蛋白質ーリガンド固定構造での計算について

[Toru Ekimoto]

ERmod-users様、

横浜市大の浴本です。お世話になっております。

Wikiにて、少し紹介されている、リガンドー蛋白質の構造を固定した状態での計算について、２点ほどお伺いしたく投稿いたしました。

お忙しいところ、大変恐縮なのですが、コメント等頂けますと幸いです。

１．蛋白質、リガンド、水分子の系で実行する際、refs計算時に The insertion parameters are incorrectly setとなり困っています。

　　いろいろと試行錯誤をしてみたのですが、原因にたどり着けず、確かめたらよい事、関連しそうなトピック等をご教示いただけませんでしょうか。

ERmod-0.3.4を使い

・gen_structureの際は、リガンドを溶質に、蛋白質と水を溶媒に設定

・solnの計算は問題なく終了。

・蛋白質（完全固定）と水のMDを別個に実施。リガンドの座標は別のpdbファイルとして保存。

・refsのgen_input時、溶媒のdcd, logは蛋白質・水分子のMD、挿入構造はrigidとしてリガンドのみのpdbファイルを入力。

・MolPrm1に蛋白質、MolPrm2に水分子、SltInfoにリガンド＋その座標のパラメータが入っている事を確認。

・parameters_erで、slttype = 2となっている事を確認、inscfg = 2, maxins = 1と編集。

計算過程は、wikiに記載されている事と矛盾がないでしょうか

２．上記計算を、蛋白質、リガンドA、リガンドB、水分子の系でも実行しようとしております。

　リガンドBを溶質に、蛋白質とリガンドAと水分子を溶媒に設定してrefsは計算可能でしょうか。

　課題１で止まっているので、なんとも言えませんが、refspec = 1 2の設定をparameters_erへ追加すれば可能でしょうか。

何卒、よろしくお願いいたします

浴本亨

[Nobuyuki MATUBAYASI]

1　なのですが、insposition = 1 では、insorigin = 1 にする必要があります。そうなっていますか？

ちなみに、ver 0.3.5では、insoriginは、自動で設定されます

２は、計算自体は動くと思います。

とりあえず、１を試してみてもらえますか？

[Toru Ekimoto]

松林先生、

コメントをありがとうございます。

１．insorigin = 1は設定していませんでした。なので、defaultの0が入っていました。

　　設定すると、incorrectly setのエラーが消えました。どうもありがとうございます。

　今度は、Error: # of atoms in trajectory does not match with # of atoms in configurations. Perhaps you mistook the trajectory?のエラーが出ました。

　どうも、私がMDの水分子の数を間違えているかもしれません。ちょっと確認をします。

今後は、0.3.5を使うようにしたいと思います。

浴本亨

[Toru Ekimoto]

松林先生、

水分子の数を間違えておりましたので、やり直しました。

１について、insorigin=1で動きました。ありがとうございました。

２の方ですが、insorigin=1を加筆し、refspec=1 2で試したところ、incorrectly setのエラーは出ませんでした。

（現在、OOM killerのエラーで止まっているので、テスト計算はもう少しかかりそうです。こちらの計算機の問題だと思います。）

回答をいただき、ありがとうございました。

浴本亨