ermod-0.3.1 の gromacs/gen_structute のバグ?

[Yu Yamamori]

みなさま、

ermod-0.3.1 でバグかな？という挙動があったので、レポートいたします。

名大の cx-400 でコンパイルした ermod-0.3.1 中の gromacs/gen_structure を使用した時に下記のエラーが出ました。

cytc99SB-w20KTIP3P.top は使用した topology file です（cytochrome C 水中)。

$(ermd-0.3.1_directry)/share/ermod/tools/gromacs/gen_structure --top cytc99SB-w20KTIP3P.top -I /center/local/apl/cx/gromacs-5.0.4/share/gromacs/top

Molecule types in topology file: CYTOC SOL

Which molecules are solutes? (For multiple choice please specify as comma-searated list) CYTOC <- ここまで、通常の動作。

Traceback (most recent call last):

  File "/home/usr5/z41015t/software/ermod-0.3.1-cx/share/ermod/tools/gromacs/gen_structure", line 434, in <module>

    mono = top.moleculetypes[s]

KeyError: 'CYTOC'

この結果、refs と soln は生成されませんでした。

これを ermod-0.3.rc1 の gen_structure で同じコマンドを実行した場合、問題なく refs と soln および MDinfo などのファイルは生成されました。

しかし、確認のために他の topology file でも試してみたら、今度はうまくいきました。使用した topology file は水中のユビキチンです。

$(ermd_directry)/share/ermod/tools/gromacs/gen_structure --top ubi2wTIP3P_ff99SB-ildn.top -I /center/local/apl/cx/gromacs-5.0.4/share/gromacs/top

Molecule types in topology file: Protein_chain_A SOL

Which molecules are solutes? (For multiple choice please specify as comma-searated list) Protein_chain_A

この結果、正常にディレクトリやファイルは生成されました。

また、同じことを京大 cray (D) でも試してみましたが、同様の結果でした（ubiqutin は 0.3.1 でも上手くいくが、cytochrome C は上手くいかなかった）。

念のために、cytochrome C の molecule type 名を"Protein_chain_A"に書き換えてみましたが、やはり同様のエラーが出ました。

ermod-0.3.1 でエラーの出た topology file を念のために、添付いたします。

[Shun Sakuraba]

山守さん、listの皆様

さくらばです。
直接の原因は
[ moleculetype ]
cytoc 3

と小文字で定義された分子が

[ molecules ]
CYTOC 1

として大文字で使われている所で、
現在のermodがこれに正しく対応できていないために起きる現象のようです。
（確認したところ、現在のGROMACSでは[ molecules ] セクションでは大文字小文字を区別しないようです）

近いうちに修正しますが、一応バグレポートを上げておいてもらえますか？＞山守さん

--
Shun SAKURABA, Ph.D.
Postdoc @ Asai Lab, Grad School of Frontier Sciences, U Tokyo

[YY YY]

さくらばさん、みなさま、

山守です。

さくらばさん、

早速の対応、ありがとうございます。topology file の CYTOC を cytoc に書き直したら、通りました。

> 近いうちに修正しますが、一応バグレポートを上げておいてもらえますか？＞山守さん

簡単にバグレポートを作成しました（添付ファイル）。

こんなものでよろしいでしょうか？　

2015年6月22日 18:03 Shun Sakuraba <shun.s...@gmail.com>:

--
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "ermod-users" group.
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to ermod-users...@googlegroups.com.
For more options, visit https://groups.google.com/d/optout.

[Shun Sakuraba]

ごめんなさい。sourceforgeのticketにバグを登録してください、
と言うべきでした。

以後、本件は
https://sourceforge.net/p/ermod/tickets/38/
で対応します。

[YY YY]

さくらばさん、

>ごめんなさい。sourceforgeのticketにバグを登録してください、
>と言うべきでした。

すみません。なるほど、そういうフォームがあったのですね。。ぜんぜん、わかってませんでした。。

次の機会がありましたら、sourceforgeのticketにバグを登録します。

>以後、本件は
>https://sourceforge.net/p/ermod/tickets/38/
>で対応します。

ありがとうございます。

やまもり

2015年6月22日 20:18 Shun Sakuraba <shun.s...@gmail.com>: