters are incorrectly set"

と言われて、計算は止まります。

ソースを見ると(setconf.F90)

       ! maxins > 1 insertion makes no sense if coordinate is used as is read                                      

       if((insposition == INSPOS_NOCHANGE) .and. &

          (insorient == INSROT_NOCHANGE) .and.   &

          (maxins /= 1)) call halt_with_error('set_ins')

となっているので、ここをコメントアウトすると目的の条件で計算できる

ような気もするのですが、ちゃんとプログラムを読んでないのでいまいち

自信がありません。

ちなみに明示的にmaxins=1にすると計算は動くのですが、この場合、１つの

reference系に１つのみのフレキシブル分子を挿入して計算していることになりますか？

また、insorigin = 1, insposition = 1, insorient = 0のときは用意したフレキシブル分子

はランダム配向で挿入されると思いますが、このときのinsertion計算の総サンプル

はreference系のトラジェクトリ数×フレキシブル分子のトラジェクトリ数となるの

でしょうか。（もしくは、さらに×maxinsとなったりしますでしょうか？）

お忙しい時期と思いますが、お時間がある時にでもコメントが頂けると幸いです。

よろしくお願い致します。

さいとう

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Hiroaki Saito,
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