dodecahedron、octahedronを使用した際の不具合

[Noritaka Inoue]

ERmod開発者の皆様

件名の件、不自然に溶質-溶媒相互作用が小さくor大きくなる問題が見受けられます。

関連ファイルを添付いたしましたので、調査をお願いできますでしょうか。

使用ツール：

　MDサンプリング：Gromacs 5.1

  自由エネルギー：ERmod 0.3.2

症状：

　・　refsの計算が、dodecahedron、octahedronだとεmin < -3000kcal/molとなってしまう

　・　solnの計算が、octahedronだとεmax > 400kcal/molとなってしまう

　　　（trjconv -pbc mol or nojumpで修正してもダメでした。一方、dodecahedronではsolnの計算は上手くいっています）

　・　同等の計算設定でcubicの計算を実行すると上手くいく

以上、よろしくお願いいたします。

井上　鑑孝

[Shun Sakuraba]

井上様

バグ報告ありがとうございました。
本件、ticketを切りましたので、今後、状況のアップデート等あればこちらに反映していきます。
https://sourceforge.net/p/ermod/tickets/41/

ありがとうございました。

--
Shun SAKURABA, Ph.D.
Postdoc @ Asai Lab, Grad School of Frontier Sciences, U Tokyo

[Noritaka Inoue]

桜庭様

ご対応ありがとうございます。

ERmodの計算がdodecahedronでも実行できるようになると非常に助かります。

ご対応よろしくお願いいたします。

2015年10月20日火曜日 12時49分04秒 UTC+9 Shun:

[Shun Sakuraba]

井上様

本件のバグを修正したERmod 0.3.3をリリースしました。
https://sourceforge.net/projects/ermod/files/ermod-0.3%20%28stable%29/
詳細なバグ報告、ありがとうございました。

[Noritaka Inoue]

桜庭様

井上です。

ご対応ありがとうございます。

ERmod 0.3.3を試したのですが、問題は解決しませんでした。

dodecahedronでrefs計算の出力は以下のようになりました。

 ERmod 0.3.3, Copyright (C) 2000-2015 Nobuyuki Matubayasi

                            2010-2015 Shun Sakuraba

 ERmod comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.

 This is free software, and you can redistribute it

 and/or modify it under certain conditions.

 See LICENSE file for details.

Opening: "../../solvent_d_md.xtc"...

  Trying plugin "Gromacs XTC Compressed Trajectory"...OK

Opening: "../../solute_md.xtc"...

  Trying plugin "Gromacs XTC Compressed Trajectory"...OK

  energy of   -771.7     for   1-th species

 The minimum of the energy coordinate is too large; the ecdmin parameter needs to be smaller 

計算モデルは、本スレッド最初に添付したethanol×1+water×1000です。

以上、よろしくお願いいたします。

井上　鑑孝

[Nobuyuki MATUBAYASI]

井上さん

早速にありがとうございます。

cubicやoctahedronでは大丈夫でしたか？

松林

[Noritaka Inoue]

松林先生

＞cubicやoctahedronでは大丈夫でしたか？

　cubic ⇒ OK

　octahedron　⇒ NG

でした。

intermediateをコンパイルで外した場合も試しましたが、結果は同じでした。

井上

2015年10月26日月曜日 12時55分53秒 UTC+9 Nobuyuki MATUBAYASI:

井上さん

早速にありがとうございます。

cubicやoctahedronでは大丈夫でしたか？

松林

[Shun Sakuraba]

井上様

本件、他にも1カ所、相互作用計算の処理が非直方体の場合に誤っており、
この修正がかなり難しいことがわかりました。
即座には直せそうに無く、修正に時間が掛かる見込みです。

もしお急ぎでしたら、直方体系での計算を検討頂けると幸いです。

[Noritaka Inoue]

桜庭様

詳細に不具合をお調べいただき、ありがとうございました。
直方体のモデルでERmodを利用させていただきます。

井上

[uran ry]

桜庭様
すいません、横からとなりますが、失礼します。

同じ問題に遭遇するのが確定しているトラジェクトリを持っており、

本件修正中で、すぐには難しいということですが、
どのくらいの期間かかりそうというのは、見積もれるのでしょうか？

すでにdodecahedron で計算している系が有り、
修正に半年以上かかる場合と、２月程度の場合とですと、
今までの計算をやり直しすべきか、今後の計算もdodeca で行って、
修正を待つのかが変わってくるのですが、
(また、対象系として立方体でartifactが報告されているので、
直方体もedge があるのでできればdodeca のほうが助かるという事情も有ります)
難しいところだとは思いますが教えてもらえますか？
よろしくお願いします

浦野

2015年10月30日金曜日 5時37分00秒 UTC-4 Shun:

[Shun Sakuraba]

浦野様

ERmodについては、今月末までに大規模なプログラムの改修を計画しており、
無事に終了すれば次バージョン(0.4)のα版（＝0.4で計画している全機能を実装していないが、
少なくともdodecahedronでの動作を修正するバージョン）を、月末までには出せると思います。
ただ、大きな改修を行うので、無事に終了するかどうか、現段階ではわかりません。
特に、実装してみて、ひとたび困難なバグが見つかった場合は、時間が掛かることが予想されます。

11月末に改めて進捗状況を説明できるかと思いますが、
それ以前の段階では日時の確約は難しい、ということになります。
ご検討いただきますようお願いします。

[uran ry]

桜庭様
ご返事ありがとうございます、
なるほど順調に行けば、今月末までの１月程度、
さらに、なにかあれば、もっとかかるだろうということですね。

とりあえず今月は様子見にしたほうがよさそうということですね。
わかりました、ではそのへんも踏まえて計画を立てることにします

ありがとうございます
浦野


2015年11月6日金曜日 5時00分38秒 UTC-5 Shun:

[Shun Sakuraba]

浦野様

本件ですが、現在、難航しております。

[uran ry]

桜庭様
返信ありがとうございます、
１１月中にはできなかったということですが、
難航しているというのは、完成のめどが全く立たないということでしょうか？
段階でいうと次のどの段階に相当するでしょうか？　（この部分は私の主観で最大で掛かりそうな期間です）
１．問題点はわかっているが、どこをどう変えればいいかまだはっきりしない。　（まだまだ終了しそうにない）
２．何をどのように変えるかはわかっているが、それをコーディングレベルまではおとせていない　（２，３ヶ月くらい？）
３．どこをどのようにコーディングすればいいかまではわかっているが、　それをコーディングするのがまだ終わりそうにない。（１２月中には終わる可能性がある）

参考にしたく思いますので
すみませんが、よろしくおねがいします
浦野

2015年11月30日月曜日 11時04分14秒 UTC-5 Shun:

[Shun Sakuraba]

浦野様

実装を終了し、デバッグを行っておりますが、対応完了時期は不明となります。

現在、桜庭はERmodに関連するプロジェクトで雇用されておらず、
実装等の時間は全て個人の空き時間より捻出しております。
このため、対応時間の見込みを立てることは難しい旨、ご承知置き下さい。

[uran ry]

桜庭様
忙しい中、度々返信ありがとうございます、

なるほど、実装自体は終了しているということですか。
それで、あとはデバッグで正しく機能するかを確認するということだけということですか。
確かにデバッグの終了時期は予想が難しいですね

それならば、１つ尋ねたいのですが、
そのデバッグ待ちの状態のものを送っていただいて、
デバッグをこちらで行うというのは可能でしょうか？
私にとって気になるのは, truncated box  に対応しているかですので
基本的に、立方体系とoctahedron 系の双方で小さい系で
いくつか計算して、双方の結果が一致するかを確認するということになると思います
（もし、デバッグの確認項目のリストなどがあれば、それを送っていただければ、
それらをチェックしますが）

そういったことは可能でしょうか？
浦野

2015年12月1日火曜日 10時56分15秒 UTC-5 Shun:

[Shun Sakuraba]

浦野様

デバッグのための状況説明の方がコストが過大となりますので、ご勘弁下さい。
ソースコードそのものについては、修正が纏まった段階でリポジトリの方に漸次pushしますので、
そちらを参照下さい。

[uran ry]

桜庭様
難しいということですね、わかりました、では
ソースコードそのものは、まとまったらsourfceforgeのリポジトリにver0.4 としてアップされるということですね
それでは、そのような方向でこちらも計画を立てることにします
説明ありがとうございました

浦野


2015年12月1日火曜日 19時05分15秒 UTC-5 Shun:

[Shun Sakuraba]

浦野様

Ver. 0.4からは、defaultブランチで開発を行っておりますので、現状のものがすでにリポジトリには存在しています。
https://sourceforge.net/p/ermod/wiki/doc-DevGuide/
も合わせて参照下さい。

参考まで。

[uran ry]

桜庭様
すでにあるのですね、わかりました、
hg clone
で落としたものが最新版で、現状のものということですね。
確認します
浦野

2015年12月3日木曜日 11時24分25秒 UTC-5 Shun:

[Nobuyuki MATUBAYASI]

浦野さん

ver 04については、まだバグもありますし、

かといって、個別の目的に合わせて、個々のバグだけを直すというのでは、開発全体の効率が落ちますので、

あくまでもご参考に、ということでお考え下さい

松林

2015年12月5日土曜日 6時46分31秒 UTC+9 uran ry: